《自然－免疫学》：研究人员探明过敏体质部分原因

日本理化研究所近日发表新闻公报说。其研究人员与美国同行经动物实验发现，负责合成转录因子Mina的基因存在单核苷酸多态性。这一特点与过敏症发病相关。     

DNA启动子的计算机识别

本文介绍了两种预测DNA顺序上的启动子位置的计算机识别方法,方法1是基于启动子部位单核苷酸的分布不均一性,方法2是基于启动子部位二核苷酸的分布不均一性。分别用这两种方法推测了质粒pBR322DNA上启动子的位置,从而验证了化学实验的结果。     

A large-scale gene discovery for the red palm weevil Rhynchophorus ferrugineus （Coleoptera： Curculionidae）

The red palm weevil （RPW; Rhynchophorusferrugineus） is a devastating pest of palms, prevalent in the Middle East as well as many other regions of the world. Here, we report a large-scale de novo complementary DNA （cDNA） sequencing effort that acquired ~5 million reads and assembled them into 26 765 contigs from 12 libraries made from samples of different RPW developmental stages based on the Roche/454 GS FLX platform. We annotated these contigs based on the publically available known insect genes and the Tribolium castaneum genome assembly. We find that over 80% of coding sequences （CDS） from the RPW contigs have high-identity homologs to known proteins with complete CDS. Gene expression analysis shows that the pupa and larval stages have the highest and lowest expression levels, respectively. In addition, we also identified more than 60 000 single nucleotide polymorphisms and 1 200 simple sequence repeat markers. This study provides the first large-scale eDNA dataset for RPW, a much-needed resource for future molecular studies.     

金沙江河谷特有植物罂粟莲花的保护遗传学

毛茛科的罂粟莲花(Anemoclema glaucifolium)是中国西南部金沙江河谷地带特有的单种属植物。本研究利用分子生物学手段（SNPs）,对罂粟莲花的遗传多样性和遗传结构进行了研究。三个叶绿体片段(rps16内含子,psbA trnH 基因间隔区以及trnC ycf6基因间隔区)联合分析的结果显示低的遗传多样性和高的遗传分化。这可能是由于居群间长期的地理隔离,狭小的分布区以及生境片段化造成的有限的基因流所引起的。如今在金沙江上修建水电站的位置与罂粟莲花的分布区有部分重叠,这些水电站会淹没罂粟莲花的部分个体和生境,并且改变生态环境,威胁罂粟莲花的生存。本研究对罂粟莲花遗传多样性的研究为制定有效的保护策略提供了信息。     

Novel Natural Allelic Variations at the Rht-1 Loci n Wheat

Plant height is an important agronomic trait. Dramatic increase in wheat yield during the ＂green revolution＂ is mainly due to the widespread utilization of the Reduced height （Rht）-1gene. We analyzed the natural allelic variations of three homoeologous loci Rht-A1, Rht-B1, and Rht-D1 in Chinese wheat （Triticum aestivum L.） micro-core collections and the Rht-B1/D1 genotypes in over 1,500 bred cultivars and germplasms using a modified EcoTILLING. We identified six new Rht-A1 allelic variations （Rht-Alb-g）, eight new Rht-B1 allelic variations （Rht-Blh-o）, and six new Rht-D1 allelic variations （Rht-Dle-j）. These allelic variations contain single nucleotide polymorphisms （SNPs） or small insertions and deletions in the coding or uncoding regions, involving two frame-shift mutations and 15 missenses. Of which, Rht-Dle and Rht-Dlh resulted in the loss of interactions of GID1-DELLA-GID2, Rht-Blicould increase plant height. We found that the Rht-Blh contains the same SNPs and 197 bp fragment insertion as reported in Rht-Blc. Further detection of Rht-Blh in Tibet wheat germplasms and wheat relatives indicated that Rht-Blc may originate from Rht-Blh. These results suggest rich genetic diversity at the Rht-1 loci and provide new resources for wheat breeding.     

中国汉族人群CXCR2基因＋1235C/T多态与急性冠脉综合征的关联研究

目的：炎症反应在动脉粥样斑块变化的病理过程中发挥着重要的作用。本研究探讨CXCR2基因＋1235 C/T单核苷酸多态与中国汉族人群急性冠脉综合征发病的相关关系。方法：本研究采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法对675例急性冠脉综合征的患者和636例对照组进行检测,分析CXCR2基因＋1235 C/T单核苷酸多态的基因型和等位基因频率的分布情况,同时收集济南军区总医院心内科经冠脉造影证实为阳性的急性冠脉综合征患者360例及对照者360例,对上述关联分析的结果进行复制实验的印证。结果：CXCR2基因＋1235 C/T单核苷酸多态三种基因型（CC型,CT型和TT型）在急性冠脉综合征组分布频率分别为39.3%,45.3%和15.1%,在对照组分别为41.7%,47.2%和11.1%,CXCR2基因＋1235 C/T基因型和等位基因频率对照组和急性冠脉综合征组之间存在统计学差异（P〈0.05）。Logistic回归校正性别、年龄、体重指数、吸烟、高血压、高脂血症、糖尿病等冠心病的易患因素后,CXCR2基因＋1235 C/T多态与急性冠脉综合征的发病存在相关关系（P〈0.05）。结论：CXCR2基因＋1235 C/T多态与急性冠脉综合征发病存在相关关系,CXCR2基因＋1235 C/T多态可能是中国汉族人群急性冠脉综合征发病的独立危险因子。     

