不同预处理对小鼠粪样菌群高通量测序分析结果的影响

应用高通量测序技术比较不同预处理对小鼠粪样菌群结构的影响,以期为后续相关研究提供参考依据。采集昆明小鼠新鲜粪样,分为原始粪样组、生理盐水处理组和PBS处理组,提取粪样DNA,采用Illumina MiSeq平台进行测序对3组样本的16S rRNA V3~V4区基因文库进行生物信息学分析。结果显示,3组样本拥有共同的OTUs 188个,不同预处理对粪样微生物多样性和丰度产生影响,生理盐水处理组、PBS处理组和原始粪样组分别检出14、11、12个门,3组样本共有门11个;分别检出24、21、21个纲,3组样本共有纲20个;分别检出62、55、59个科,3组样本共有科26个;分别检出147、126、137个属,3组样本共有属117个。总体来看,生理盐水处理组微生物多样性和丰度相对最高,原始粪样组次之,PBS处理组最低。粪样经生理盐水处理后,能在一定程度上提高肠道菌群检测的准确性。     

流感病毒裂解疫苗裂解剂去除工艺改进及稳定性研究

目的改进流感病毒裂解疫苗裂解剂去除工艺,降低残余卵清蛋白和裂解剂含量,提高疫苗质量,降低成本。方法分别将A1、A3和B型流感病毒纯化液用磷酸缓冲液（PB）沉淀法去除裂解剂,经超滤、除菌制备原液,配制6批半成品,其中3批不含硫柳汞,3批含硫柳汞,经全面检定,并观察放置37℃、25℃和2～8℃不同时间的稳定性。结果该疫苗各项指标均符合《中国药典》（2010年版）三部要求,其中卵清蛋白平均为3．83ng／mL,裂解剂平均为57μg／mL,比改进前分别降低97．9％和69％。37℃放置4周、25℃3个月及2-8℃12个月后检定全部合格。结论该工艺步骤简单,去除卵清蛋白和裂解剂效果明显,是进一步提高疫苗质量和降低成本的有效工艺。     

不同pH缓冲液对由乙酸产甲烷菌群结构的影响

【目的】研究不同p H缓冲液对乙酸产甲烷过程及对细菌和古菌群落结构的影响。【方法】分别添加磷酸盐(PB)、4-羟乙基哌嗪乙磺酸(HEPES)、哌嗪-1,4-二乙磺酸(PIPES)和Na HCO3/CO2缓冲液到乙酸产甲烷菌系中,定期监测甲烷产生趋势,到稳定期后收集菌体,进行16S rRNA基因的末端限制性片段多态性分析(T-RFLP)。【结果】发现PB组的乙酸产甲烷菌系延滞期约为40d,显著高于其他组的20-24 d(P0.05);Na HCO3/CO2组乙酸转化为甲烷的比例为(88.3±0.5)%,显著高于其他组的77%-81%(P0.05);不同缓冲液组的最大甲烷比生长速率为0.46-0.57 d-1(P0.05);Na HCO3/CO2组的细菌群落变化最明显,主要是未培养细菌(unclassified bacteria)、螺旋菌科细菌(Spirochaetaceae)和未培养WWE1类群的丰度较其他组分别增加到(15.5±9.4)%、(7.3±4.6)%和(17.6±6.3)%,而互养菌科(Synergistaceae)的细菌丰度降低到(8.9±8.1)%。AC+PB组中的古菌类群发生了明显变化,以竹节状甲烷鬃毛菌(Methanosaeta harundinacea)相关的产甲烷古菌占主导(97±2%),而在HEPES、PIPES和Na HCO3/CO2组和不加缓冲液组中同时存在两类乙酸营养型产甲烷古菌M.harundinacea和联合鬃毛甲烷菌(Methanosaeta concilii),以及属于甲烷杆菌目(Methanobacteriales)的氢营养型产甲烷古菌。【结论】在乙酸产甲烷菌系中加入PB增加了甲烷产生的延滞期,加入Na HCO3/CO2增加了甲烷产量,但是添加p H缓冲液不会影响到菌系的最大甲烷比生长速率。加入PB和Na HCO3/CO2都会显著改变微生物的菌群结构。这些研究为设计适宜的产甲烷菌系生长条件提供了参考。     

姜老师信箱

蛋白质研讨班学员问:姜老师,您好!我是蛋白质研讨班的学员,实验中有个问题向您请教。用硫酸铵沉淀镍柱亲和纯化的蛋白溶液后,用20mM PBS(pH6.8)复溶,接着用G25 5ml预装柱在AKTA纯化仪上脱盐,缓冲液为20mM PBS(pH6.8),出现了两个几乎等高的UV峰。第一个峰先于电导峰,第二个峰与电导峰重叠,SDS-PAGE显示两个峰均为目的蛋白(57kDa),而且4℃放置过夜之后,两个峰对应的溶液变浑浊。请您指点!     

