miRNA靶基因的筛选方法及其相关网络资源

微小RNA（microRNA,miRNA）是一类广泛存在于动植物中,大小约22 nt的单链非编码小分子RNA.它通过与靶mRNA 3′末端非翻译区（untranslational region, UTR）结合,使mRNA降解或翻译抑制.大量的研究结果表明,miRNA在动植物的生长发育、细胞分化、细胞增殖与凋亡、肿瘤发生等诸多环节发挥着重要的调节作用.目前,miRNA靶基因的筛选方法主要有生物信息学筛选和实验方法两大类,且在互联网上拥有大量相关的网络共享资源.本文通过对现有miRNA靶基因的筛选方法及其相关网络资源进行整理与比较分析,以有效指导并辅助miRNA领域的研究.     

原位杂交检测microRNA-205在乳腺癌中的表达

目的探讨microRNA-205表达与乳腺恶性病变的关系。方法乳腺疾病及癌组织芯片原位杂交分析microRNA-205的表达;实时定量RT-PCR方法检测正常乳腺细胞株、恶性程度不同的乳腺癌细胞株中microRNA-205的表达。结果原位杂交分析显示,36例正常与良性乳腺病变中,33例(91.67%)表达阳性;36例乳腺癌中,23例(63.89%)表达阳性。microRNA-205的表达在乳腺正常与良性病变中的表达较恶性病变中高且有统计学差异(P=0.011),但与乳腺癌TNM分期、临床分期无关(P0.05)。实时定量RT-PCR结果显示,四个高度恶性乳腺癌细胞株(MDA-MB-231、HS578T、BT549和SUM159PT)中microRNA-205的表达较永生化正常乳腺上皮细胞株MCF10A和四个低度恶性细胞株(MDA-MB-468、T-47D、ZR-75-1和SKBR3)中为低(P0.05)。结论原位杂交适用于microRNA-205的表达分析;组织芯片标本原位杂交与乳腺细胞株实时定量RT-PCR分析结果提示,microRNA-205可能参与了乳腺癌的发生、发展,并随着乳腺癌的演进呈下调趋势。     

microRNA原位杂交技术影响因素的探讨

目的探讨miRNA原位杂交技术的多种影响因素,以完善miRNA原位杂交分析方法。方法选择不同组织来源、保存时间、切片厚度的常规病理组织切片进行U。探针的原位杂交分析;选择不同浓度的蛋白酶K对组织切片与MDA-MB-23l爬片细胞进行U。探针的原位杂交分析;实时定量RT-PCR方法和爬片细胞原位杂交对BT549、T47D细胞株进行miR_375的表达分析。结果不同组织来源、保存时间、切片厚度的石蜡标本均能显示细胞核内的u。表达;组织切片原位杂交实验中,乳腺组织切片20μg／ml的蛋白酶K作用组较其他组的原位杂交效果好;肝脏组织切片200μg／ml的蛋白酶K作用组的显色最好;爬片细胞原位杂交实验中,2μg／ml的蛋白酶K作用组的显色更深;U6与miR-375的原位杂交最适浓度分别为lng／ml和l00ng／ml;实时定量RT-PCR和爬片细胞原位杂交结果均显示,BT-549的miR-375表达明显低于T47D。结论miRNA原位杂交操作能在常规固定并长期保存的石蜡组织标本上操作;蛋白酶K与探针的浓度应当依据病理标本类型等多因素预实验摸索;细胞水平的实时定量RT-PCR和爬片细胞原位杂交分析结果的比对为确定miRNA探针的特异性提供了帮助。     

基因表达谱微阵列网络数据库在肿瘤研究中的应用

基因表达谱微阵列数据库是一类可提供存储、查询、下载分析的在线网络数据库,在肿瘤相关领域的研究中提供了大量的数据来源。由于微阵列分析对于无生物/医学信息学专业背景的研究人员仍然有较多困难,致使该数据库的使用尚未普及。本文从数据查询、下载分析和使用方法等方面对常用基因表达谱微阵列数据库进行概述,并对现阶段基因表达微阵列数据库的应用策略进行总结,旨在帮助该领域研究的初学工作者了解数据库的基本知识并推动其在科研工作中的应用。