3D-OCP--一种大中型野生动物家域研究模型

利用全球定位系统（ＧＰＳ）的三维定位能力和电子计算机处理复杂运算的能力,通过对动物活动痕迹和地理标志精确定位,并利用大地测量学的方法,将地球球面坐标系转化为高斯－吕格平面坐标系后,建立了一种反映野生动物实际生活环境的三维空间家域模型,并开发了计算三维空间家域面积的计算机软件３Ｄ－ＯＣＰ。     

松墨天牛及其天敌花绒坚甲种群的三维空间分布格局

2003～2005年对纯林和混交林中的黑松、马尾松、湿地松诱木按1 m一个区段进行全株解剖,解剖的松墨天牛和花绒坚甲的资料用聚集强度的5种指数测定空间格局.两种林分3种松树上,松墨天牛和花绒坚甲水平分布的聚集强度指数均为扩散系数C＞1,扩散指数I_δ＞1,久野指数C_A＞0,丛生指数I＞1,聚块性指数I_w＞1,表明两者水平分布均为聚集格局,两者水平分布格局一致.垂直分布除混交林马尾松树上的花绒坚甲为聚集分布外,其余均为均匀分布,5种聚集强度指标均是C＜1,I_δ＜1,C_A＜0,I_w＜1,I＜0,花绒坚甲与松墨天牛三维空间分布格局一致,前者对后者在空间上有追随关系.     

城市建筑群三维空间布局评价与优化——以厦门岛滨海地带为例

随着城市化进程的快速推进,城市建设带来了土地资源紧张,使得越来越多的城市向着高层化、立体化、智能化方向发展;城市建筑群三维空间的最优布局是城市集约化发展的基础条件。针对现阶段的城市建筑群三维空间布局存在一些不足,构建城市建筑群三维空间布局的评估方法体系。以厦门岛滨海地带为研究区,基于多源、多空间分辨率遥感影像数据,从建筑景观、热环境和视觉效果3个角度评价厦门岛滨海地带三维空间格局的现状;并总结城市三维空间布局优化发展模式;从建筑景观、热环境和视觉效果这三个角度提出了厦门岛滨海地带城市建筑三维空间的布局优化建议。三维空间布局评价的结果表明：（1）从建筑景观角度,不同功能建筑群与容积率关系：商业区容积率最高,其次是商品房居住区,文教区占地面积广且建筑密度低,民房居住区的容积率是最低的但其建筑密度高;（2）从热环境角度,考虑温度因素,建筑群建筑密度过大、建筑层数过多都会造成温度较高;（3）从视觉效果角度,研究区具有宽广的视觉空间和宽阔海面,与以山体为背景的天际线形成了鲜明的对比。此外,提出优化低层建筑和合理布局中高层建筑的建筑容积率,设计建筑形态多样化和优化天际线前景、中景和背景的层次布局,可提高厦门岛的城市建筑群三维空间布局。本研究可为厦门岛滨海地带的城市建筑群三维空间布局优化提供基础数据支持与技术支撑,为城市土地资源规划等政府部门提供决策支持,对城市建筑群三维空间的合理利用和景观优化具有重要意义;也为我国其他城市的可持续发展研究提供新的科学理论依据和参考借鉴。     

建筑三维空间形态对地气能量动态、空气温度和相对湿度的影响

建筑对城市能量分配和微气候起着重要作用,探讨建筑三维空间形态与地气能量/微气候关系对气候适应性城市建设具有重大意义。基于ENVI-met的多情景模拟结果和增强回归树量化了建筑三维分形维数和三维形状指数对地气能量指标(净辐射、土壤热通量、建筑储热、感热通量和潜热通量)、空气温度和空气相对湿度的影响。研究结果表明,建筑三维分形维数、三维形状指数与地气能量动态、空气温度和空气相对湿度存在非线性关系。白天,当三维分形维数高于2.4,或三维形状指数低于2.0时,随着三维分形维数或三维形状指数的增加,三维分形维数和三维形状指数与净辐射、土壤热通量、建筑储热、感热通量、潜热通量和空气温度呈现统计负相关。夜间,当三维分形维数高于2.4,三维分形维数与感热通量和空气温度呈现负相关;与土壤热通量和潜热通量呈现正相关。夜间,当三维形状指数小于2.0时,三维形状指数与空气温度、空气相对湿度呈现负相关。当三维形状指数在2.0—2.5时,三维形状指数与感热通量、潜热通量呈现负相关;当三维形状指数高于2.5时,三维形状指数与感热通量、潜热通量不存在统计关系。白天,建筑三维分形维数的增加,净辐射、土壤热通量、建筑储热...     

