| 基于高通量测序的树鼩不同肠道部位菌群结构分析 |
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| 引用本文： | 陆姜利,郭玉倩,曾跃勤,王利梅,郑红,角建林.基于高通量测序的树鼩不同肠道部位菌群结构分析[J].中国微生态学杂志,2020,32(5):514-519. |
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| 作者姓名： | 陆姜利 郭玉倩 曾跃勤 王利梅 郑红 角建林 |
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| 作者单位： | 实验动物学部,实验动物学部,分子临床研究院,实验动物学部,实验动物学部,技术转移中心,昆明医科大学,云南 昆明 650500 |
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| 基金项目： | 延安大学引导项目(YDY201709)；陕西省教育厅科研项目(14JS114)；科技部科技惠民计划(2012GS610102)；陕西省重点产业创新链(群)项目(2019ZDLSF04010) |
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| 摘 要： | 目的观察树鼩不同肠道部位菌群的多样性及构成。方法采集3只雄性树鼩回肠、盲肠、结肠内容物,提取DNA,利用Illumina PE250高通量测序平台扩增肠道菌16S rDNA V4区域,分析菌群结构和丰富度。结果树鼩回肠、盲肠、结肠菌群的优化序列数差异无统计学意义。α多样性分析,树鼩肠道3个部位菌群的Chao1指数、PD指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数差异无统计学意义,相对于回肠,盲肠与结肠菌群多样性的相似性较高。Rank-Abundance曲线显示,回肠菌群的丰富度较高且分布较均匀。β多样性分析,树鼩回肠菌群结构差异性较小,盲肠与结肠菌群结构差异较大。树鼩肠道菌群共检出26个门,17个门在3个组共存。互养菌门(Synergistetes)、Rokubacteria门、奇古菌门(Thaumarchaeota)、TA06门仅见于回肠;衣原体门(Chlamydiae)为盲肠中特有;迷踪菌门(Elusimicrobia)仅在结肠中发现。共获得414个属,结肠、盲肠、回肠中独有属分别为15个、7个、3个。共发现530个种,其中唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)丰富度最高。Random Forest分析结果显示,在树鼩回肠、盲肠、结肠中发现7个生物标记物。结论树鼩回肠、盲肠、结肠肠道菌群多样性差异无显著性,但相对于结肠与盲肠,回肠菌群丰富度较高且分布较均匀。树鼩3个肠道部位具有各自独特的菌群。
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| 关 键 词： | 肠道菌群 树鼩 高通量测序 Illumina PE250 |
Analysis of gut microbiomes in different intestinal segments of tree shrews by highthroughput sequencing |
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| LU Jiangli,GUO Yuqian,ZENG Yueqin,WANG Limei,ZHENG Hong and JIAO Jianlin.Analysis of gut microbiomes in different intestinal segments of tree shrews by highthroughput sequencing[J].Chinese Journal of Microecology,2020,32(5):514-519. |
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| Authors: | LU Jiangli GUO Yuqian ZENG Yueqin WANG Limei ZHENG Hong and JIAO Jianlin |
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