| 原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析 |
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| 引用本文： | 沈世镒,高建召,胡刚,王奎. 原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析[J]. 生物数学学报, 2009, 24(1): 33-39 |
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| 作者姓名： | 沈世镒 高建召 胡刚 王奎 |
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| 作者单位： | 南开大学,数学科学学院与LPMC,天津,300071 |
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| 基金项目： | 天津大学、南开大学联合研究项目，刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金 |
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| 摘 要： | 基因组的开放阅读框（ORF）是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题.
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| 关 键 词： | 基因组的p_0-MORF序列 MORF生成算法 CDS与ORF序列集合的相互关系 |
Analysis of CDS and ORF in Prokaryotic Genomes |
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| SHEN Shi-yi,GAO Jian-zhao,HU Gang,WANG Kui. Analysis of CDS and ORF in Prokaryotic Genomes[J]. Journal of Biomathematics, 2009, 24(1): 33-39 |
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| Authors: | SHEN Shi-yi GAO Jian-zhao HU Gang WANG Kui |
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| Affiliation: | (School of Mathematical Sciences and LPMC, Nankai University, Tianjin 300071 China) |
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| Abstract: | ORF is the basis of gene identification and genome analysis.There are lots of software to predict ORF,however,the results and indicators are not same.In this article,we give a new algorithm MORF,which is base on terminator,and a theorem which proves the existence and uniqueness of po-MORF.We also compare the CDS with po-MORF in S.Coehcolor A3（2） genomes and discuss relative problem in gene identification. |
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| Keywords: | p0-MORF sequence MORF algorithm Relationship of CDS and p0-MORF |
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