10828条籼稻全长cDNA的分离和注释

全长cDNA对基因组学和蛋白质组学研究有着非常重要的价值. 以分离籼稻基因组全长cDNA为目标, 从优良的籼稻恢复系明恢63中分离到10828条非冗余的全长cDNA, 其中780条是新的水稻表达序列. 所得到的全长cDNA至少满足以下两个条件之一: (ⅰ) 5′端序列包含粳稻日本晴的全长cDNA所预测的完整的ORF (9078条); (ⅱ) 包含同源蛋白质对应的完整N末端编码序列(6543条). 在分离到的全长cDNA中, 53％的序列比报道的粳稻全长cDNA有更长的5′端非翻译区(5′UTR); 90.28％ (9776条)的序列能定位到粳稻基因组序列上, 92.78％ (10046条)的序列可以定位到籼稻基因组序列上; 8216条序列能与日本晴的全长cDNA序列定位到粳稻基因组序列的同一位置上, 籼粳间cDNA序列的平均相似性为99.2％; 90％以上的全长cDNA能进行GO (gene ontology)分类. 在780条新的cDNA中, 60％以上的找不到任何同源蛋白序列.     

Coincidence in map positions between pathogen-induced defense-responsive genes and quantitative resistance loci in rice

Quantitative disease resistance conferred by quantitative trait loci (QTLs) is presumably of wider spectrum and durable. Forty-four cDNA clones, representing 44 defense-responsive genes, were fine mapped to 56 loci distributed on 9 of the 12 rice chromosomes. The locations of 32 loci detected by 27 cDNA clones were associated with previously identified resistance QTLs for different rice diseases, including blast, bacterial blight, sheath blight and yellow mottle virus. The loci detected by the same multiple-copy cDNA clones were frequently located on similar locations of different chromosomes. Some of the multiple loci detected by the same clones were all associated with resistance QTLs. These results suggest that some of the genes may be important components in regulation of defense responses against pathogen invasion and they may be the candidates for studying the mechanism of quantitative disease resistance in rice.     

一种新的EST聚类方法

该研究发展了一种EST（expressed sequence tag）聚类方法（ESTClustering）,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据,以获得高质量,非重复表达序列,该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验。这一聚类策略能降低测序错误带来的影响,有效识别基因家族成员,并避免选择性剪接的干扰,与NCB（National Center for Biotechnology Information）的UniGene clustering）方法相比,ESTClustering的聚类结果可以更好地反映表达序列的多样性,用ESTClustering对112256条拟南芥EST聚类测试,产生23581个EST簇,其中13597个EST簇有对应拟南芥基因组编码序列,与该基因组中有EST作为依据的预测基因数目接近。应用该方法对收集的147191条水稻EST序列进行聚类,形成33896个EST簇。     

恒河猴气管粘膜杯状细胞分泌颗粒异质性的免疫细胞化学研究

应用一组(10种)抗恒河猴气管分泌物单克隆抗体,在超微结构水平上揭示了气管粘膜上皮中不同杯状细胞之间的异质性。其异质性具体表现为:同一杯状细胞对不同抗体表现出不同反应;不同杯状细胞对同一抗体呈现出不同反应强度;同一杯状细胞中的不同分泌颗粒对同一抗体的亲和力不同。观察结果表明,免疫细胞化学方法所显示的杯状细胞间的异质性由以下因素造成:(1)不同杯状细胞的分泌颗粒中存在不同抗原物质;(2)不同杯状细胞的分泌颗粒中含不等量同种抗原物质;(3)同一杯状细胞的不同分泌颗粒中存在不等量同种抗原物质。     

Coincidence in map positions between pathogen-induced defense-responsive genes and quantitative resistance loci in rice

Quantitative disease resistance conferred by quantitative trait loci (QTLs) is presumably of wider spectrum and durable. Forty-four cDNA clones, representing 44 defense-responsive genes, were fine mapped to 56 loci distributed on 9 of the 12 rice chromosomes. The locations of 32 loci detected by 27 cDNA clones were associated with previously identified resistance QTLs for different rice diseases, including blast, bacterial blight, sheath blight and yellow mottle virus. The loci detected by the same multiple-copy cDNA clones were frequently located on similar locations of different chromosomes. Some of the multiple loci detected by the same clones were all associated with resistance QTLs. These results suggest that some of the genes may be important components in regulation of defense responses against pathogen invasion and they may be the candidates for studying the mechanism of quantitative disease resistance in rice.     

水稻基因组中的节段重复

利用１３个多拷贝探针,研究水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）基因组第８、９、１１和１２染色体上的节段重复。由同一探针检测到的多拷贝位点通常位于不同染色体的相同部位。不同探针检测到的多拷贝位点在不同染色体上的位置顺序相同。第８种９染色体上的相同多拷贝位点的线性排列,提示这两条染色体在进行上可能来源于同一原始染色体。而第９染色体上的一个节段与前人报道的以及本研究进一步证实的第１１和第１２染色体短臂     

水稻中大麦Mlo和玉米Hm1抗病基因同源序列的分析和定位

大麦抗病基因Mlo和玉米抗病基因Hm1编码的产物不具有绝大多数植物抗病基因产物所含有的保守结构域。这两个抗病基因的作用机理也不符合基因对基因学说。从水稻中分离克隆了Mlo基因的同源序列OsMlo-1和玉米Hm1基因的同源序列DFR－1。利用水稻分子标记遗传连锁图,将OsMlo-1定位于水稻第六染色体的两俱RZ667和RG424之间;Osmlo-1距离这两个分子标记分别为20．6和6．0cM(centi-Morgan)。将DFR－1定位于水稻第一染色体两个分子标记R2635和RG462之间;DFR－1距离这两个分子标记分别为11．3和23．9cM。参照已发表的水稻分子标记连锁图,发现OsMlo-1和DFR－1的染色体位点分别与两个报道的水稻抗稻瘟病数量性状位点（QTL）有较好的对应关系。结果提示,水稻中与大麦Mlo 和玉米Hml同源的基因可能也参于抗病反应的调控。     

高等植物基因组中的反转录转座子

高等植物基因组中的反转录转座子王石平张启发（华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室武汉４３００７０）关键词植物,反转录转座子,遗传多样性,转座ＲＥＴＲＯＴＲＡＮＳＰＯＳＯＮＳＩＮＴＨＥＧＥＮＯＭＥＳＯＦＨＩＧＨＥＲＰＬＡＮＴＳＷＡＮＧＳｈｉＰｉｎ...     

低磷胁迫水稻根部基因表达谱研究

磷是植物体内重要的营养元素．土壤中含磷总量丰富,但能被植物直接吸收利用的可溶性磷含量却很低,这成为制约农作物产量的重要因素．本研究利用水稻寡核苷酸芯片分析了水稻根部在正常营养条件和低磷胁迫6,24,72h3个时间点的全基因组表达谱．和正常营养条件下相比,低磷胁迫水稻根部共发现795个差异表达基因．差异表达基因功能分析发现：（1）磷酸盐转运蛋白、酸性磷酸酶、RNA酶等基因上升表达;（2）糖酵解等与能量代谢相关基因先上升后下降表达;（3）氮吸收和脂代谢相关基因改变其表达;（4）蛋白质降解、细胞衰老相关基因上升表达;（5）部分跨膜转运蛋白基因表达上调．研究结果为进一步揭示植物低磷胁迫反应机制,改善作物对磷吸收利用效率提供了有用的信息．