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实验基于高通量测序技术,以健康(CTL组)、发育不良(DD组)和患歪头病(TD组)的棘胸蛙(Quasipaa spinosa)为研究对象,系统地探索宿主健康状态与皮肤微生物菌群组成、多样性及功能之间的潜在关系。所有样本经测序、质控及聚类获得2997条扩增子序列变体(ASVs),注释32个门, 76个纲, 167个目, 259个科和402个属,其中变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidota)为棘胸蛙皮肤主要优势菌门(>1%),但丰度受宿主健康状态的影响。在属水平上筛选获得50个菌群标志物,其中23个(如乳杆菌(Lactobacillus)、德沃斯氏(Devosia)、希瓦氏菌(Shewanella)和Luteolibacter)在CTL组中相对丰度较高,提示棘胸蛙的健康状态; 19个(如短稳杆菌(Empedobacter)、芽孢杆菌(Bacillus)和短螺旋体(Brevinema))在DD组中相对丰度较高,提示棘胸蛙发育不良的病症; 8个(如伊丽莎白菌(Elizabethkingia)、柠檬酸杆菌(Citroba... 相似文献
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为探究不同健康状态下棘胸蛙(Paa spinosa, David)肠道菌群结构, 文章对13个健康(Health组)、19个患歪头病(WHD组)和18个患蓝眼病(BED组)的棘胸蛙肠道微生物总DNA进行16S rRNA V4—V5高变区测序。结果显示: 共获得3984个总操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs), 35个门, 80个纲, 155个目, 283个科, 501个属。α多样性结果表明, 健康组的菌群丰富度显著高于患病组(P<0.05), 患病组间的菌群丰富度差异不显著(Chao1指数: Health: 1232.92; WHD: 975.57; BED: 1048.76); 健康和患病组间微生物群落均匀度无显著差异(Shannon指数: 5.27; 5.20; 5.41)。门分类水平分析发现: 厚壁菌门(Firmicutes; 52.08%; 49.57%; 26.48%)、拟杆菌门(Bacteroidetes; 30.55%; 21.93%; 43.02%)和变形菌门(Proteobacteria; 15.55%;10.42%; 5.25%)是棘胸蛙肠道菌群的优势菌门。患病蛙肠道中的优势菌门及其丰度均发生变化, 特别是脱铁菌门(Deferribacteres)在歪头病组和蓝眼病组棘胸蛙肠道中丰度显著上升(0.18%; 14.05%; 22.16%; P<0.05)。属分类水平分析发现: 拟杆菌属(Bacteroides; 29.70%; 16.09%; 21.76%)、丹毒丝菌科中未定义的一个属(An unclassified Erysipelotrichaceae; 21.38%; 6.92%; 4.94%)、毛螺科中未定义的一个属(An unclassified Lachnospiraceae; 12.23%; 15.98%; 4.43%)、柠檬杆菌属(Citrobacter; 10.31%; 6.19%; 1.10%)和真杆菌属(Eubacterium; 9.09%; 4.88%; 0.54%) 是棘胸蛙肠道菌群优势菌属, 但各组间的丰度差异显著; 脱铁菌门的Mucispirillum在患病棘胸蛙肠道中丰度显著上升(0.17%; 13.89%; 21.94% ; P<0.05)。研究表明: 棘胸蛙肠道菌群结构与健康状态相关, 且健康与患病棘胸蛙肠道菌群结构差异显著。 相似文献
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