Molecular Mechanisms of Cell-cell Recognition

Cell-cell recognition is the key for muhicellular organisms to survive. This recognition critically depends on protein-protein interactions from opposing cell surfaces. Recent structural investigations reveal unique features of these cell surface receptors and how they interact. These interactions are specific, but usually relatively weak, with more hydrophilic forces involved in binding. The receptors appear to have specialized ways to present their key interacting elements for ligand-binding from the cell surface. Cell-cell contacts are multivalent. A large group of cell surface molecules are engaged in interactions. Characteristic weak interactions make possible for each individual molecule pair within the group to constantly associate-dissociate-reassociate, such that the cell-cell recognition becomes a dynamic process. The immunological synapse is a good example for immune receptors to be orchestrated in performing immunological function in a collective fashion.     

3D Genome Tuner： Compare Multiple Circular Genomes in a 3D Context

Circular genomes, being the largest proportion of sequenced genomes, play an important role in genome analysis. However, traditional 2D circular map only provides an overview and annotations of genome but does not offer feature-based comparison. For remedying these shortcomings, we developed 3D Genome Tuner, a hybrid of circular map and comparative map tools. Its capability of viewing comparisons between multiple circular maps in a 3D space offers great benefits to the study of comparative genomics. The pro...     

三维基因组学研究进展

三维基因组学是一门研究基因组三维空间结构与功能的新兴学科,主要研究基因组序列在细胞核内的三维空间构象,及其对DNA复制、DNA重组、基因表达调控等生物过程的生物学效应。自染色质构象捕获技术 (3C)出现后,三维基因组学相关研究领域飞速发展。借助于3C及其衍生技术、Hi-C和ChIA-PET等技术,科学家能对各类物种的三维基因组进行更为深入的研究,从而揭示微生物、植物和动物基因组的空间构象、染色质的相互作用模式、转录调控以及不同生物学性状的形成机制;挖掘与生命活动和疾病相关的关键基因和信号通路;推动农业科学、生命科学和医学等领域的快速发展。文中就三维基因组学研究进展作一综述,主要阐述三维基因组学的概念和研究技术的发展及其在农业科学、生命科学和医学等领域的应用,尤其是肿瘤领域所取得的阶段性研究成果。     

Computational screening of disease associated mutations on NPC1 gene and its structural consequence in Niemann-Pick type-C1

Niemann-Pick disease type C1 （NPC1）, caused by mutations of NPC1 gene, is an inherited lysosomal lipid storage disorder. Loss of functional NPC1 causes the accumulation of free cholesterol （FC） in endocytic organelles that comprised the characteristics of late endosomes and/or lysosomes. In this study we analyzed the pathogenic effect of 103 nsSNPs reported in NPC1 using computational methods. Rl186C, S940L, R958Q and I1061T mutations were predicted as most deleterious and disease associated with NPC1 using SIFT, Polyphen 2.0, PANTHER, PhD-SNP, Pmut and MUTPred tools which were also endorsed with previous in vivo experimental studies. To understand the atomic arrangement in 3D space, the native and disease associated mutant （Rl186C, S940L, R958Q and I1061T） structures were modeled. Quantitative structural and flexibility analysis was conceded to observe the structural consequence of prioritized disease associated mutations （R1186C, S940L, R958Q and I1061T）. Accessible surface area （ASA）, free folding energy （FFE） and hydrogen bond （NH bond） showed more flexibility in 3D space in mutant structures. Based on the quantitative assessment and flexibility analysis of NPC1 variants, I1061T showed the most deleterious effect. Our analysis provides a clear clue to wet laboratory scientists to understand the structural and functional effect of NPCI gene upon mutation.     

桃一点叶蝉及其天敌草间小黑蛛种群三维空间格局动态

对桃树树冠上、中、下3层及东、西、南、北4个方位桃一点叶蝉及其天敌草间小黑蛛的系统调查分析表明,桃一点叶蝉及其天敌草间小黑蛛种群在7个部位的聚集强度其5个判断指数都大于聚集格局的判断标准,证明桃一点叶蝉及其天敌草间小黑蛛种群7个部位均为聚集格局,Iwao公式m=α+βχ中的α值均大于0,表明个体间互相吸引,其中树冠中层和东面树冠平均拥挤度最高,而树冠下层和南面树冠最低,在时间上平均拥挤度为9月中旬最高。     

桃-点叶蝉及其天敌草间小黑蛛种群三维空间格局动态

对桃树树冠上、中、下3层及东、西、南、北4个方位桃—点叶蝉及其天敌草间小黑蛛的系统调查分析表明,桃—点叶蝉及其天敌草间小黑蛛种群在7个部位的聚集强度其5个判断指数都大于聚集格局的判断标准,证明桃—点叶蝉及其天敌草间小黑蛛种群7个部位均为聚集格局,1wao公式m·=a+βx^-中的α值均大于0。表明个体间互相吸引,其中树冠中层和东面树冠平均拥挤度最高,而树冠下层和南面树冠最低,在时间上平均拥挤度为9月中旬最高．