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染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术.在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法.随着测序成本的降低,ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段.本文就该技术的最近研究进展进行综述,并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况. 相似文献
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3种荒漠盐生植物根系及根毛形态特征的比较研究 总被引:3,自引:0,他引:3
在水培条件下,针对梭梭、囊果碱蓬和钠猪毛菜3种荒漠盐生植物,研究它们苗期在不同盐浓度条件下根系和根毛形态的差异。结果表明:一定浓度的盐分可以促进3种盐生植物生长,但较高浓度的盐抑制其生长,特别是对根系生长的抑制作用更大。在同样盐浓度下,钠猪毛菜的生长最快,生物量也最大。在盐分浓度较低时,3种盐生植物的主根长和总根长都有所增加,与对照相比,囊果碱蓬增加的幅度较大,但高浓度的盐会抑制根系总长度的增加,其中囊果碱蓬较梭梭和钠猪毛菜抑制的程度轻。盐分对3种植物的根系平均直径没有显著的影响,但有减小的趋势。在水培条件下,梭梭和囊果碱蓬的根系上、中、下部分布的较均匀,而钠猪毛菜的根系中部比上部和下部有显著的增加,盐分对每种植物的根系的分布没有显著的影响。3种植物的根毛与根系生长环境中的盐浓度没有明显相关性;3种植物之间,根毛的长度和密度有显著差异。从根系和根毛的形态特征可以推断:囊果碱蓬比梭梭和钠猪毛菜具有较强的抗旱性和耐极薄能力;梭梭的耐盐能力较其它2种植物差,囊果碱蓬的耐盐性最强。 相似文献
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结直肠癌的多步骤演进模式一直是肿瘤研究的经典,在这一过程中,序贯发生的基因突变(或其它遗传事件)是重要的推动力。本文综述了在结直肠癌中检测到的基因突变情况,并分析了在新一代测序技术的带动下,结直肠癌基因组学的最新进展。结直肠癌组织基因突变的地形图理念对于今后的肿瘤分子诊疗将具有重要意义。肿瘤不仅是基因病,更是信号通路异常病。 相似文献
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荒漠盐生植物根际系统盐分分布特征 总被引:2,自引:0,他引:2
利用盐土和棉田土,采用水平根垫法对4种不同类型的荒漠盐生植物进行栽培实验,应用冰冻薄层切片法对距根表不同距离的土壤进行分层取样,并测定不同层次土壤中pH、总盐、Cl-、SO42-、Na+、K+、Ca2+和Mg2+的含量。结果表明: 在盐土中,距根表不同距离的土壤中,pH值呈有规律的梯度分布,即根际微区pH值较土体下降,且距根表越近,pH值越低;而在棉田土中却没有显著变化;总盐在根际出现较大的亏缺区,最大亏缺率位于距根表0~4 mm处;在盐土中,除芦苇外,其余3种盐生植物的根际土中Cl-、SO42-、Na+、K+、和Mg2+的含量在根际有明显的富集;在棉田土中,除K+外,这些离子在根际也有富集,但富集程度比盐土低,K+表现亏缺,而Ca2+却是富集的;4种植物尤其是稀盐盐生植物和泌盐盐生植物,地上部分的主要盐离子(如Cl-、Na+、Ca2+和K+)含量比地下部分高,在根际富集程度最高的Cl-和Na+,在植株的地上部分也增加的最多。 相似文献
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为探讨季节性降水增加对荒漠生态系统凋落物分解的影响, 在古尔班通古特沙漠南缘, 选择粗柄独尾草(Eremurus inderiensis)叶、尖喙牻牛儿苗(Erodium oxyrrhynchum)叶、尖喙牻牛儿苗茎、沙漠绢蒿(Seriphidium santolinum)茎4种凋落物样品, 在2009-2011年研究了模拟季节降水增加(冬春增雪、夏季增水)和自然降水处理下凋落物的分解。持续2年的分解实验表明: (1)各组分凋落物的质量损失过程可以用负指数衰减方程较好地拟合(R2> 0.90); 经过637天的分解, 各组分凋落物质量残留率在自然降水、冬春增雪、夏季增水处理下均无显著性差异(p > 0.05)。粗柄独尾草叶、尖喙牻牛儿苗叶、尖喙牻牛儿苗茎、沙漠绢蒿茎在自然降水处理下的质量残留率分别为40.59%、35.50%、36.00%和63.96%; (2)各组分凋落物的质量残留率与N残留率显著正相关, 凋落物N的损失快于其质量损失, 且初始N含量与分解速率显著正相关(r = 0.60, p = 0.038), C/N解释了71%的地面凋落物分解速率。研究表明, 季节性的短暂降水增加对荒漠区地表凋落物分解没有显著影响, 凋落物初始化学组成是预测荒漠区地表凋落物分解的重要因素。 相似文献
