《现代生物医学进展》被英国Global Health数据库收录

Global Health是英国国际农业与生物科学研究中心主办的、国际上权威的公共健康研究数据库。读者范围主要针对专业学术机构、研究人员、非政府组织、政策制定者、从业医师、健康机构专业人士及学生。该数据     

用生理数据和光学方法模拟视觉系统的空间滤波特性

实验采用光学滤波的方法,根据人类视觉系统对比敏感度曲线的生理数据,制作了一种模拟视觉系统空间调制传递特性的“人眼滤波器”.并用该滤波器对视错觉三角进行了分析.     

放牧对祁连山高寒典型草原土壤质量的影响

土壤质量是维持陆地生态系统稳定性与功能多样性的基础。放牧作为草地资源最广泛的利用方式之一,其对草地土壤质量的影响却缺乏量化标准,且两者之间的作用机理尚不明确。以祁连山高寒草原两个季节性牧场为研究对象,结合生态系统耦合与生态系统多功能性,探究了放牧对高寒草原土壤质量的影响与潜在机制。试验结果表明：基于最小数据集,不同放牧率下土壤质量指数差异显著(P<0.05),冬季牧场和春秋季牧场放牧率分别在2.45头月^-1 hm^-2和0.80头月^-1 hm^-2时土壤质量指数最高。土壤速效磷、有机碳、氮磷比和土壤pH是决定冬季牧场土壤质量的关键因子,而春秋季牧场中则是土壤有机碳、碳氮比和土壤pH;两个季节性牧场土壤质量指数与物种丰富度指数(P<0.05)和香浓维纳多样性指数(P<0.0001)呈显著正相关。高寒草原季节性牧场放牧地植物群落物种多样性与土壤因子耦合度在0.67—0.81之间,平均耦合度为0.74,属于中度协调;随着放牧率的增加,生态系统多功能性指数逐渐减低且与土壤质量指数变化趋势相似,...     

西瓜食酸菌与黄瓜互作转录组分析

【背景】细菌性果斑病是一种严重的种传细菌病害,其病原菌为西瓜食酸菌。截至目前对该病病原菌与寄主的互作机制认识极为有限。葫芦科的模式植物黄瓜易被西瓜食酸菌侵染发病,对西瓜食酸菌-黄瓜互作体系进行转录组分析,可以为探究西瓜食酸菌与寄主互作机制奠定重要基础。【目的】解析西瓜食酸菌-黄瓜互作时的相互响应规律。【方法】以细菌悬液注射接种6d黄瓜子叶,处理48 h的子叶作为转录组测序样本。利用RNA-Seq技术分析西瓜食酸菌FC440菌株与黄瓜9930品种互作时基因的表达特征。【结果】测序数据质量分析发现,各样品不同重复间相关性较强,与参考基因组比对率达95%以上,聚类分析发现对照组与处理组表达模式相反,样品处理达到一定效果,表明数据整体质量较高。选取6个差异表达基因进行RT-qPCR验证,结果显示6个基因的表达模式与转录组结果基本一致,表明转录组测序结果比较可靠。西瓜食酸菌和黄瓜互作48 h后,在转录组水平分别检测到1 618个和8 698个差异表达基因。Gene Ontology (GO)功能注释显示,细菌的差异基因显著富集在细胞组分中的细胞膜(37.5%)和膜部分(27.0%),生物过程中的氧化还原过程(66.7%)以及分子功能中的水解酶活性(66.5%);黄瓜的差异基因显著富集在细胞组分中的质体(22.2%)和叶绿体(21.3%),分子功能中的催化活性(70.0%)以及生物过程中的碳水化合物衍生物代谢(32.2%)。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)分析显示,细菌中致病相关基因显著富集在群体感应及细菌趋化性途径,而且群体感应系统基因下调更显著。黄瓜中调控钙依赖蛋白激酶(Calcium-Dependent Protein Kinase,CDPK)、钙调素和类钙调素(Calmodulin and Calmodulin-Like,CaMCML)及呼吸氧暴发激酶(Respiratory Burst Oxidase Homologne,Rboh)的基因总体上调,调控苯丙氨酸裂解酶(Phenylalanine Ammonia-Lyase,PAL)的基因和谷胱甘肽S-转移酶(Glutathione S-Transferase,GST)的基因在相应代谢途径中数量最多且上调程度明显。【结论】获得较高质量的西瓜食酸菌与黄瓜互作的转录组测序结果。群体感应与西瓜食酸菌FC440菌株致病力密切相关;寄主黄瓜应对西瓜食酸菌侵染以Ca~(2+)信号激活的防御反应为主。PAL和GST在黄瓜抵抗西瓜食酸菌侵染中发挥重要作用。本研究为进一步深入解析西瓜食酸菌与寄主互作的机制奠定了基础。     