血管紧张素转换酶基因多态性与冠心病发病的相关关系

目的:从分子遗传学角度分析血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态与中国北方汉族人群中冠心病发病的相关关系。方法:本研究收集在沈阳军区总医院心内科住院的行冠脉造影检查的病例为研究对象,冠脉动脉照影检查显示冠状动脉主支狭窄程度大于等于70%的入选为冠心病组,冠状动脉照影检查显示冠状动脉主支狭窄程度小于20%的为对照组,共入选568名冠心病患者以及性别与年龄相匹配的529名对照个体为研究对象,利用测序的方法分析检测血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态在冠心病组与对照组中的频率分布情况。结果:血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态基因型频率符合Hardy-Weinberg定律。血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态(II型,ID型和DD型)在我们入选的568例冠心病组分布频率分别为50.3%,30.3%和19.4%,而在我们入选的524例对照组中的分布频率为57.7%,31.2%和11.1%,研究发现血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态可能是中国北方汉族人群冠心病发病的独立危险因素(P0.05);利用多元回归分析发现,在调整了冠心病的其他危险因素后,血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态的变化仍然是中国北方汉族人群冠心病发病一个独立危险因素,可以预测中国北方汉族人群冠心病的发生。结论:在中国北方汉族人群中,血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态可能是冠心病发病的独立危险因素,在临床上可以早期预判冠心病的发生。     

基质金属蛋白酶-9 基因单核苷酸多态性与肺结核病的相关性研究

目的:探讨基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)基因多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与肺结核的相关性。方法:对符合纳入及排除标准的肺结核病例组224例及健康对照组249例进行血样收集与临床资料采集。采用飞行时间质谱分析方法对MMP-9基因rs17576、rs2236416、rs3787268、rs3918254共4个多态性位点进行基因分型,数据统计分析采用SPSS20.0和Haplo View 4.0软件进行。结果:我们首次发现,在病例及对照组中,rs17576基因型频率分布存在统计学差异(X~2=7.822,P=0.020)。与对照组相比,病例组G等位基因频率显著高于对照组(X~2=7.335,P=0.007,OR=1.463,95%CI=1.110-1.927)。病例组rs17576基因型分布中,GG和AG基因型患者吸烟史显著高于AA基因型患者;GG和AG基因型患者卡介苗接种史显著低于AA基因型患者。连锁不平衡分析发现一个单倍型(rs17576-rs3918254)高度连锁(D'0.7;r~20.8)。在病例组及对照组中,G-C和A-C单倍型频率分布存在显著性差异,病例组中G-C单倍型频率显著高于对照组(P=0.022),对照组中A-C单倍型频率显著高于疾病组(P=0.024)。结论:MMP-9基因rs17576多态性位点可能与肺结核有关,携带有rs17576位点G等位基因的个体更易发生肺结核。携带G-C(rs17576-rs3918254)单倍型的个体更易患肺结核病,携带A-C(rs17576-rs3918254)单倍型的个体相对不易患肺结核病。     

新疆地方绵羊TLR9基因多态性分析

通过分析TLR9基因的多态性,探究新疆不同绵羊品种抗病力的分子机制。以塔什库尔干羊、和田羊和多浪羊共107个样本为研究对象,采用PCR、测序法和生物信息学方法分析TLR9基因的SNP及氨基酸差异。发现7个SNP,其中3个位点为同义突变,4个位点为非同义突变,确定为12个等位基因,其中新发现6个等位基因。首次发现氨基酸G437R的突变。6个等位基因对应的TLR9蛋白3-D结构存在差异,可能影响机体对PAMP的识别。绵羊TLR9基因外显子2具有较高的多态性,导致LRR空间结构改变,进而影响机体对疾病的感受性。本研究为新疆南疆地区绵羊抗病育种提供基础数据。     

脂联素基因单核苷酸多态性与Ⅱ型糖尿病合并肥胖及胰岛素抵抗相关联

脂联素是近年新发现的脂肪组织特异性的细胞因子,其mRNA是脂肪组织中含量最丰富的基因转录产物,该因子可通过多种途径影响个体对胰岛素的敏感性。脂联素基因多态性与肥胖、胰岛素抵抗和2型糖尿病密切相关,而与冠心病相关性研究的报道较少。本研究以中国汉族人群1,098例为对象,其中304例冠心病(CHD)患者,389例糖尿病患者(T2DM),及405例性别年龄相匹配的正常对照,采用PCR-RFLP技术对脂联素基因-4522C/T进行基因分型,并分别对血脂水平、胰岛素抵抗、体重指数等临床数据进行分析比较。研究结果显示,脂联素基因-4522C/T各基因型及等位基因在CHD组与对照组、T2DM组与对照组中的分布差异无显著性;经分组分析发现,T2DM合并肥胖患者BMI≥25kg/m2TT基因型及T等位基因明显多于对照组,差异有显著性,P=0.014和P=0.034;TT基因型T2DM患者胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)显著高于携带有C等位基因的T2DM患者,P=0.0069。本研究提示脂联素基因-4522C/T与中国汉族人群T2DM合并肥胖的发生及T2DM患者胰岛素抵抗相关,是引发糖尿病患者肥胖和胰岛素抵抗的重要候选基因,而与冠心病的发生无关联。