表皮生长因子受体基因突变检测方法改进及初步临床验证

目的:改进现有的检测表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的荧光PCR法并开发出新的试剂盒,将其与直接测序法和ARMS法进行对比,验证该试剂盒用于临床诊断的敏感性、特异性和准确性。方法:收集2013年6月至2015年8月手术确诊的141例非小细胞肺癌(NSCLC)的石蜡包埋组织标本。采用盲法分别使用直接测序法、ARMS法和新试剂盒检测EGFR突变,比较新试剂盒与其他两种检测方法的差异,结果不一致时采用三种方法分别重复检验一次。结果:三种方法检测成功率均为100%,新试剂盒与直接测序法测得结果完全一致的比率达75.9%(107/141),在直接测序法测得的96例突变阳性中,92例在新试剂盒检测中得到验证(95.8%)。而直接测序法显示突变阴性的45例中,新试剂盒检测发现了23例突变阳性,两种检测方法的结果存在统计学差异(x2=40.745,P0.05)。与直接测序法进行比较,新试剂盒检测EGFR突变的敏感性、特异性分别为95.8%、48.9%,阳性预测值、阴性预测值分别为80.0%、84.6%,检测准确度为80.9%。以ARMS检测法为金标准,新试剂盒测得结果完全一致的比率达84.4%(119/141),两者的一致性比较好(K=0.749,P0.05),敏感性、特异性分别为94.1%、86.4%。结论:改进后EGFR基因突变检测的试剂盒在技术上较好地控制了检测结果的假阳性和假阴性,该检测方法较直接测序法具有更好的敏感性和准确性,与现有的ARMS法一致性较高。     

一个α,β地中海贫血复合家系β珠蛋白基因的进一步研究

 前文~[1]曾报道广西一个α,β地中海贫血复合家系的血红蛋白组成及α珠蛋白基因分析结果,并讨论了各成员可能的β珠蛋白基因结构情况。本文利用先进的PCR即基因扩增技术,结合特异寡核苷酸探针斑点杂交及扩增后直接测定DNA序列的技术,进一步研究并彻底搞请了该家系各成员的β珠蛋白基因结构情况。结果显示:母亲及两个弟弟都是编码子41—42TTCT四个碱基缺失造成框架位移所致β地中海贫血的杂合子。父亲与先证者的β基因均属正常。前三个成员均为α地贫复合β地贫,其α与β珠蛋白链合成的不均衡状态得到改善,贫血症状也明显轻。     

细胞缝隙连接的结构与功能

简介细胞间直接通讯的结构基础──缝隙连接的分布、结构、通讯方式及其与肿瘤的关系。     

促髓细胞分化的锌指基因单向PCR扩增直接测序的研究

锌指基因是一种造血调节基因,编码锌指结构蛋白,主要在髓细胞中表达,促进髓细胞分化,在急性早幼粒白血病维甲酸治疗中,促使病情缓解。本文报道了我们从基因分子上研究锌指基因作用中,探索并建立了单向聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增特定单链ＤＮＡ,直接测序的新方法。它能产生质和量均佳的单链ＤＮＡ,无需纯化即可直接用于测序,使复杂的测序研究简便易行,可在２,３天内完成。这种单向ＰＣＲ扩增特定单链ＤＮＡ直接测序的方法,经对锌指基因的ｃＤＮＡ测序,得到验证。此法不仅适用于疾病研究中的ＤＮＡ测序,还可制各单链ＤＮＡ探针,更利于基因结构组成的研究。     

肿瘤患者PICC置管继发皮肤损害处的菌群分析

目的 探讨肿瘤患者外周插入中心导管（peripherally inserted central catheters,PICC）继发皮肤损害处的菌群组成。方法 选择2019年12月至2021年6月我院收治并接受PICC置管的肿瘤患者62例。其中31例患者PICC置管处继发皮肤损害,纳入PICC组;31例患者PICC置管处未发生并发症,纳入对照组。采集两组患者PICC置管处的皮肤微生物并进行16S rRNA基因测序和分析。采用Mann-Whitney U检验分析两组对象皮肤微生物的丰度差异。采用随机森林分类模型对最佳PICC组分类单元集进行变量重要性分析,并且分析皮肤微生物群对PICC置管处继发皮肤损害的鉴别价值。结果 共鉴定出15 243个可操作分类单元（operational taxonomic units,OTUs）,鉴定水平为99.3%。移除罕见OTU后,保留1 958个OTU。分析表明PICC组和对照组之间皮肤微生物丰度存在显著差异,其中有7个菌群变化最显著。Staphylococcus aureus在PICC组中的丰度显著增加,而代表严格厌氧菌的Burkholderia sp....     

