病毒基因组启动子识别的人工神经网络方法

本文运用神经网络方法,并结合病毒基因分子生物学有关理论与统计事实,对病毒基因启动子区域进行了识别,文中选择了共35个基因组,作为研究对象．学习组选择了28个基因组,预测组选择了7个基因组,结果表明,将神经网络模型与病毒基因有关理论相结合,能够运用计算方法,以大量的可能启动子组合中排列出唯一的启动子区域．     

A stage—specific protein factor binding to a CACCC motif in both human β—globin gene promoter and 5‘—HS2 region

The DNaseI hypersensitive site 2 (HS2) of human β-globin locus control region(LCR) is required for the high level expression of human β-globin genes.In the present study,a stage-specific protein factor (LPF-β) was identified in the nuclear extract prepared from mouse fetal liver at d 18 of gestation,which could bind to the HS2 region of human β-globin LCR.We also found that the shift band of LPF-β factor could be competed by human β-globin promoter.However,it couldn‘t be competed by human ε-globin promoter or by human ^Aγ-globin promoter.Furthermore,our data demonstrated that the binding-sequence of LPF-β factor is 5‘CACACCCTA 3‘,which is located at the HS2 region of β-LCR(from-10845 to-10853 bp)and human β-globin promoter(from-92 to -84 bp).We speculated that these regions containing the CACCC box in both the human β-globin promoter and HS2 might function as stage selector elements in the regulation of human β-globin switching and the LPF-β factor might be a stage-specific protein factor involved in the regulation of human β-globin gene expression.     

金黄色葡萄球菌spa基因在大肠杆菌中受多启动子调控

利用重组ＤＮＡ技术在大肠杆菌中克隆并表达了金黄色葡萄球菌Ａ蛋白ＳｐＡ。在Ｅ。ｃｏｌｉ ＲＲ１中ＳｐＡ的表达量随培养温度的升高而增加,４２℃的表达量是２３℃的６倍,但该在热休克应答缺陷的Ｅ．ｃｏｌｉ ＣＡＧ５９７及ＣＡＧ６２７中却消失。当删除ｓｐａ基因上游的一段序列后,仍有ＳｐＡ表达,但其表达量的热休克效应在Ｅ．ｃｏｌｉＲＲ１中也消失。这表明被删除的序列后,仍有ＳｐＡ表达,但其表达量的热休克效应在Ｅ     

牛免疫缺陷病毒长末端重复序列（BIV—LTR）在大肠杆菌中的启动子功能

牛免疫缺陷病毒的长末端重复序列含有病毒的启动子,调控病毒在真核细胞中的表达。我们将ＢＩＶ ＬＴＲ与萤火虫荧光素酶基因连接构建成重组质粒ｐＢＩＶ＝Ｌｕｃ,该质粒能在Ｅ．ｃｏｌｉ中有效地表达出荧光素酶的活性,从而证明了ＢＩＶ ＬＴＲ在大肠杆菌中也具有启动子功能。     

牛免疫缺陷病毒长末端重复序列(BIV一LTR)在大肠杆菌中的启动子功能

牛免疫缺陷病毒（ＢＩＶ）的长末端重复序列（ＬＴＲ）含有病毒的启动子,调控病毒在真核细胞中的表达。我们将ＢＩＶＬＴＲ与萤火虫荧光素酶基因连接构建成重组质粒ｐＢＩＶ一Ｌｕｃ,该质粒能在Ｅｃｏｌｉ中有效地表达出荧光素酶的活性,从而证明ＢＩＶＬＴＲ在大肠杆菌中也具有启动子功能。Ｍｕｎｇｂｅａｎ核酸酶作图分析发现,ＢＩＶＬＴＲ在Ｅｃｏｌｉ中的转录起始位点位于Ｕ_３区,而不是在真核细胞中的Ｕ＿３一Ｒ交界处。同时我们也证实了ＢＩＶＬＴＲ在Ｅ,ｃｏｌｉ中仍可被ＢＩＶｔａｔ蛋白特异性地反式激活,为研究ｔａｔ蛋白的作用机制提供了一条新的途径。     

马铃薯Patatinclass－Ⅰ启动子及信号肽基因的克隆和序列分析

为利用Ｐａｔａｔｉｎｃｌａｓｓ－Ⅰ启动子的块茎表达专一性以达到改良马铃薯的目的,利用ＰＣＲ技术从马铃薯总ＤＮＡ中扩增出Ｐａｔａｔｉｎｃｌａｓｓ－Ⅰ启动子及信号肽基因,并将其克隆：序列分析发现该基因片段与已发表的ＣＮＤＡ相应片段约９４％同源。     

人CLDN10a启动子的克隆及活性分析

CLDN基因家族编码构成细胞间紧密连接的主要跨膜蛋白Claudins,在维持细胞极性、信号转导和恶性肿瘤复发转移中发挥重要作用。CLDN10基因属于CLDN家族,有包括CLDN10a在内的多个转录本。本研究利用多种生物信息学方法分析CLDN10a的5′侧翼序列的特征和转录因子结合位点,采用基因合成、PCR扩增和分子克隆构建5′缺失的不同长度的CLDN10a启动子荧光素酶报告基因载体,瞬时转染HEK-293T细胞,通过双荧光素酶报告基因系统检测不同长度片段的启动子活性。生物信息学分析结果显示,CLDN10a的上游转录调控区序列(-2 000～+460 bp)含有TATA box、GC box和CAAT box,存在1个CpG岛,有4个启动子位置,有1个RNA聚合酶Ⅱ核心启动子;MatInspector和Jaspar分析发现,有75种可能的转录因子结合位点(评分≥0.99)。PCR和测序结果显示,成功构建了6个不同长度的CLDN10a启动子的双荧光素酶报告基因质粒。荧光素酶活性检测表明,-1 890～-1 100 bp、-1 000～-890 bp、-890～-150 bp和-150～+4...