NOD2信号传导负调控相关因子的研究进展

核苷酸结合寡聚化结构域蛋白2(nucleotide-binding oligomerization domain protein 2, NOD2)是一类参与先天性免疫应答的受体,属于核苷酸寡聚NOD样受体家族(NOD-like receptors, NLRs)。NOD2通过识别病原菌表面的模式抗原分子从而激活丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)等信号通路诱导炎症因子以及抗菌肽等物质,抵抗病原微生物的入侵。NOD2的负调控因子(去泛素化酶以及与通路相关的负调控蛋白等)可以阻断NOD2的信号传导从而削弱由NOD2引起的炎症反应并缓解炎症性疾病。该文总结了NOD2的负调控因子的种类以及相关作用机制,为进一步研究NOD2的调控机制以及临床干预NOD2相关性疾病提供参考。     

微生物亚硝酸盐还原酶的研究进展

亚硝酸盐还原酶(Nitrite reductase,简称NiR,EC1.7.2.1)是催化亚硝酸盐(Nitrite,简称NIT)还原的一类酶,可降解NIT为NO或NH3,是自然界氮循环过程的关键酶。本文详细阐述亚硝酸盐还原酶的分类、结构特点、催化机制以及现阶段的应用领域,为深入研究亚硝酸还原酶提供参考。     

茎瘤固氮根瘤菌ORS571 GGDEF和EAL结构域蛋白的预测及功能研究

[目的]环二鸟苷酸c-di-GMP是细菌中广泛存在的第二信使,能够调控多种细胞功能。c-di-GMP的合成与水解分别由含有GGDEF结构域和EAL结构域的蛋白催化。本研究针对茎瘤固氮根瘤菌ORS571的GGDEF和EAL结构域相关蛋白进行基因组学分析,并对三个同时含有GGDEF和EAL结构域的蛋白（AZC_3085、AZC_3226和AZC_4658）进行功能研究。[方法]利用SMART数据库对含有GGDEF和EAL结构域的蛋白进行结构域预测。利用CLUSTALW程序对蛋白序列进行比较分析。通过同源重组的方法构建突变株,并对突变株的细胞运动能力、胞外多糖合成、生物膜形成及与豆科宿主的结瘤等表型进行测定。[结果]茎瘤固氮根瘤菌ORS571中一共存在37个GGDEF和EAL结构域蛋白。突变株△4658的运动能力较野生型有下降,但是其胞外多糖合成能力、生物膜形成能力和竞争性结瘤能力较野生型有提高。此外,实验结果表明突变株△4658的胞内c-di-GMP水平高于野生型。突变株△3085和△3226的各种表型与野生型相比没有明显差异。[结论]茎瘤固氮根瘤菌ORS571编码如此大数量的GGDEF和EAL结构域蛋白,表明c-di-GMP可能在其信号转导过程中起到非常重要的作用。同时具有GGDEF和EAL结构域的蛋白AZC_4658对茎瘤固氮根瘤菌ORS571的运动能力、胞外多糖合成、生物膜形成及与宿主的结瘤起到一定的调节作用。     

从噬菌体展示随机12肽库中筛选与IRS-1PH结构域相结合的多肽模体

将胰岛素受体底物-1(IRS-1)的PH结构域(pleckstrin homology domain)编码序列克隆到融合表达载体pRSETA中,阳性克隆经IPTG诱导,表达出氨基端带6个连续组氨酸残基的融合蛋白。经检测,表达的目的蛋白一部分以可溶形式存在。利用Ni-NTA金属螯合亲和层析法在非变性条件下对表达的目的蛋白进行纯化,纯度大于98％。将纯化的目的蛋白包被于聚苯乙烯平皿上作为靶蛋白,经过4轮淘筛,得到能够与IRS-1的PH结构域相结合的重组噬菌体克隆;从中随机挑选出50个克隆进行DNA序列测定,对获得的短肽序列进行了分析。并通过ELISA检测了这些克隆与IRS-1的PH结构域的结合活性。     

