云南4个地区高山姬鼠线粒体控制区种群遗传分化研究

对云南4个种群38个个体的线粒体控制区（D-loop）905 bp的核苷酸序列遗传变异进行分析,探讨了高山姬鼠种群遗传结构和分化。在905 bp D-loop基因的碱基序列中,共发现了57个变异位点（全变异的6.30%）,共定义了23个单倍型,其中有一个单倍型（Hap1）为横断山3个种群（中甸、丽江和剑川）所共享,其余22个单倍型均为各个种群所特有。分子变异分析（AMOVA）表明,种群间的遗传变异占33.7%,种群内的遗传变异占66.3%。FST统计结果表明,除昆明种群和横断山种群之间差异显著（P〈0.05）,其它地理种群间的差异均不显著（P〉0.05）,说明昆明种群与横断山种群之间出现了明显的遗传分化。     

闽江和漓江暗鳜mtDNA控制区序列差异分析

为解决暗鳜(Siniperca obscura)在分类上的争议,利用PCR和直接测序法分析了闽江和漓江13尾暗鳜mtDNA控制区的序列差异。在长度813bp的同源序列中,共发现71个变异位点,占分析位点总数的8.73%;定义了11个单倍型,其中闽江群体7个,漓江群体4个,两群体之间没有共享单倍型,且有37个鉴别位点。两群体间的核苷酸歧义度(Dxy)为5.421%±1.129%。分子方差分析(AMOVA)得出两群体间的固定指数(Fst)为0.852(P<0.001)。构建的NJ亲缘关系树中,闽江暗鳜和漓江暗鳜各自组群,明显分为两支。这些表明闽江和漓江暗鳜群体之间出现了显著的遗传分化,其分化可能与南岭山脉的隆起形成有关。     

基于线粒体控制区的序列变异分析青海东部甘肃鼢鼠遗传多样性

甘肃鼢鼠(Myospalax cansus)是一种终年营地下独居生活的小型掘土类动物。本文通过测定mt DNA的控制区部分序列(530 bp)变异,分析青海东部地区8个甘肃鼢鼠地理种群遗传多样性与遗传结构。158个样本共发现26个变异位点,定义了39种单倍型,整体的平均单倍型多样性高(h=0.953 2)、核苷酸多样性低(π=0.006 36)。歧点分布和中性检验均说明青海东部甘肃鼢鼠种群在历史上存在着快速扩张的事件。基于邻接法构建的网络关系图中,单倍型呈星状分布,没有按地理位置形成对应类群。基因流(Nm)数据显示多数地理种群间基因交流贫乏,AMOVA结果显示种群内与种群间遗传变异分别为48.82%和51.18%,遗传分化明显。IBD分析表明,甘肃鼢鼠的遗传分化与地理距离呈正相关,说明距离隔离对甘肃鼢鼠种群分化具有重要作用。甘肃鼢鼠的这种遗传多样性与种群遗传结构特点,可能是地下生活方式靠挖掘迁移带来的较小扩散能力的结果。     

大石鸡兰州亚种的mtDNA种群遗传结构、单倍型分布和遗传多样性

大石鸡(Alectorismagna)是中国西北部的特有种。我们测定了大石鸡兰州亚种(A.m.lanzhouensis)8个地理种群106个样本的线粒体DNA控制区5′端458bp序列,研究其种群遗传结构和遗传多样性。27个变异位点共确定25种单倍型,其中单倍型M2广泛分布,而许多单倍型为一些地方种群特有。单倍型分布沿着南北方向变化,存在明显的地理结构。8个种群中核苷酸多样性最高的是定西种群,0.0069,最低的是海原种群,0.0028;单倍型多样性最高的是武山种群,0.86,最低的是北道种群,0.52。北方种群比南方种群具有更高的遗传多样性。系统发生树和单倍型分布表明,大石鸡兰州亚种存在两个明显的分支。溯祖理论、更新世冰期和花粉支持兰州亚种起源于兰州盆地,这个盆地是其遗传多样性的中心。     

