基于多性状模型内蒙古绒山羊早期生长性状基因组预测准确性研究

内蒙古绒山羊是经过长期自然选择和人工选育后形成的优良家畜品种,是目前世界一流的绒肉兼用山羊。多性状动物模型被认为可以显著提高畜禽遗传评估的准确性,实现性状间的间接选择。本文基于内蒙古绒山羊个体的系谱、基因型、环境以及早期生长性状的表型记录,建立多性状动物模型,利用ABLUP、GBLUP、ssGBLUP三种方法进行早期生长性状(初生重、断乳重、断乳前平均日增重、周岁重)遗传参数及基因组育种值的估计,进一步利用五倍交叉验证方法评价基因组育种值估计准确性和可靠性。结果显示,3种方法估计的初生重遗传力为0.13～0.15,断乳重遗传力为0.13～0.20,日增重遗传力为0.11～0.14,周岁重遗传力为0.09～0.14,均属于中等偏低遗传力;断乳重和日增重、日增重和周岁重之间存在强的正遗传相关,相关系数分别为0.77～0.79和0.56～0.67,表型相关发现同样的规律;ABLUP、GBLUP和ssGBLUP法估计的初生重育种值准确性分别为0.5047、0.6694、0.7156,断乳重分别为0.6207、0.6456、0.7254;日增重分别为0.6110、0.6855、0.7357,周岁...     

BMPR-IB基因对绵羊产羔数影响的回顾和Meta分析

为了验证澳大利亚美利奴绵羊的候选基因研究中骨形态发生蛋白受体IB型(BMPR-IB)基因与产羔数增加是否有关,及随后在不同的绵羊品种中进行的研究显示了不同的结果,特别是在亚洲地区的绵羊品种中更是如此的现象。因此,有必要对不同绵羊品种的各种研究进行Meta分析,合并加权均数差(WMD)和置信区间(CI)以评估这些关联的强度。试验共包括18项研究,其中10 895个样本用于BMPR-IB基因多态性。结果表明,观察到BMPR-IB基因与绵羊胎产羔数之间存在显著的相关性(BB vs.++:WMD=0.88, 95%CI=0.73～1.04,p0.01; B+vs.++:WMD=0.53, 95%CI=0.45～0.64,p=0.01),并且BMPR-IB基因的作用对于绵羊的产羔量是加性的(每个等位基因的一个拷贝增加约0.5个羔羊)。说明这种涉及非常大样本量的Meta分析意味着BMPR-IB基因与绵羊胎产仔数之间的显著关联,应进一步研究以确定这些不一致结果中常见因果变体的潜在机制。     

家畜全基因组分析中稀有变异上位效应检测方法

下一代测序技术的出现和检测费用不断下降清除了稀有变异检测的技术障碍,可以检测出包括常见变异和稀有变异在内的数以千万的遗传变异,其中绝大部分的变异都是稀有变异。这种情况对统计分析方法和结果解释提出了新的挑战。当前最为流行的全基因组分析方法主要针对常见变异间上位效应的检测问题,家畜育种中较少涉及稀有变异间、稀有变异-常见变异上位效应的研究。本综述探讨使用贝叶斯多元回归方法将上位效应检测单位由成对SNP扩展到基因组窗口间的检测,整合基因组信息进一步缩减数据集维度,并使用基因组窗口后验关联概率控制假阳性比例。这种新的研究策略无疑具有以下两个优良特性:1)这种方法将基因组窗口中所有SNP作为一个整体,可以利用该区域内的所有信息检测上位效应;2)该方法可以大幅度减少多重检测数量。其次,中国畜牧企业表型数据丰富,缺乏基因组测序数据,本研究借鉴单步基因组预测原理,设计检测包括上位效应在内的"穷"GWAS方法。