皖南汉族的趾纹研究

本文对皖南地区520例汉族大学生的趾纹进行了调查分析,计算出了各型趾纹频率、趾纹组合、趾嵴纹计数等项参数。比较了不同性别、不同侧别和不同人种间的差异,分析了趾纹类型和趾嵴纹计数在各趾的分布特点,并对差异的原因进行了讨论。Abstract: The authors inverstigated and analysed the toe prints of 520 cases of good healthy students in Wannan area of Aahui, and calculated the frequency of various toe patterns, combinations of toe patterns, toe ridge counts (TRC) and so on. The differences between sexes, sides and reces were compared. The distributive character of toe patterns and toe ridge count on every toe were analysed. The different cause were discussed.     

基于CRISPR/Cas系统的多重基因编辑与调控技术

规律成簇的间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)及其相关Cas蛋白所构建的CRISPR/Cas系统是古细菌或细菌中特有的一种获得性免疫系统。研究人员将其开发成基因编辑工具之后,凭借其高效、精准和通用性强等优点迅速成为合成生物学领域的热门研究方向,在生命科学、生物工程技术、食品科学及农作物育种等多个领域引发了革命性的影响。目前基于CRISPR/Cas系统单基因编辑与调控技术日益完善,但在多重基因编辑和调控方面仍存在挑战。本文聚焦基于CRISPR/Cas系统的多重基因编辑与调控技术开发及应用,针对单个细胞内实现多位点基因编辑或调控和细胞群体内实现多位点基因编辑或调控技术,依据作用原理对其进行了系统总结和阐述,包括基于CRISPR/Cas系统的双链断裂、单链断裂以及多重基因调控技术等。这些工作丰富了多重基因编辑与调控的工具,为CRISPR/Cas系统在多领域的应用作出了贡献。     

基于三类特征融合的O-糖基化位点预测

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ~2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ~2-pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.     

gvpA-C间隔区在微囊藻株系分型中的应用

从暴发水华的水体分离微囊藻(Microcystis)株,并依据gvpA-C间隔区和16S rDNA序列对其分型和比较。在gvpA-C间隔区序列中,有的类型具有一段172—176 bp的额外序列。以不包括额外序列的0.27 kb序列相比较,不同类型之间差异碱基位点达50余个。在16S rDNA碱基变异集中的0.69 kb序列中,不同类型之间有差异的碱基位点共有8个。与16S rDNA序列相比,微囊藻gvpA-C间隔区序列具有高度变异性,并且其PCR扩增可一步完成,不受其他细菌污染,因而可用于微囊藻株系分型。由于横向转移,2种分型存在交叉关系。此外,原本含有或不含有额外序列的微囊藻gvpA-C间隔区序列在系统进化树中分别聚成一簇。     

炭疽芽胞杆菌中CRISPR位点

【目的】考察炭疽芽胞杆菌中规律成簇的间隔短回文序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)位点多态性情况及基于CRISPR位点多态性的分子分型方法是否在炭疽芽胞杆菌分型中适用。【方法】下载NCBI数据库中6株炭疽芽胞杆菌基因组并截取其中CRISPR位点片段序列。根据炭疽芽胞杆菌内CRISPR位点信息,设计相关引物,以193株炭疽芽胞杆菌基因组为模板PCR扩增CRISPR位点片段,测序。本地Blast比对截取序列及测序结果,查看CRISPR位点在炭疽芽胞杆菌中的多态性情况,并比较炭疽芽胞杆菌与蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌内CRISPR位点情况。【结果】炭疽芽胞杆菌内CRISPR位点不存在多态性。【结论】基于CRISPR位点多态性的分子分型方法不适用于炭疽芽胞杆菌分型,但可以用于区分炭疽芽胞杆菌与蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌。     

