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兔出血症病毒NJ85株衣壳蛋白变异性分析及立体结构预测 总被引:3,自引:0,他引:3
用分子克隆技术从兔出血症病毒(RHDV)中国早期流行株NJ85中成功克隆出vp60基因,序列分析表明基因长度为1740nt,编码579aa.利用GenBank数据库,NJ85与WX84、TP二个RHDV中国毒株vp60基因DNA序列的同源性分别为92.7%和97.2%,氨基酸序列的同源性分别为96.1%和98.6%,与其他国家16个毒株的vp60基因DNA序列的同源性在83.7%~97.0%之间,氨基酸序列的同源性在90.5%~99.0%之间,具有高度的同源性. 进一步分析vp60基因的六个分区,A、B、D、F四个区变异率较低,C、E二个区变异率较高.在遗传进化上,历年来的RHDV毒株在氨基酸水平上分析可分为三个支谱系,在核苷酸水平上趋向四个支谱系,谱系没有呈现地域或时间特征.三个中国毒株分布在二个不同的支谱系中.与RHDV同为兔病毒属的欧洲野兔综合征病毒(EBHSV)组成了另一个谱系.运用生物信息学方法分析了NJ85 VP60蛋白的分子量、等电点、疏水性和二级结构,根据同源模型预测分析了三级结构.NJ85 VP60的二级结构以β片层为主,三级结构稳定.病毒衣壳表面有32个杯状凹陷, 由90个二聚体组成,二聚体由VP60单体以A/B5和C/C2两种方式构成,单体在二聚体中的构象有A、B、C三种形式.单体含有S、P两个结构域,两者通过柔性绞链连接,P结构域由VP60的C端部分形成,P分为P1和P2二个亚结构域,P2位于病毒衣壳表面,含有病毒株特异性抗原表位和红细胞结合位点. 相似文献
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PCR和Southern Blot检测土拉弗氏菌气溶胶 总被引:2,自引:0,他引:2
为提高检测土拉弗氏菌的特异性和敏感性,建立了土拉菌PCR及核酸杂交检测方法。运用平板计数、多聚酶链反应对土拉菌气溶胶稳定性进行了比较,结果表明PCR具有较高灵敏度,并且在采样后3小时PCR就可以得出定性结果,而平板计数则需要3~7天。采用PCR法合成了土拉菌376-bp探针,分别对细菌菌液、568-bpPCR产物和气溶胶样品进行杂交,结果表明菌悬液直接杂交可检出105CFU左右的细菌,检测PCR产物可达40pg。PCR和Southern印迹相结合有利于细菌的分离鉴定 相似文献
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尹飒 《小哥白尼(野生动物画报)》2011,(1)
新年第一天,爱丽丝收到了一封从仙境寄来的加急信。亲爱的爱丽丝:大事不好了,我的邻居三月兔失踪了!你能马上赶到仙境来吗?我们需要你的帮助!你的朋友疯帽子 相似文献
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用分子克隆技术从兔出血症病毒(RHDV)中国早期流行株NJ85中成功克隆出vp60基因,序列分析表明基因长度为1740nt,编码579aa。利用GenBank数据库,NJ85与WX84、TP二个RHDV中国毒株vp60基因DNA序列的同源性分别为92.7%和97.2%,氨基酸序列的同源性分别为96.1%和98.6%,与其他国家16个毒株的vp60基因DNA序列的同源性在83.7%-97.0%之间,氨基酸序列的同源性在90.5%~99.0%之间,具有高度的同源性。进一步分析vp60基因的六个分区,A、B、D、F四个区变异率较低,C、E二个区变异率较高。在遗传进化上,历年来的RHDV毒株在氨基酸水平上分析可分为三个支谱系,在核苷酸水平上趋向四个支谱系,谱系没有呈现地域或时间特征。三个中国毒株分布在二个不同的支谱系中。与RHDV同为兔病毒属的欧洲野兔综合征病毒(EBHSV)组成了另一个谱系。运用生物信息学方法分析了NJ85 VP60蛋白的分子量、等电点、疏水性和二级结构,根据同源模型预测分析了三级结构。NJ85 VP60的二级结构以B片层为主,三级结构稳定。病毒衣壳表面有32个杯状凹陷,由90个二聚体组成,二聚体由VP60单体以A/B5和C/C2两种方式构成,单体在二聚体中的构象有A、B、C三种形式。单体含有S、P两个结构域,两者通过柔性绞链连接,P结构域由VP60的C端部分形成,P分为P1和P2二个亚结构域,P2位于病毒衣壳表面,含有病毒株特异性抗原表位和红细胞结合位点。 相似文献
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《小哥白尼(野生动物画报)》2010,(2)
<正>当窗外猫头鹰的"咕咕"声和外公的呼噜声配成一首滑稽的奏鸣曲,我知道,夜已经很深了。穿好衣服,提上鞋子,我蹑手蹑脚地溜出家门。今晚,对,趁着夜深人静,我要独自走入森林,找到外公提到过的那棵老橡树。哪怕田鼠啃咬我的脚趾,虫虫钻进我的衣领,我都会在树下屏住呼吸,耐心守候,因为…… 相似文献