幽门螺杆菌相关胃炎患者唾液菌群的研究

目的 探究幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,H. pylori）相关胃炎（HpAG）患者和健康人群的唾液菌群特征,找出HpAG患者与无H. pylori感染人群唾液菌群之间的差异。方法 选取符合纳入标准的门诊及住院HpAG患者30例（HP组）,无H. pylori感染者30例（HC组）,收集2组人群唾液标本,通过PCR法扩增16S r RNA基因V3―V4区,经过高通量测序后,对测序数据处理后进行ASV注释、群落结构及多样性分析。结果 群落结构分析表示HpAG患者有其特征性的菌群结构。门水平上,HC组与HP组患者均以拟杆菌门（Bacteroidota）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteriota）和放线菌门（Actinobacteriota）为主要优势菌门。与HC组比较,HP组患者唾液菌群中Fusobacteriota相对丰度显著增加（t=2.01,P<0.05）。属水平上,HC组与HP组患者均以普雷沃菌属（Prevotella）、奈瑟菌属（Neisseria）、嗜血杆菌属（Haemophi...     

微生物互营产甲烷过程中的种间电子传递

甲烷作为全球第二大温室气体,是典型的可再生清洁能源,也是碳循环中的重要物质组成。大气中约74%的甲烷由产甲烷古菌和其他微生物的互营产生,种间电子传递(interspecies electron transfer, IET)是微生物菌群降低热力学能垒、实现互营产甲烷的核心过程。IET可分为间接种间电子传递(mediated interspecies electron transfer,MIET)和直接种间电子传递(direct interspecies electron transfer, DIET)两种类型,其中MIET依赖氢气、甲酸等载体完成电子的远距离传输,而DIET则依赖导电菌毛、细胞色素c等膜蛋白,通过微生物的直接接触实现电子传递。本文将从IET的研究历程出发,从电子传递机制、微生物种类、生态多样性等方面对微生物互营产甲烷过程中的两种IET类型进行比较,最后对未来待探索的方向进行展望。本综述有助于加深对微生物互营产甲烷过程中IET的理解,为解决由甲烷引发的全球气候变暖等生态问题提供理论支撑。     

生物有机肥对菠萝心腐病及根际土壤细菌群落的影响

【目的】探明施用生物有机肥对菠萝心腐病的防控效果及对根际土壤微生物的影响。【方法】本研究采用高通量测序技术,综合分析不同施肥措施根际土壤微生物细菌群落多样性及群落特征。【结果】相比常规施肥处理(CK)和普通有机肥处理(YJ),生物有机肥处理KN (羊粪有机肥+泥炭土+枯草芽孢杆菌)和生物有机肥处理KY (羊粪有机肥+椰糠+枯草芽孢杆菌)均能显著降低菠萝心腐病的发病率,且KN处理的防控效果最佳。生物有机肥(KN、KY)施入后土壤细菌α多样性指数高于CK和YJ处理,并形成了明显不同的细菌群落结构。与CK相比,生物有机肥KN处理显著提高了拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度,KY处理中的酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)丰度显著增加;属水平上,生物有机肥中的蔗糖伯克霍尔德菌属(Paraburkholderia)和黄杆菌属(Flavobacterium)丰度均显著提升。方差分区分析(variance partitioning analysis, VPA)表明,土壤化学性质(36.29%)对细菌群落影响最大,其中土壤速效钾和有机质是影响土壤细菌群落的关键因子,此外发病率(22.53%)和肥料偏生产力(16.42%)也是影响土壤细菌群落的重要因子。【结论】施用生物有机肥(KN、KY)能改变根际土壤细菌群落结构,降低发病率,对菠萝根际土壤生态系统稳定与健康具有重要意义。     

二氢杨梅素对抗生素应激小鼠血清抗氧化性和肠道微生物多样性的影响

【背景】二氢杨梅素(dihydromyricetin, DMY)是一类存在于藤茶中的主要黄酮类化合物,具有抗氧化、抗炎等功能,其药用价值受到广泛关注,但其在生物体内的生物活性及肠道中的分解代谢机制尚不清楚。【目的】探究二氢杨梅素对抗生素应激下小鼠的血清抗氧化性和肠道微生物多样性的影响。【方法】将小鼠分为对照组、抗生素组、抗生素+二氢杨梅素组,检测各组小鼠血清中的抗氧化指标,利用高通量测序分析组间肠道微生物多样性的差异,通过实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)验证特定菌群组间的相对丰度差异。【结果】二氢杨梅素显著提高了抗生素应激小鼠血清中过氧化氢酶(catalase, CAT)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(glutataione peroxidase, GSH-PX)活性(P<0.05),显著降低丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量(P<0.05),催化一氧化氮(nitric...