Ect4/SARM基因研究进展

Ect4/SARM是进化上高度保守、具有多个结构域的蛋白质,其同源基因广泛存在于从节肢动物至脊椎动物的进化谱系中。Ect4/SARM具有三种特殊的结构域,分别称为SAM、ARM与TIR,三者都与蛋白-蛋白的相互作用相关又具有各自的功能。研究表明,Ect4/SARM主要在免疫系统、细胞凋亡及神经系统中起作用,与组织发育、免疫、凋亡以及代谢调控相关。在不同的物种、不同的组织中,Ect4/SARM显示出不同的亚细胞定位和功能,因此Ect4/SARM可能具有物种特异性及组织特异性,其具体的亚细胞定位和功能有待于进一步研究。     

《Molecular Plant》》文章中文摘要

2011年第4卷第6期（http：//mplant.oxfordjournals.org/content/vol4/issue6/index.dtl）1Gardiner J,Overall R,Marc J（2011）.PDZ domain proteins：＇dark matter＇of the plant proteome？.Mol Plant,4（6）：933～937题目：：PDZ结构域蛋白--植物蛋白质组的     

十字花科黑腐病菌中GGDEF结构域蛋白差异的in silico分析

近年来,含有GGDEF结构域(含有甘氨酸(G) (2个),天冬氨酸(D),谷氨酸(E),苯丙氨酸(F)保守氨基酸)的蛋白受到重视,已证实含GGDEF结构域蛋白在细胞信号转导、生长和致病性等方面发挥了重要作用.十字花科黑腐菌8004菌株(Xanthomonas campestris pv.campestris str.8004,Xcc 8004)有32个基因编码含GGDEF结构域蛋白,实验证明其中部分蛋白与Xcc致病性、胞外酶产生、生物膜形成和泳动等生命活动相关.本文利用互联网提供的生物信息学资源,对Xcc 8004不同功能含GGDEF结构域蛋白进行生物信息学分析,着重分析其结构域架构.对蛋白结构域架构整体比较显示,这些蛋白的整体结构域架构具有多样性,共有结构域架构仅有PAS_4-GGDEF-EAL (分布于参与致病的蛋白中);对结构域架构局部比较显示,在参与致病性的含GGDEF结构域蛋白中,PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL为共有结构域架构;在参与内切葡聚糖酶产生的蛋白中,PAS_4-PAS_4、PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL为共有结构域架构.本研究结果将为蛋白质功能预测提供线索.     

PLZF-RARα融合基因的生物学功能研究

构建了8个PLZF-RARα融合基因突变体.用“滞后”胶实验证实PLZF-RARα与PML-RARα一样,亦能以同二聚体的形式结合到维甲酸反应元件(RARE)上,且PLZF的POZ结构域介导PLZF-RARα同二聚体的形成和稳定.但两者与RARE的结合类型存在差异,在DR5G,PML-RARα的结合强度大于PLZF-RARα;而在DR5T,则是PLZF-RARα强于PML-RARα.进一步工作证实PLZF-RARα能与RXR形成异二聚体,并产生4种复合物.用免疫沉淀法发现PLZF-RARα亦能与PLZF形成异二聚体,而且也是通过POZ结构域介导PLZF-RARα和PLZF异二聚体的形成.同PML-RARα一样,PLZF-RARα对RARE的结合反应亦受维甲酸调控.     

蜜环菌糖苷水解酶家族基因在菌索与菌丝间的差异表达分析

蜜环菌是一种兼性腐生和寄生的真菌,通过降解伴栽基质并为药用植物(天麻)或菌物(猪苓)提供营养物质,而糖苷水解酶是这一过程的主要酶类.本研究从蜜环菌Armillaria mellea 541菌株转录数据库中共获得糖苷水解酶家族基因170个,分布于39个亚家族.进一步分析发现,这些家族基因编码的糖苷水解酶家族蛋白(glyc...     

PKG的结构与功能

ＰＫＧ是存在于真核内的一种蛋白激酶、主要有３种类型,分别以同源二聚体和单体形式存在。每个单体都有几个不同功能的结构域构成,在介导内第二信使ＣＧＭＰ的信号转导中发挥重要作用,ＰＫＤ分子活化后可降低细胞内的钙离子浓度,调节Ｃｌ＾－的分泌,从而介导一些重要的细胞功能的变化,如血管扩张、抑制血步板的活化、聚集和分泌等。此外近来的研究工作表明ＦＫＧ还参与中枢神经一些高级活动的调节。