大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒基因特征分析

目的了解大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒的基因特征。方法采用荧光定量RT-PCR对2016年大连市食源性疾病监测哨点医院采集的1 900份粪便标本进行诺如病毒核酸检测,用逆转录PCR对阳性毒株的ORF1-ORF2连接区扩增并测序,分析其基因亚型和同源性。结果 1 900份标本中,检出诺如病毒核酸阳性25份,阳性率1.32%,其中GⅠ型阳性3份,GⅡ型阳性19份,GⅠ型和GⅡ型均阳性3份。26株病毒基因序列比对,发现3株为GⅠ.3,2株为GⅠ.6,9株为GⅡ.17,5株为GⅡ.4,2株为GⅡ.2,GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15各1株。结论大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒呈基因多样性,2016年流行优势株为GⅡ.17。GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15在大连地区首次检出。     

大连市一起由境外输入引起的本土新冠肺炎关联病例的病毒基因组特征分析

了解引起大连市本土新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）流行株的基因组特征和变异情况,追溯SARS-CoV-2来源。

选取2022年8月20日—9月14日97例由境外输入引起的COVID-19关联病例的样本。采用SARS-CoV-2全基因组靶向扩增结合高通量测序技术（Ion Torrent测序平台）进行全基因组测序。分析SARS-CoV-2的基因组特征、核苷酸和氨基酸突变位点和基因分型。构建进化树,结合病例的流行病学资料,溯源SARS-CoV-2流行株。

共获得97例SARS-CoV-2全基因组序列,基因组全长29 735～29 741 bp,平均测序深度1 457×～50 485×,测序覆盖率范围95.9%～100.0%。同NCBI数据库中的SARS-CoV-2参考基因组（NC_045512）序列相比,97例SARS-CoV-2全基因组序列共享75个核苷酸突变位点,22例在此基础上新增1～3个突变位点。75个共享突变位点类型包括：4个非编码区和7个基因编码区,其中基因编码区的70个突变位点,来自基因ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF8、N。共享的氨基酸突变类型包括15个同义突变和51个非同义突变。97例SARS-CoV-2全基因组序列,Pangolin分型为BA.5.2.1.21 （BF.21进化分支）型,Nextstrain分型为22B型,GISAID分型为GRA型。经与大连SARS-CoV-2基因库的序列比对,与8月9日境外输入的编号20220809-1和20220809-2病例共享75个核苷酸突变位点,高度同源。进化分析结果显示,此次SARS-CoV-2流行株与同时期日本大阪SARS-CoV-2流行株共同处于BF.21进化分支上,与病例20220809-1和20220809-2流行病学调查中的来源国日本一致。

此次SARS-CoV-2流行株属于Omicron变异株（BF.21进化分支）,来源于日本。

     

大连地区2022—2023年冬春季呼吸道感染病原谱分析

了解大连地区2022—2023年冬春季呼吸道感染病原体分布情况,为呼吸道传染病防控提供实验室依据。

收集2022年10月至2023年3月的流感样病例咽拭子标本,采用荧光定量PCR对每月的10份标本进行22种急性呼吸道感染常见病原体核酸检测,并对检测结果进行分析。

60份标本中病原体阳性共54份（90.00%）,分别检出12种呼吸道病原体,包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、甲型流感病毒、呼吸道合胞病毒、新型冠状病毒、铜绿假单胞菌、人偏肺病毒、呼吸道腺病毒、肺炎克雷伯菌、人鼻病毒、肠道病毒、人博卡病毒,其中肺炎链球菌阳性31份,检出率最高（51.67%）。60份标本中同时检出2种以上病原体的有21份（35.00%）,其中肺炎链球菌和流感嗜血杆菌同时阳性的10份,在混合感染标本中占比最高（47.62%）。按时间顺序,2022年10月至2023年3月各月检出率最高的病原体依次是肺炎链球菌、呼吸道合胞病毒、新型冠状病毒、肺炎链球菌、肺炎链球菌、甲型流感病毒,各月均有肺炎链球菌和流感嗜血杆菌检出。

大连地区2022—2023年冬春季除了有新型冠状病毒和流感病毒流行外,还存在肺炎链球菌、呼吸道合胞病毒等多种病原体引起的单一病原感染和混合感染,其中混合感染占比较高。

     