基于高精度转录组测序技术挖掘甘蔗抗梢腐病相关的NBS-LRR家族基因

甘蔗(Saccharum officinarum)是中国乃至世界第一大糖料作物,也是非常重要的生物能源作物。甘蔗在大田生长过程中经常遭遇病原菌侵入而诱发甘蔗病害,严重时会造成产量下降、品质受损,在广西蔗区常年大面积种植甘蔗,梢腐病的发生极为普遍,也常因此造成严重的经济损失。本研究以具有易感梢腐病特征的现代栽培种‘中蔗1号’为实验材料,采用一种更高精度的转录组测序新技术,在全基因组水平鉴定到含有NB-ARC结构域的NBS抗病基因(含等位基因)共2 324个,其中在‘中蔗1号’梢腐病病株与健康蔗株中存在差异表达的基因有101个。进一步对这些基因的结构域进行注释分析,确定了36个NBS-LRR类抗病基因。推测这些基因可能参与甘蔗对梢腐病致病菌的抵御以及病害侵染甘蔗后的一系列防御反应。     

犬瘟热病毒临床流行野毒株F蛋白信号肽区分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)融合蛋白基因(F)序列,设计引物扩增F蛋白部分信号肽区,片段长369 bp.对2005年～2007年收集的犬瘟热阳性的水貂、狐、貉实质脏器、血液、尿液等样品进行扩增,获得了13个CDVF蛋白部分信号肽区基因片段.序列分析发现,CDV 野毒F蛋白该区段核苷酸与氨基酸序列与目前我国使用疫苗株CDV3及其他国内外疫苗株比较存在较大差异,与CDV3对应区段的核苷酸同源性在80.7%～83.2%之间,而推导的对应氨基酸序列同源性只有64.8%～71.3%.部分信号肽区的氨基酸疏水性分析,推测其调控功能也发生变化,本研究为CDV遗传变异和分子流行病学提供理论数据.     

化学工业出版社新书

现代微生物技术丛书——微生物分子育种技术;生物实验室系列——流式细胞术原理与科研应用简明手册;生物实验室系列——分子生物学实验参考手册——基本数据、试剂配制及其相关方法.     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

血雉的产卵时间和产卵间隔

鸟类的产卵时间和产卵间隔因种而异 ,并会影响其繁殖成功。采用在巢内放置含有温度数据自动记录装置的假卵 ,通过记录其温度的变化来监测雌鸟产卵行为的方法 ,对分布于我国青藏高原森林鸟类血雉(Ithaginiscruentus)的产卵时间和产卵间隔进行了研究。结果表明 ,雌鸟每次入巢产卵的时间是在 15 :16± 2 2min (13 :30～ 18:5 1) ,产卵高峰集中在 14:0 0～ 16 :0 0 ,每次在巢中停留 (2 2± 0 2 6 )h。产卵间隔为 (46 4± 3 0 8)h ,大多数 (75 % )产卵间隔 45 8～ 48 9h。由此推测 ,血雉产卵时间较为集中很可能与避开夜行性捕食者的活动高峰有关 ;而隔天产卵则是对高原恶劣环境条件的适应。