iTRAQ联用串联质谱鉴定食管鳞状细胞癌差异表达蛋白质及蛋白质相互作用网络

基于质谱的蛋白质组学结果不仅具有重复性差和覆盖率低等缺陷,并且针对数十至百个差异表达蛋白质分子的分析非常具有挑战性,而蛋白质与蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction network, PPIN）分析能够在一定程度上弥补上述不足,使各种组学研究结果具有一致性和可比性。本研究应用同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）联用串联质谱技术鉴定了与食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）相关的差异表达蛋白质244个（ESCC中,升高和降低的蛋白质分别为119个和125个）,基因本体论（gene ontology, GO）富集与肿瘤十大特征相关的17个GO条目|以该17个条目包含的117个蛋白质为种子蛋白搜索STRING（http: //www.string-db.org）数据库,构建包含96个存在相互作用的PPIN和21个离散蛋白质。用CytoHubba算法确定34个中心节点蛋白质和36个瓶颈蛋白质,非重复49个中心节点和/或瓶颈蛋白质中含7个目前已报道的癌基因表达蛋白（PPP2R1A、CTNNB1、ENO1、EZR、TPM4、COL1A1、TPM3）,确定与该7个癌蛋白直接相互作用的4个蛋白质（FN1、ITGB1、TAGLN和YWHAZ）可能为参与食管癌变的关键蛋白质,并应用Western印迹实验验证了 FN1、ITGB1、TAGLN和YWHAZ等4个关键蛋白质在ESCC中具有显著的表达差异,表明PPIN分析是确定具有重要生物学意义分子的有效途经之一。     

植物凝集素串联法富集纯化血清多个亚糖蛋白质组

蛋白质糖基化修饰是哺乳动物中最为常见的一种翻译后修饰,蛋白质的寡糖侧链具有重要的生物学意义,如蛋白质分子间及细胞间相互作用、识别、肿瘤侵袭与转移等.本实验应用寡甘露糖型亲合层析柱、唾液酸型层析柱和O-连接糖蛋白亲合层析柱从血清中序列性提取寡甘露糖型、唾液酸型的N-连接糖蛋白及O-连接的糖蛋白,一维和二维电泳图谱显示血清...     

二维电泳和质谱技术鉴定肝癌血清差异表达的N-连接糖蛋白

缺乏有效的早期诊断方法是导致肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)预后极差的主要原因之一.蛋白质异常糖基化与恶性肿瘤细胞侵袭、转移等生物学过程关系密切,人体内至少有50%的蛋白质发生了糖基化修饰.本实验采用IgY12去除血清高丰度蛋白、多植物凝集素亲和层析技术分别从20例肝癌和年龄、性别匹配的20例非癌慢性肝病患者血清中纯化N 连接糖蛋白、二维电泳分析差异表达的蛋白质斑点,质谱检测、生物信息学等技术鉴定了18个差异表达的糖蛋白和/或其异质体（12种高表达和6种低表达）.ExPASy数据库比对结果表明,本实验鉴定的糖蛋白质分子含有至少1个已报道的N 糖基化位点.这些差异表达的糖蛋白属于急性期反应蛋白,分别具有蛋白酶抑制、生物转运、凝血和纤溶等功能,表明肝癌的发生发展过程中机体产生的急性期反应物可能是潜在的肝癌血清标志物.     

TGF-β通过TAGLN2诱导食管鳞癌EC9706细胞侵袭和转移

上皮间质转化（epithelial-mesenchymal transition,EMT）使上皮细胞极性和细胞间紧密连接消失,并赋予肿瘤细胞侵袭和转移的能力。本研究应用携带TAGLN2特异性沉默序列或无关序列的慢病毒载体感染食管鳞癌细胞系EC9706,建立EC9706 shTAGLN2及阴性对照EC9706 shControl亚细胞系。以5～80 ng/mL不同浓度或40 ng/mL TGF-β刺激EC9706 shTAGLN2和EC9706 shControl细胞,发现与EC9706 shControl 细胞比较,EC9706 shTAGLN2细胞中TAGLN2的表达无明显增加,同时TGF-β诱导的间质标志物如N-cadherin、Vimentin等蛋白质表达无明显升高;上皮标志物如E-cadherin表达无明显降低; TAGLN2的沉默不仅阻断了TGF-β诱导EC9706 shTAGLN2细胞体外迁移和侵袭能力的增加,并抑制TGF-β信号通路下游分子p-Smad2/3的激活。本研究结果提示,TGF-β可能通过TAGLN2促进食管鳞癌的恶性演进,TAGLN2是潜在的食管鳞癌治疗的分子靶点之一。     

食管鳞癌的蛋白质组学

大部分食管鳞癌（esophageal squamous cell carcinoma, ESCC）确诊时已发展至中晚期,临床治疗效果差,是导致我国华北地区ESCC死亡率居高不下的主要原因之一.因此,亟需筛查ESCC特异性、敏感性的生物标志物,以期用于ESCC早期诊断、个体化分子靶向治疗和预后评价. 与相对稳定、携带遗传信息的基因组不同,蛋白质组具有时空变化特性,由此构成生命活动复杂性的物质基础.在病理情况下,蛋白质组能够精确反映患病组织器官的功能状态,因此为疾病的监测提供了窗口.本文总结了ESCC蛋白质组研究现状及差异表达的蛋白质谱,并探讨了ESCC候选分子标志物的潜在临床应用价值.     

食管鳞癌中牙龈卟啉单胞菌通过14-3-3σ调控程序性死亡-配体1蛋白降解

牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)是口腔疾病的重要致病菌之一，与人食管鳞癌(ESCC)进展密切相关。然而P.gingivalis促进ESCC发生发展的分子机制尚不十分清楚。该研究探讨了ESCC中P.gingivalis通过诱导程序性死亡-配体1(PD-L1)蛋白表达上调的分子机制。Western印迹和RT-PCR结果显示，KYSE140和KYSE150细胞中14-3-3σ与PD-L1的蛋白质表达呈负相关，但二者的mRNA表达无相关性。免疫共沉淀结果表明，14-3-3σ蛋白通过与PD-L1蛋白结合，促进PD-L1的泛素化降解，P.gingivalis感染干预了14-3-3σ与PD-L1蛋白质复合体形成；KYSE140和KYSE150细胞中14-3-3σ沉默，降低了PD-L1泛素化介导的蛋白质酶体降解，14-3-3σ过表达明显抑制P.gingivalis诱导的PD-L1蛋白表达上调。免疫组化结果进一步证实，在ESCC组织中P.gingivalis丰度与14-3-3σ蛋白表达呈负相关，与PD-L1蛋白表达呈正相关，14-3-3σ与PD-L1的蛋白质表达呈负相关...