不同产地中华鳖的线粒体控制区序列分析及结构比较

采用PCR特异引物,扩增了两产地中华鳖（Pelodiscus sinensis）个体的mtDNA控制区（CR）及其邻近片段,测序获得了长度分别为1830bp和1630bp的序列。结合GenBank中已发表的韩国产中华鳖mtDNA的CR区序列,比较了3个产地中华鳖的CR区结构。分析显示：中华鳖不同产地mtDNA CR区DNA中的A＋T含量分别为60.5%、63.6%和64.8%,它们的5′、3′末端以及CSB1-CSB2之间均存在丰富的可变数目串联重复序列（variable numbers oftandem repeats,VNTR）。基于mtDNA CR区序列和结构分析,显示中华鳖不同产地的野生个体中存在丰富的遗传多样性。     

线粒体微卫星DNA不稳定性与肿瘤关系的研究进展

线粒体DNA直接控制细胞氧化磷酸化过程,其基因组序列发生突变尤其是微卫星DNA 不稳定性会严重降低线粒体产生能量的功能,诱发细胞程序性死亡和癌细胞形成。目前,有关人类线粒体微卫星DNA不稳定性与肿瘤关系的研究越来越受到关注。仅就微卫星DNA的特点和不稳定性形成的机理以及与肿瘤关系的研究进展作以概述。     

棕头鸥线粒体基因组全序列测定与分析

基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了棕头鸥(Larus brunnicephalus)的线粒体基因组全序列。结果表明,棕头鸥线粒体基因组全长16 769 bp,GenBank登录号JX155863。基因含量和排列次序与红原鸡一致,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA和一个D-loop区(控制区)。除COI基因以GTG、ND3基因以ATT为起始密码子外,其余11个蛋白质编码基因均以ATG起始。11个蛋白质编码基因以典型的完全终止密码子AGG、TAG、TAA或AGA终止,COIII和ND4基因为不完全终止密码子T。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer(AGN)缺少DHU臂,tRNAPhe的TψC臂出现第4种排列形式。预测的棕头鸥12S和16S rRNA二级结构分别包括4个结构域47个茎环和6个结构域60个茎环。其他鸟类控制区发现的F-box、E-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box和CSB-boxes(1-3)也存在于棕头鸥中,预测了控制区H链复制起始序列OH和双向复制起始序列LSP/HSP。系统发育分析支持将棕头鸥划归为面具鸥族(Masked gulls)。     

红鲫部分线粒体DNA序列变异分析

对红鲫19尾个体的线粒体tRNA-Thr基因、tRNA-Pro基因和部分控制区的核苷酸序列进行了测定．获得19条长度为836～837bp的同源基因序列,共发现18个变异位点．定义了4种单元型．在红鲫4种单元型中确认了DNA复制终止相关的序列TAS、中央保守区序列（CSB-F、CSB-E和CSB-D）和保守序列CSB1．在18个变异位点中,除一个缺失外,序列变异全部为转换,无颠换发生．4种单元型之间的序列差异在0．1％。1．7％之间．结果显示,红鲫群体具有较高的遗传多样性水平,因而暗示了它具有较强的适应外界环境变化的能力,同时说明它是鱼类遗传育种的较好实验材料．     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列(930bp)。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3)。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析。结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

中国胭脂鱼线粒体控制区遗传多样性分析

利用PCR技术扩增了采自长江宜昌江段和清江的8尾中国胭脂鱼线粒体DNA控制区全序列,研究发现该种具有脊椎动物线粒体控制区的一般结构,在获得的958bp的碱基序列中,共检测出32个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.033。核苷酸的变异位点除一个为缺失外,其余全部为碱基转换。变异位点主要集中在55-365bp高变异区,而其他区域突变稀少,个体的变异在0-1.36%之间,表现出较大的个体多态性差异。中国胭脂鱼的线粒体控制区的变异远大于美国胭脂鱼（Moxostoma robustum)的0.016。