用于聚合酶链式反应(PCR)引物设计的计算机程序

 本文报道了两个用于PCR引物设计的计算机程序PCRDESN和PCRDESNA。PCRDESN程序主要从以下4个方面评价用户自己设计的一对引物的质量:(1)引物内的碱基反向重复或发夹结构,(2)两个引物之间的碱基互补配对,(3)两个引物之间的同源性,(4)引物的碱基组成及特点和T_m值计算。通过用多例文献发表的及本院有关实验室提供的引物对序列的验证,确定了程序的运算参数,证明该程序能较好地检验引物对的质量和解释某些PCR实验失败的原因。PCRDESNA程序采用逐级优化的方法和比PCRDESN所选用的更严紧的引物选择参数对用户提供的核酸序列进行快速检索,以确定所有可能的和合适的引物对。     

青鱼微卫星标记的开发与特性分析

青鱼(Mylopharyngodon piceus)是中国最为重要的淡水养殖鱼类。开发青鱼的微卫星标记能为青鱼的遗传多样性分析提供更多工具。本研究使用磁珠富集法,利用生物素探针(CA)10和(GACA)6,富集得到青鱼基因组微卫星片段,进一步通过设计微卫星引物检验其在青鱼原种群体中的有效性和多态性水平。结果显示,所构建文库中849个克隆含有微卫星序列,通过利用PCR技术在吴江原种青鱼36个个体中进行多态性筛选,获得了25个多态性微卫星位点。其平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为7.08和3.526,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.602和0.619,平均多态信息含量(PIC)为0.568。其中,Mp23、Mp27和Mp35这3个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡(P 0.01)。本研究开发的微卫星标记能为青鱼种质资源的评价和保护等研究提供工具。     

属特异性T-RFLP技术用于乳酸杆菌的群落分析

【目的】设计乳酸杆菌属特异性T-RFLP技术(末端限制性片段长度多态性分析)对14株乳酸杆菌进行分型。【方法】采用源于16S-23S rRNA基因间隔区序列的乳酸杆菌属特异性引物LAB-rev,乳酸杆菌的属特异性引物,6-FAM荧光标记后结合16S上游通用引物7f用于乳酸杆菌的PCR扩增。【结果】选取HaeⅢ和HhaⅠ进行限制性酶切,最后对酶切后的产物末端测序得到T-RFLP峰谱图,该图谱能够快速准确地对不同种的乳酸杆菌进行定性、定量的分析。【结论】实验成功搭建T-RFLP技术用于微生态环境中乳酸杆菌检测的平台,对于在功能性食品、乳酸饮料和药物对肠道微生态的影响及菌种鉴定等领域有重大意义。     

不同pH水平下两种菌根真菌对紫云英生长的影响及其相互作用

设计在不同pH水平（4.3、5.1、5.8、6.8）下两种VA菌根真菌Glomus mosseae和Gigaspora margarita对紫云英Astragalus sinicus进行单接种、混合接种及无接种对照的盆栽实验。对紫云英地上和地下部分生物量、根部侵染率、SDH和ALP酶活进行了检测。实验结果表明：紫云英的生长效应与VA菌根真菌的侵染率及两种酶活成明显相关性。土壤pH升高,单接种Glomus mosseae和混合接种的侵染率也随之升高,而单接种Gigaspora margarita的侵染率呈现     

纤维蛋白溶酶原相关生长因子家族的结构与功能

ＨＧＦ作为对肝细胞具有刺激作用的因子,已为人广泛认识。近几年有关ＨＧＦ结构－功能相互关系方面的研究结果以及与其组成,结构均相似的ＭＳＰ的发生,将视线引向与此相关的一类蛋白－纤溶酶原相关生长因子家族。ＭＳＰ的出现以及ＭＳＰ和ＨＧＦ结构与功能的特性,使得人们不再单纯地研究某一因子／蛋白的结构和功能,而更关注结构与功能间的相互关系、结构作为进化结果的意义,更重要的是在此基础上实现对相关因子／蛋白的功能预     

染色体步移技术研究进展

染色体步移技术是一种常用的克隆已知片段旁侧序列的技术.综述了近年来染色体步移技术的发展情况,介绍了结合基因组文库的染色体步移技术和基于PCR的染色体步移技术.同时总结了物理剪切法和限制性内切酶法构建亚克隆文库的优化步骤,以及连接成环PCR法、外源接头介导PCR法和半随机引物PCR法的原理,并且比较分析了他们之间的优缺点,以期对实际操作起到借鉴作用.     

