基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中。结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSB PDB数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构。与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点。对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用。该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中。     

基因水平的关联分析方法

全基因组关联研究(Genome wide association study, GWAS)已经在国内外的医学遗传学研究中得到广泛应用, 但是GWAS数据中所蕴含的与多基因复杂性状疾病机制相关的丰富信息尚未得到深度挖掘。近年来, 研究者采用生物网络分析和生物通路分析等生物信息学和生物统计学手段分析GWAS数据, 并探索潜在的疾病机制。生物网络分析和生物通路分析主要是以基因为单位进行的, 因此必须在分析前将基因上全部或者部分单个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)的遗传关联结果综合起来, 即基因水平的关联分析。基因水平的关联分析需要考虑单个SNP的遗传关联、基因上SNP数量和SNP之间的连锁不平衡结构等多种因素, 因此不仅在遗传学的概念上也在统计方法方面具有一定的复杂性和挑战性。文章对基因水平的关联分析的研究进展、原理和应用进行了综述。     

甲型流感病毒基因组进化事件检测软件的实现

目的 流感病毒通过跨宿主迁移和基因组重配作用等进化事件引起抗原转换是造成流感大流行的主要原因;传统上利用系统发生树通过进化分析检测这些事件,而进化分析过程复杂并且算法参数较难设定.方法 作者曾提出了一种利用基因型谱检测甲型流感病毒基因组进化事件的新方法,弥补了进化分析的这些缺陷.在本文中,利用C++ Builder开发工具在Windows平台上实现了基因型谱分析方法.结果 利用甲型流感病毒进化事件检测软件,可以快速的检测跨宿主迁移和基因组重配作用等甲型流感病毒基因组进化事件.结论 甲型流感病毒进化事件检测软件可以作为流感病毒疫情监测控制中进化分析的辅助工具,无论在病毒基因组进化的基础研究和疾控实践中都将具有很强的应用价值.     

人肠道病毒71型与手足口病的分子流行病学及其分子进化

人肠道病毒71血清型(Enterovirus 71, EV71)是手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)的主要病原体之一,除了引起手、足和口腔等部位出现疱疹的手足口病典型症状,还能引起无菌性脑膜炎和急性迟缓性麻痹等神经系统并发症并致死亡。EV71在历史上曾经造成多起手足口病疫情,尤其是1997年之后,在亚太地区发生了大规模的手足口病疫情,造成了大量的手足口病病例和死亡病例。手足口病尚无上市疫苗和抗病毒药物,主要依赖对症治疗,因此对EV71的分子流行病学和分子进化研究对手足口病的监测和防控具有重要意义。文章对EV71基因型的分类、时空分布、进化特征和模式以及所造成的代表性疫情进行了综述,为EV71致病机制、抗病毒药物和疫苗的研究以及对手足口病疫情的监测和防控提供启发。