2017-2019年大连市流感病毒核酸监测结果分析

目的 分析2017-2019年大连市流感病毒的流行趋势和流行病原,为大连市制定流感防控措施提供科学依据。 方法 对大连市2017年4月1日-2019年3月31日两家国家级流感监测哨点医院的流感样病例的咽拭子标本采用实时荧光定量PCR方法进行核酸检测。 结果 共检测2 560份标本,阳性515份,阳性率20.1%。2017年4月1日-2018年3月31日以BY型为主,新甲型H1N1型和季节性H3N2型次之。2018年4月1日-2019年3月31日以新甲型H1N1型为主,BV型和季节性H3N2型次之。各年龄组流感核酸检测阳性率差异有统计学意义(χ2=13.260,P2=1.970,P>0.05)。 结论 2017-2019年大连市流感流行形势与往年趋同,流感病毒的流行主要在冬春季(每年12月-次年3月),新甲型H1N1型、季节性H3N2型、BV型和BY型交替流行。     

2015-2020年大连市流感病毒分离鉴定情况分析

对2015-2020年大连市流感病毒分离鉴定情况进行对比分析, 为大连市流感防控工作提供参考。

采集大连市2家国家级流感监测哨点医院的流感样病例咽拭子样本, 用MDCK细胞和鸡胚分别进行病毒分离培养, 并采用HA试验和HI试验对分离的病毒滴度和型别进行鉴定。

2015-2020年共分离培养流感病毒核酸检测阳性的咽拭子1 055份, 其中MDCK细胞分离出流感病毒501株, 鸡胚分离出流感病毒72株, 总体病毒分离率54.31%。MDCK细胞分离出A(H1N1)、A(H3N2)、B(Victoria)和B(Yamagata)型病毒, 鸡胚对A(H3N2)型病毒不敏感, 但可以分离出A(H1N1)、B(Victoria)和B(Yamagata)型病毒。每年的优势毒株虽不同, 但分离流感病毒的月份均在流行季内, 与北方流行形势一致。

MDCK细胞与鸡胚的流感病毒分离率不同。大连市每年流感流行的优势株和流行程度虽不同, 但流行程度处于相对平稳状态。

     

大连市伤寒沙门菌耐药性及耐药基因分析

目的检测多重耐药伤寒沙门菌对抗菌药物的敏感性及其耐药基因携带情况,为伤寒沙门菌引起的腹泻治疗提供科学依据。方法采用微量肉汤稀释的方法测定大连地区临床分离的78株伤寒沙门菌对12种抗生素的敏感性;用PCR方法检测TEM型β内酰胺酶基因、catA和catB氯霉素乙酰基转移酶基因以及cmlA氯霉素外排泵蛋白基因、aac(6′)Ⅰb和aac3Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因、qacEΔ1sul1耐消毒剂和磺胺基因、多重耐药外排基因acrB等8种耐药基因。结果78株沙门菌对12种药物有不同程度耐药(1.28%~74.35%)。得到9株多重耐药菌株,其中5株检出TEM型β内酰胺酶基因;7株耐氯霉素的伤寒沙门菌菌株中,2株仅检出catA基因,1株仅检出catB基因,1株仅检出cmlA氯霉素外排泵蛋白基因,2株同时检出catA基因和cmlA氯霉素外排泵蛋白基因;2株检出aac(6′)Ⅰb基因,1株检出aac3Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因;4株检出耐消毒剂和磺胺基因qacEΔ1sul1;6株检出多重耐药外排基因acrB。结论大连地区临床分离的伤寒沙门菌存在严峻的耐药现象,多种耐药基因存在于耐药伤寒沙门菌中,可能是导致菌株对多种抗菌药物耐药的原因。     

2016-2017年大连地区流行性角结膜炎病原流行特征

目的 探讨大连市腺病毒感染流行性角结膜炎的病原分布。方法 选取大连市区三家医院眼科结膜炎患者眼结膜囊分泌物为样本,眼拭标本采用real-time PCR方法对腺病毒进行核酸检测。结果 243份标本中,121份为腺病毒阳性,其中27份3型阳性,61份8型阳性,24份19/37型阳性,1份3型和8型同时阳性,8份未分型。结论 人腺病毒8型是大连市急性病毒性结膜炎的主要病原,3型、19/37型次之。     

跨膜蛋白CD82在流感病毒感染初期的表达

了解细胞跨膜蛋白CD82在流感病毒感染初期的表达变化,分析CD82在流感病毒感染中的作用。

采用逆转录−聚合酶链式反应（RT-PCR）方法对流感病毒感染4 h内的HEP-2细胞中CD82蛋白mRNA表达量进行检测。

流感病毒感染HEP-2细胞后1 h−3 h细胞 CD82的mRNA表达量降低,并且随着流感病毒接种量增加CD82表达量降低持续时间延长。

流感病毒可以在转录水平调节宿主细胞CD82的表达。CD82在流感病毒感染初期表达下降,提示CD82可能在流感病毒与宿主细胞粘附和入侵过程中发挥作用。