多发性骨髓瘤细胞中一个表达上调基因的克隆与分析

根据GenBank收录的多发性骨髓瘤细胞株 (ARH 77)表达上调ESTAF4 2 5 30 0设计引物 ,运用RT PCR检测了 5例多发性骨髓瘤患者及 4例正常人骨髓细胞中该EST的表达水平 .Northern印迹杂交分析该EST在多种组织中的表达 .进一步利用该EST作探针 ,筛选ARH 77cDNA文库 ,获得全长cDNA克隆 ,对该序列进行了分析 .结果显示 ,该EST在多发性骨髓瘤患者骨髓细胞中亦有较高的表达 ,而在正常人骨髓细胞中低表达 .经测序证实 ,该cDNA全长为 4 5 2bp(GenBank收录号 :AF4 87338) .预测其编码一个 5 7个氨基酸的小分子量蛋白质 ,属于与DNA复制有关的解旋酶 引物酶基因家族的新成员 .该基因在多发性骨髓瘤细胞中表达上调 ,其表达水平的改变可能与多发性骨髓瘤的发生与发展有关     

WHBE 兔、日本大耳白兔和新西兰兔遗传多样性的 RAPD 分析

目的：应用随机引物扩增多态性DNA技术（ random amplified polymorphic DNA , RAPD）对大耳白黑眼兔（ white hair black eyes rabbit , WHBE rabbit ）、日本大耳白兔（ Japanese white rabbit , JW rabbit ）和新西兰兔（New Zealand white rabbit, NZW rabbit）3个实验兔品系进行遗传分析。方法选用90只实验兔的皮肤组织样品提取基因组DNA,用60个随机引物对实验兔基因组DNA进行PCR扩增,根据电泳结果筛选出多态性较高的引物进行RAPD-PCR分析,再利用Popgene 3．2统计软件对3个品系的扩增条带进行遗传分析,获得实验数据。结果分析结果表明：（1）60个随机引物中筛选出25个多态性较高的引物,3个品系实验兔共检测到493个扩增片段,长度在100～1800 bp之间,筛选的25个引物中,其中16个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出WHBE兔特有的特征条带;（2） WHBE兔位点数为234个,其中多态位点数166个,多态位点比为70．94％,JW兔位点数为228个,其中多态位点数122个,多态位点比为53．51％,NZW兔位点数为231个,其中多态位点数94个,多态位点比为40．69％;（3）三个群体的Shannon多样性指数分别为0．3385,0．2222和0．1905;（4） JW兔和NZW兔的遗传相似系数最高,为0．8443,其次为WHBE兔和JW兔的遗传相似系数,为0．8204,WHBE兔和NZW兔的遗传相似系数最低,为0．7862。结论结果表明WHBE兔与JW兔和NZW兔之间有遗传的相似性,也存在着遗传差异,应用RAPD技术可以很好地检测实验兔不同品系之间以及同一品系不同个体之间的亲缘关系。     

RAPD双引物在构建红麻连锁图谱中的应用研究

以阿联红麻（Alian Kenaf）与福红992（Fuhong992）杂交产生的F2代作图群体为研究材料,分别应用RAPD单引物和双引物进行多态性条带扩增,并进行扩增效果的比较研究,以期为作图群体构建红麻遗传连锁图谱奠定基础。结果表明,RAPD双引物比单引物扩增出更多的多态性条带,提高了引物的利用率和多态性条带的扩增效率。     

引物原位标记技术快速检测人类染色体非整倍性

染色体数目异常是人类染色体疾病的重要类型, 经常导致胚胎丢失、胎儿流产、婴儿死亡、先天畸形和神经发育异常等出生缺陷。文章应用引物原位标记(Primed in situ labeling, PRINS)技术快速检测人类染色体非整倍性, 率先采用更新的非ddNTP阻断的多色PRINS技术, 对人类外周血淋巴细胞和精子等多种样本进行标记; 然后对不同靶标序列的标记效率及不同荧光色素的发光特点通过实验进行评估, 获得关于PRINS技术的多项反应原理参数, 并筛选标记顺序以获得均一稳定的标记效果, 最后进行临床FISH探针与PRINS的标记比较实验。通过实验比较PRINS技术与传统FISH技术之间的标记特点与差别, 评估PRINS的实际应用效果。在2.5 h内标记了同一精子核内的多条染色体, 单色以上标记达到99％。同时在人类外周血淋巴细胞中也得到较好的标记效果。与FISH技术相比, PRINS的这些优点使得它成为诊断染色体非整倍性变异的首选技术。