| 籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性 |
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| 引用本文： | 刘庆坡,谭军,薛庆中.籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性[J].遗传学报,2003,30(4):335-340. |
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| 作者姓名： | 刘庆坡 谭军 薛庆中 |
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| 作者单位： | 1. 浙江大学农业与生物技术学院农学系,杭州,310029;杭州华大基因研发中心,杭州,310007
2. 杭州华大基因研发中心,杭州,310007 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金 (3 9870 42 )，浙江省“2 0 0 3C2 0 0 7”和“8812”项目资助~~ |
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| 摘 要： | 利用籼稻品种93－11的全基因组序列及相应的EST数据，对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析。指出93－11基因的表达水平（mRNA丰度）与3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著（r=0.227^**,0.145^**和-0.147^**)，表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大；基因长度与CAI和CPP极显著负相关（r=-0.413^**和-0.480^**)，与ENC极显著正相关（r=0.210^**)，暗示较短的基因具有更高的转录活性；编码区G＋C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度，G＋C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达0.877^**,0.832^**和-0.740^**；起始编码区内A、T、C、G4种碱基呈明显的3周期振荡，尤以ATG下游第一个密码子所在的3个位点（＋4、＋5和＋6）偏置最强烈，由此认为在这3个特殊位点有较高的自然选择压存在；93－11中25个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义。
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| 关 键 词： | 水稻 同义密码子使用偏性 基因表达水平 基因长度 编码区G＋C含量 起始编码区 最优密码子 |
| 文章编号： | 0379-4172(2003)04-0335-06 |
| 修稿时间： | 2002年10月20 |
Synonymous Codon Usage Bias in the Rice Cultivar 93-11 (Oryza sativa L.ssp.indica) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | rice synonymous codon usage bias gene expression level gene length GC content translation initiation region optimal codon |
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