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草本层是古尔班通古特沙漠植物群落下层层片的构建者, 冬季积雪提供了其生长发育所需要的主要水分, 积雪的增加或减少对草本植物数量和生物量会产生显著的影响。该研究利用人工增减积雪的方法, 在古尔班通古特沙漠南缘设置了5个不同厚度的积雪处理: 0积雪、50%积雪、100%积雪、150%积雪和200%积雪, 其中100%积雪为自然积雪。采用1 m × 1 m的样方, 对草本层片的物种数、盖度、密度、高度进行了调查, 还采用收获法测定了草本层片的地上生物量和优势种小花荆芥(Nepeta micrantha)的单株地上生物量。对研究区内13个科29种草本植物的研究表明: 1)单位面积出土幼苗数量跟积雪厚度呈显著正相关关系, 草本层片的盖度、密度对积雪的变化响应显著, 随着积雪增加, 草本层片的密度和盖度呈递增趋势, 而草本层片的平均高度呈递减趋势, 但不同积雪处理间的物种数和总地上生物量没有显著差异; 2)积雪厚度与优势种的株高和地上生物量呈显著负相关关系, 积雪的增加导致优势种的单株生物量和株高显著降低; 3)积雪厚度的变化主要影响了草本层片植物种子萌发的数量, 但对物种数量没有显著影响。这表明: 虽然积雪是草本植物的主要水分来源之一, 但荒漠植物群落的草本植物对积雪的变化具有很强的缓冲能力, 即使积雪很少, 草本层片的物种构成也不会发生显著变化, 草本层片的净初级生产力也保持相对稳定。 相似文献
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人类鼻咽黏膜表面的分泌物中富含天然免疫蛋白,腭、肺及鼻咽上皮克隆(palate,lung and nasal epithelium clone,PLUNC)蛋白家族成员SPLUNC1和LPLUNC1就是其中的重要组成部分,这两个蛋白在鼻咽上皮相对特异高表达,它们都具有杀菌/渗透增强蛋白(bactericidal/permeability-increasing protein,BPI)结构域,可通过BPI结构域与细菌脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)结合从而直接杀灭或抑制细菌生长,也可以有效抑制EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)等致癌微生物对鼻咽上皮的侵袭从而发挥其免疫防御功能.它们还可以通过抑制IL-6等炎症因子的分泌和NF-κB、STAT3等炎症相关通路的激活,阻止鼻咽部的慢性炎症反应及鼻咽上皮的恶性转化.在鼻咽癌细胞中重新表达PLUNC蛋白,可以通过促分裂素原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)或miR-141-PTEN-AKT等信号通路抑制鼻咽癌细胞的增殖,促进鼻咽癌细胞的凋亡.进一步深入研究PLUNC蛋白家族在鼻咽癌发病中的作用机制,对指导鼻咽癌的防治具有重要的意义. 相似文献
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NaCl胁迫对5个引自北美的树种叶肉细胞超微结构的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
为明确美国白蜡(Fraxinus americana L.)、茶条槭(Aceginnala Maxim.)、红桤木(Alnus rubra Bong.)、水紫树(Nyssa aquatica L.)和美国皂荚(Gleditsia triacanthos L.)5个引自北美的树种的耐盐性,采用水培方法、利用透射电镜技术对0(对照)、4和8 g·L-1 NaCl胁迫处理后5个树种1年生苗叶肉细胞超微结构的变化进行了观察和比较.观察结果表明:正常条件(0g·L-1NaCl)下,5个树种叶肉细胞在叶绿体形态、嗜锇颗粒数量等方面略有差异,但均未发生质壁分离现象.经NaCl胁迫处理后,5个树种叶肉细胞中的叶绿体和细胞核受到不同程度的损伤,表现为叶绿体膜消失,类囊体片层结构肿胀,叶绿体降解,嗜锇颗粒增大或增多,细胞核的核膜消失、核染色质凝聚;且随NaCl质量浓度的提高,损伤程度均逐渐加剧.4和8g·L-1NaC1胁迫条件下,美国皂荚、茶条槭和水紫树的叶肉细胞发生质壁分离现象,而红桤木、美国白蜡和水紫树的叶肉细胞内出现环状片层.根据观察结果,推测红桤木和美国白蜡对NaCl胁迫的耐性较强,美国皂荚和茶条槭也有一定的耐性,而水紫树的耐性最弱. 相似文献
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目的:探讨胃癌患者外周血中白介素17(IL-17)、白介素6(IL-6)和转化生长因子-β1(TGF-β1)的表达水平及其临床意义。方法:选择2009年1月~2010年1月我院收治的50例胃癌患者(观察组)及同期50例健康对照者(对照组)为研究对象,采用ELISA法检测和比较其外周血中IL-17、IL-6和TGF-β1的水平,并分析胃癌患者外周血中IL-17、IL-6和TGF-β1水平与其临床病理特征之间的相关性。结果:观察组患者外周血中IL-17、IL-6和TGF-β1的水平分别为(8.51±2.68)pg/ml、(7.81±5.41)pg/ml和(1093.42±831.21)pg/ml,均明显高于健康对照组(P0.01)。胃癌患者的血清IL-17、TGF-β1的水平与其年龄、性别、临床分期、有无淋巴结转移、分化程度、肿瘤部位及大小均无明显相关性(P0.05);而血清IL-6的水平与肿瘤的大小相关(P0.05),但与其他临床病理特征无关(P0.05);血清IL-17水平与IL-6、TGF-β1的水平均无明显相关性(P0.05)。结论:血清IL-17、IL-6和TGF-β1水平的升高与胃癌的发生有关,但IL-6和TGF-β1可能不是血清中IL-17生成的诱导因子。 相似文献