分散角质层的分类和命名*

简略讨论了分散角质层对地层学、古生物学和古环境的意义;简述了气孔器的形态学、发生学和形态一发生学的分类;在介绍并讨论了分散角质层的分类原则和命名方法的基础上,提出了新的分类方案.     

脊索动物嗅觉受体基因命名法的发展

嗅觉受体属于G蛋白偶联受体家族,在脊索动物的整个生命周期中都扮演着至关重要的角色。与其他多数基因家族不同,嗅觉受体家族是一个成员数量庞大的超基因家族,为它们合乎逻辑的命名可以更好地对该家族进行描述、分析和讨论,也可以为机器学习程序从庞大的嗅觉受体数据库自动构建相应的蛋白结构和功能知识库提供语义信息。由于脊索动物嗅觉受体演化速度很快、基因数量庞大、假基因比率高、在物种及染色体上分布差异巨大等多方面的原因,给嗅觉受体基因合理的命名较为困难。三十多年来,伴随着嗅觉受体研究领域的发展,嗅觉受体基因命名法也经历了多次迭代,在每个阶段都发挥着积极的作用。随着测序技术和生物信息学算法工具的发展,随之而来的是新注释的海量的嗅觉受体基因,这使已有的嗅觉受体基因命名法变得越来越难以适应大数据挖掘和知识工程的系统开发,因此迫切需要一个能满足当下需求的嗅觉受体基因命名法。     

DPSN：扩增子测序引物标准化命名数据库

扩增子测序是目前用来衡量微生物多样性时使用最广泛的测序手段。因为其扩增的需要,所以选择合适的特定引物是必需的,且其对结果影响甚大。probeBase是目前最常用的记录了人工校正后的rRNA探针和引物的数据库。然而,我们发现probeBase中63.58%的引物存在不同程度的注释错误,包括命名重复、命名无规律以及匹配位置错误等。更严重的是,目前主流的短命名方式不具有唯一性,导致对应关系模糊不清。因此,我们定义了更简单可行的短命名标准并开发了新的引物科学命名数据库（DPSN）,并对probeBase里的所有173个引物进行了校正,并新加入了4个新的改良引物以及38个针对大亚基的新引物。新的短命名规则包含3个基本要素：在正链5''端的位置、版本号和方向。此外在前面加入了识别大/小亚基以及主要针对的菌界的标志。使用DPSN,可以快速查找感兴趣区域对应的引物并比较不同版本的差异选择合适的引物。同时还能建立命名与序列的明确一一对应关系,避免歧义。     

林奈收藏的欧洲蝴蝶模式标本(鳞翅目:锤角亚目)

修订了林奈(C.Linnaeus)建立的欧洲蝴蝶原始模式标本的地位.确认了38个分类单元的选模地位.本文为以下分类单元指定了选模:Papilio apollo Linnaeus,1758;P.daplidice Linnaeus,1758和P.palaeno Linnaeus,1761.对以下18个物种,由于它们在林奈...     

小麦eIF3c基因片段的克隆及序列分析

根据真核翻译起始因子eIF3c的保守序列,搜索小麦EST,由拼接的序列设计引物,从普通小麦‘川麦107'幼苗总RNA中克隆出1102bp的小麦eIF3c1基因片段命名为WeIF3c1.序列分析表明,该片段推断的氨基酸序列与两个拟南芥、水稻、甜樱桃、人类、线虫、老鼠等物种的真核翻译起始因子eIF3c相比较同源性分别为69、61%、85%、72%、38%、36%和38%.     

不吸水链霉菌梧州新亚种限制-修饰系统初探

采用菌丝体原位包埋方法和高压脉冲电泳技术从不吸水链霉菌梧州新亚种(Streptomyces ahygroscopicus wuzhouensis neosubsp. 11371)中分离得到两条质粒DNA带.通过双向电泳证明,2个质粒均为线性分子,按照分子量大小依次命名为pSAL1、pSAL2.并对不吸水链霉菌梧州新亚种的限制-修饰系统进行初步探讨:将来自变铅青链霉菌TK54的高拷贝质粒pIJ702转化不吸水链霉菌梧州新亚种原生质体,未能得到转化子,改用pIJ702转化不吸水链霉菌梧州新亚种U-3原生质体,得到了转化子.     

饰纹姬蛙7个Dmrt基因DM结构域的克隆及序列分析

采用简并PCR技术扩增了饰纹姬蛙(Microhyla ornata)Dmrt基因的DM结构域,经分子克隆、SSCP和DNA序列分析,获得了该基因家族的7个成员并分别命名为MoDmrtla、MoDmrtlb、MoDmrt3al、MoDmrt3a2、MoDmrt3a3、MoDmrt3b和MoDmrt5.与不同进化地位其他动物相关的Dmrt基因进行比对和聚类分析,结果显示该基因在系统进化上具有高度的保守性.     

基因工程中常用术语的命名规则

1　基因的命名基因符号最初用英文的第 1个字母的大写表示。例如 ,T代表苏氨酸 ,T+代表苏氨酸合成酶野生型基因 ,T-代表苏氨酸合成酶缺陷型基因。但随着基因数目的增多及众多突变类型的出现 ,这一套符号已经不够用了。1 90 6年 ,M.Demerec等提出了一套新的基因命名规则 :1 )每个基因座位用 3个小写斜体字母表示 ,这 3个字母来自说明基因特性单词的前 3个字母 ;2 )表型相同基因不同的突变型 ,用 3个字母后面加了 1个大写字母表示 ;3 )同一基因的不同突变位点用基因符号后面所加的阿拉伯符号表示 ,如果突变位点所属的基因还不确定 ,那么大写…