产毒和非产毒霍乱弧菌在甘露醇 和Luria-Bertani培养液中的基因表达差异

摘要：【目的】分析霍乱弧菌产毒株和非产毒株在甘露醇发酵液和LB (Luria-Bertani) 培养液中生长的基因表达谱和代谢差异特征。【方法】提取甘露醇发酵液和LB培养液中霍乱弧菌甘露醇慢发酵株（产毒株）N16961和快发酵株（非产毒株）93097生长第一小时的总RNA,应用霍乱弧菌N16961基因组芯片分析各菌株在不同培养液中的表达差异基因。【结果】 筛选出产毒株N16961在甘露醇发酵液和LB中表达差异基因142个,非产毒株93097有418个,这些表达差异基因主要分属于6个不同的功能类群,主要是转运结合、能量代谢以及蛋白质合成代谢功能。【结论】甘露醇发酵液和LB中产毒株和非产毒株的许多功能基因的转录水平有显著差异,这些表达差异基因可能与霍乱弧菌在甘露醇发酵液中代谢产酸有关,这为进一步分析霍乱弧菌代谢甘露醇的机制、以及分析产毒株与非产毒株的甘露醇发酵快慢机制提供了基础。     

玉溪市大肠埃希菌O157菌株的流行率、表型与毒力因子特征

目的:检测并分析大肠埃希菌O157(Escherichia coli O157)在玉溪市奶牛、猪、鸡和腹泻病人中的带菌率及其特征,为E.coli O157感染症的防治和该菌分离鉴定技术的建立提供科学依据.方法:将玉溪市最大的一个奶牛场、1个猪屠宰场、2个生禽市场和市医院检验科作为监测点,采集牛、猪、鸡、腹泻病人粪便标本数分别为70、250、350和400例,用免疫磁性分离法和免疫色层技术进行E.coli O157菌株的分离培养,纯化菌株经3种鉴别培养基培养以及法国生物梅里埃公司全自动微生物鉴定系统VITEK 32 GNI 或肠杆菌科鉴定系统API 20 E试条、血清学、噬菌体型、亚碲酸盐抗性、聚合酶链反应等检测与分析.结果:牛、猪、鸡、腹泻病人E.coli O157的带菌率分别为1.4%、2.0%、0和1.2%,分离到4株E.coli O157∶H7、6株E.coli O157∶Hund和1株E.coli O157∶HNM,认识了11株E.coli O157的形态学、生物化学、血清学、噬菌体型、亚碲酸盐抗性、毒力因子等特征.结论:单一动物群或人群可同时携带多株E.coli O157,甚至同一个体也会携带2株E.coli O157;E.coli O157菌株间的表型与毒力因子特征存在一定差异,基因指纹技术可确认并证实菌株间的差异性.     

4株霍乱弧菌非产毒株溶源性噬菌体pre-CTXΦ 的基因组结构分析

霍乱弧菌溶源性噬菌体CTXΦ携带霍乱毒素基因ctxAB,通过其结构基因gⅢ编码产生的PⅢ蛋白识别霍乱弧菌毒素共调菌毛(toxin co-regulated pilus, TCP)的主要结构亚单位TcpA,从而感染具有TCP的霍乱弧菌,使之成为产毒菌株。CTXΦ还有不携带ctxAB的前体pre-CTXΦ,根据CTXΦ基因组中调控基因rstR序列型不同,可分成不同的型别。在不同霍乱弧菌菌株的基因组中,已发现CTXΦ/pre-CTXΦ基因组及其亚型的多种组合排列方式。研究该噬菌体家族的基因组多样性,能够分析其进化及在霍乱弧菌产毒株形成中的作用。本研究发现了4株O1和O139群霍乱弧菌非产毒株具有pre-CTXΦ基因组及多样的rstR序列型,进一步对pre-CTXΦ在4株菌株中的基因组特征进行了分析。利用第3代基因测序法(短读长测序技术和单分子长读长测序技术),获得了4株菌株的基因组序列。利用长读长测序和拼接分析,精确地获得了具有长片段重复序列结构的pre-CTXΦ基因组排列,明确了4株测序菌株中多样的pre-CTXΦ基因组排列。在非产毒株基因组菌株VC3193中发现了携带古典型pre-CTXΦ;还在菌株VC702的pre-CTXΦ基因组中首次发现了肺炎克雷白菌的转座子结构(Gen Bank序列号：SRIL00000000)。在这4株测序菌株中,受体TcpA以及pre-CTXΦ的PⅢ蛋白也具有明显差异的序列,有 TcpA和PⅢ新序列型,这提示了CTXΦ家族感染宿主菌的受体-配体相互识别的复杂对应关系。本研究丰富了对CTXΦ/pre-CTXΦ家族基因组及其整合排列的多样化认识,也为分析该溶源性噬菌体在不同遗传特征霍乱弧菌菌株间的水平转移和促使新产毒克隆形成方面提供了更多的证据。     

霍乱弧菌N16961超级整合子重复序列及基因盒分析

目的:确定O1群El Tor型霍乱弧菌N16961超级整合子(SI)中霍乱弧菌重复序列(VCR)的序列特点,以及VCR和基因盒的数量及位置。方法:用局部序列比对软件BLAST将VCR参考序列与霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体进行比对,用Artemis Comparison Tool查看比对结果获得比对区域的位置信息,并采用perl语言脚本获得霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体VCR相应区域的序列;用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VCR序列进行多序列比对,采用perl语言脚本处理比对结果获得一致性序列;用MEGA4.0软件查看多序列比对结果,并采用perl语言脚本计算各位置变异频率,据此分析霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体上VCR和基因盒的特点。结果:在N16961的超级整合子中有158个VCR,其核苷酸长度为117～124 bp;其一致性序列有126个核苷酸,其中37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点;139个VCR与相邻的VCR之间至少有1个基因,19个VCR相互之间没有任何基因;N16961的SI中共存在146个基因盒,基因盒大小为390～5924 bp不等,每个基因盒中整合的基因数目为1～9个不等。结论:建立了SI中VCR和基因盒的分析流程,分析了SI中VCR的保守及变异位点,明确了霍乱弧菌N16961的SI中VCR和基因盒的信息,为霍乱弧菌和其他细菌中SI的研究提供了分析基础。     

产毒和非产毒霍乱弧菌在甘露醇发酵液和Luria-Bertani培养液中的基因表达差异

[目的]分析霍乱弧菌产毒株和非产毒株在甘露醇发酵液和LB(Luria-Bertani)培养液中生长的基因表达谱和代谢差异特征.[方法]提取甘露醇发酵液和LB培养液中霍乱弧菌甘露醇慢发酵株(产毒株)N16961和快发酵株(非产毒株)93097生长第一小时的总RNA,应用霍乱弧菌N16961基因组芯片分析各菌株在不同培养液中的表达差异基因.[结果]筛选出产毒株N16961在甘露醇发酵液和LB中表达差异基因142个,非产毒株93097有418个,这些表达差异基因主要分属于6个不同的功能类群,主要是转运结合、能量代谢以及蛋白质合成代谢功能.[结论]甘露醇发酵液和LB中产毒株和非产毒株的许多功能基因的转录水平有显著差异,这些表达差异基因可能与霍乱弧菌在甘露醇发酵液中代谢产酸有关,这为进一步分析霍乱弧菌代谢甘露醇的机制、以及分析产毒株与非产毒株的甘露醇发酵快慢机制提供了基础.