| 赤红球菌二鸟苷酸环化酶基因的克隆、信息学分析和转录变化研究 |
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| 引用本文： | 匡素芳,彭仁. 赤红球菌二鸟苷酸环化酶基因的克隆、信息学分析和转录变化研究[J]. 基因组学与应用生物学, 2020, 39(3): 1128-1136 |
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| 作者姓名： | 匡素芳 彭仁 |
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| 作者单位： | 江西师范大学生命科学学院,南昌,330022;江西师范大学生命科学学院,南昌,330022 |
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| 摘 要： | 本研究通过克隆赤红球菌SD3的二鸟苷酸环化酶(DGC)基因,并对该酶进行生物信息学分析,研究其在甲苯和苯酚胁迫下的转录水平变化,为进一步研究该酶和赤红球菌SD3有机溶剂耐受性之间的关系奠定基础。综合使用煮沸法和冻融法提取赤红球菌SD3的总DNA,利用PCR扩增和T载体克隆获得DGC基因序列;利用生物信息学手段对DGC的理化性质和结构特征进行分析;利用邻位相连法构建进化树;采用Discovery studio 3.5将DGC与底物GTP进行分子对接;采用qPCR方法分析DGC基因在甲苯和苯酚胁迫下的转录变化情况。克隆获得了赤红球菌SD3的DGC基因序列,在GenBank中的序列登录号为MH482549。该基因的开放阅读框长为1 332 bp,编码443个氨基酸,预测蛋白分子量为46.95 kD,是疏水性蛋白。无信号肽和二硫键,含有6段跨膜区,第181~316位氨基酸之间存在一个GGDEF保守结构域和c-di-GMP结合抑制位点(Ⅰ位点)。亚细胞定位分析表明,DGC属于质膜蛋白。DGC中超过50%的氨基酸参与形成α螺旋结构。进化树分析表明Rhodococcus ruber SD3和Rhodococcus aetherivorans的DGC聚为一簇,推测赤红球菌SD3的DGC也属于ClassⅢnucleotidyl cyclases家族,具有类似的分子功能。分子对接表明DGC和GTP分子通过疏水作用和氢键产生相互作用。qPCR结果表明在甲苯和苯酚胁迫下,赤红球菌SD3中DGC基因的转录分别上调了1.57倍和8.71倍。研究表明,赤红球菌SD3中的DGC催化GTP产生c-di-GMP,并且DGC基因的转录在有机溶剂胁迫下发生显著上调,这暗示c-di-GMP与赤红球菌SD3的有机溶剂耐受性可能相关。
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| 关 键 词： | 二鸟苷酸环化酶 赤红球菌 基因克隆 生物信息学分析 荧光定量PCR |
Cloning,Bioinformatics Analysis and Transcription Variation of Diguanylate Cyclase Gene from Rhodococcus ruber SD3 |
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| Kuang Sufang,Peng Ren. Cloning,Bioinformatics Analysis and Transcription Variation of Diguanylate Cyclase Gene from Rhodococcus ruber SD3[J]. Genomics and Applied Biology, 2020, 39(3): 1128-1136 |
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| Authors: | Kuang Sufang Peng Ren |
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| Affiliation: | (College of Life Science,Jiangxi Normal University,Nanchang,330022) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Diguanylate cyclase Rhodococcus ruber SD3 Gene cloning Bioinformatics analysis Fluorescence quantitative PCR |
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