蛇伤筋膜间隔综合征23例分析

血循毒毒蛇咬伤后．由于蛇毒的作用引起组织出血、渗出、水肿,引发筋膜室内压异常增高,当室内组织压力超过30mmHg时,分布于肌肉的小动脉即可闭塞,肌肉缺血肿胀,静脉回流障碍,渗出增多,发生蛇伤筋膜间隔综合征．并最终导致肌肉、神经缺血坏死,常导致严重的肢体残废,甚至截肢。2003年以来,我科共收治23例蛇伤筋膜间隔综合征患者,现分析报告如下。     

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。     

胃病患者胃黏膜真菌感染的检测

通过检测胃炎和胃溃疡、胃癌患者胃黏膜寄居的真菌,了解胃黏膜真菌的菌种多样性及其与胃溃疡的关系。采集消化科就诊患者胃镜钳取的胃黏膜标本63例,采用念珠菌显色培养基(CHROMagar)进行真菌分离培养鉴定。用玉米吐温80培养基进行真菌孢子形态学检查,用ITS(internal transcribed spacer region)序列限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)检测分析真菌菌种多样性。分离培养真菌32(32/63,50.8%)株,经ITS序列RFLP法鉴定为白假丝酵母菌31株,光滑假丝酵母菌1株。真菌阳性率与病理诊断成正相关(r=0.263,P=0.027),与性别、年龄、吸烟、饮酒、学历的相关性均无统计学意义(P0.05)。结果表明,胃黏膜寄居的真菌存在多样性,且真菌阳性率与病理损害程度存在相关性。     

口腔黏膜真菌鉴定方法的比较

比较常见用于黏膜真菌菌种鉴别的多种方法,探寻最佳的鉴别方法。采集230例普通人群口腔黏膜样本,分别用玉米吐温-80培养观察厚膜孢子法、糖发酵生化反应法、CHROMagar假丝酵母菌显色培养基法、ITS基因的PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)法、ITS测序菌种鉴定法,鉴别真菌各菌株。结果显示:有56例菌株至少通过1种方法检出真菌;玉米吐温-80分离培养假丝酵母菌37株;50例菌株ITS基因测序共鉴定出8个菌种,白假丝酵母菌(C.albicans)29株,近平滑假丝酵母菌(C.parapsilosis)10株,热带假丝酵母菌(C.tropicalis)5株,Candida metapsilosis 1株,Lodderomyces elongisporus 1株,克柔假丝酵母菌(Candida krusei)1株,乙醇假丝酵母菌(C.ethanolica)1株,季也蒙毕赤酵母菌(Pichia guilliermondii)2株;CHROMagar假丝酵母菌显色培养基法鉴定出3种菌株,分别是白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌、近平滑假丝酵母菌;PCR-RFLP法检出5种菌株,分别是白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌、近平滑假丝酵母菌、季也蒙毕赤酵母菌、克柔假丝酵母菌,与基因的测序鉴定一致率为91%;糖发酵生化反应法阳性标本占被检出真菌例数的46.4%(26/56)。结果表明:ITS基因的测序法可以准确鉴定真菌各个菌种;PCR-RFLP法能鉴定常见的菌种,但操作繁琐;CHROMagar假丝酵母菌显色培养基法能快速准确鉴别3种常见假丝酵母菌菌种;玉米吐温-80可以准确培养鉴别白假丝酵母菌;糖发酵生化反应法,缺乏足够的敏感度和特异性,难以准确鉴别各个菌种。     

大白口蘑分离菌株的DNA鉴定

以松口蘑Tricholoma matsutake子实体为外类群,对大白口蘑T.giganteum野生子实体及其组织分离菌丝进行ITS序列测序,通过DNAStar软件进行比较分析。结果表明大白口蘑ITS序列长度为589bp,松口蘑ITS序列长度为601bp,ITS1和ITS2呈现不同程度的种间多态性;ITS序列测定证实了大白口蘑野生子实体及其组织分离菌丝的同质性,并且ITS区序列在大白口蘑种内不同菌株间的变异程度很小,表明使用通用引物ITS4和ITS5,通过PCR扩增测序即可用于大白口蘑的种质鉴定。