小桐子ISSR-PCR体系的优化

采用正交试验设计方法.建立了小桐子ISSR-PCR反应体系和扩增程序.结果表明,在20μl反应体系中含有1×PCR缓冲液、200μmol/L dNTP、0.5μmol/L引物、2.0mmol/L MgCl2、0.5U Tag DNA聚合酶和90ng模板DNA最适用于小桐子ISSR-PCK扩增.适宜的扩增程序为94℃ 7min;94℃ 1min,44℃～56℃(退火温度随引物不同而定)45s,72℃ 1min,35个循环;72℃7min;4℃保存.     

芦丁-锗配合物及其自由基清除活性研究

芦丁是存在于多种植物中的天然多羟基黄酮苷,能与多种金属离子形成配合物。本文采用紫外分光度法考察了芦丁与锗离子的配位作用,并研究了芦丁-锗配合物清除超氧自由基和DPPH自由基的作用。结果显示在KH2PO4-NaOH(pH6．70)的缓冲液中,芦丁与锗离子能形成1：1的配合物,其K稳=10^7.46,同时配合物显示有较好的自由基清除活性。     

西藏21种真菌的血凝活性测定

选用了21种野生真菌,分别以PBS(磷酸缓冲液)浸提,浸提液进行兔红血球血凝活性测定,结果显示:冬虫夏草(Cordyceps sinensis)、蜜环菌(Armillariella mellea)、翘鳞肉齿菌(Sarcodon imbricatus)等不能使兔红血球凝集,显阴性;其余真菌均能使兔红血球凝集,其中以棱柄白马鞍菌(Helvella crispa)和美味牛肝菌(Boletus edulis)效价最高26;盘状马鞍菌(Helvella pezizoids)次之25;其余的均为20～23.取PBS浸提效价较高的6种样品棱柄白马鞍菌、盘状马鞍菌、真姬离褶伞(Lyophyllum shimeji)、红菇腊伞(Hygrophorus russula)、美味牛肝菌、离褶伞(Lyophyllum)等分别用Tris、NaAcetate(乙酸钠)、Glycin(甘氨酸)等不同pH缓冲液浸提,浸提液进行兔红血球血凝活性测定,结果显示:显弱酸性或弱碱性的缓冲液浸提时,浸提液对兔红血球血凝活性效价高于中性缓冲液,浸提真菌样品时最好使用弱酸或弱碱性缓冲液.     

核酸的非同位素化学发光分析系统

核酸的非同位素化学发光分析系统王瑛（中国科学院动物研究所;北京１０００８０）近些年由于在核酸杂交检测中引人化学发光物质代替了传统所用的显色反应,大大改善了系统的灵敏度,从而将核酸的非同位素标记与检测技术提高到一个崭新的水平,被愈来愈多的实验室采用。化...     

果实蛋白质组学研究的实验方法

双向电泳技术是蛋白质组学研究的基本方法之一。果实由于富含糖、多酚、单宁和有机酸等物质,蛋白质的提取比其它植物组织更加困难。本文主要介绍不同果实蛋白质的提取、等电聚焦系统和凝胶染色技术,并建立了一套适用于桃、樱桃、苹果、芒果和冬枣等多种果实蛋白质组学的研究方法。结果表明,采用匀浆法和酚抽提法提取果实的蛋白质,裂解缓冲液2溶解蛋白质,并用固相pH梯度进行等电聚焦,可以获得背景清晰和分辨率高的凝胶图谱,具有较好的重复性,可用于果实蛋白质组学的研究。我们的研究结果显示,固相干胶条与IEF管胶相比,具有更加明显的优势。而不同的染色方法,对结果影响不大。