基于序列非依赖性扩增技术发现未知病毒的研究进展

随着第二代测序技术的发展,组学技术在微生物学领域的运用变得广泛,其中病毒宏基因组学技术在发现未知病毒和病毒检测方面发挥了越来越重要的作用。序列非依赖性扩增是病毒宏基因组学研究中最关键的一步,它直接影响目的序列的获得及后续实验的展开。本文主要介绍和归纳了几种常用的序列非依赖性扩增技术在病毒宏基因组学中的应用,比较、分析了几种序列非赖依性扩增的差别和优缺点,为读者使用此技术提供参考。     

蝙蝠圆环病毒BtCV-DS13株的鉴定与全基因组分析北大核心CSCD

自首次从棕果蝠(Rousettus leschenaultii)中检测到圆环病毒后,不断有研究小组从不同地域的多种蝙蝠体内发现类似病毒。为掌握中国东部沿海蝙蝠圆环病毒的流行病学资料,以浙江省舟山地区采集的大卫鼠耳蝠的肠道组织为模板,采用巢式PCR和染色体步移法相结合的方法获得一株蝙蝠圆环病毒的全基因组序列,并命名为BtCV-DS13。序列分析表明,BtCV-DS13全基因组长度为1 873nt,具有圆环病毒的典型基因组结构特征。同源性比较显示,与已公布的4种蝙蝠来源的圆环病毒(Bat1、Bat2、Bat3)或环病毒代表株(Cyclovirus bat)的同源性均较低,分别为22.9%、53.5%、24.7%和4.5%。系统进化分析显示,BtCV-DS13处于圆环病毒属的一个大分支中,与猪圆环病毒和蝙蝠圆环病毒处于其中同一个小分支。基于以上分析,初步判断BtCV-DS13在分类上是一种新的蝙蝠圆环病毒。     

蝙蝠圆环病毒BtCV-DS13株的鉴定与全基因组分析

自首次从棕果蝠(Rousettus leschenaultii)中检测到圆环病毒后,不断有研究小组从不同地域的多种蝙蝠体内发现类似病毒。为掌握中国东部沿海蝙蝠圆环病毒的流行病学资料,以浙江省舟山地区采集的大卫鼠耳蝠的肠道组织为模板,采用巢式PCR和染色体步移法相结合的方法获得一株蝙蝠圆环病毒的全基因组序列,并命名为BtCV-DS13。序列分析表明,BtCV-DS13全基因组长度为1 873nt,具有圆环病毒的典型基因组结构特征。同源性比较显示,与已公布的4种蝙蝠来源的圆环病毒(Bat1、Bat2、Bat3)或环病毒代表株(Cyclovirus bat)的同源性均较低,分别为22.9%、53.5%、24.7%和4.5%。系统进化分析显示,BtCV-DS13处于圆环病毒属的一个大分支中,与猪圆环病毒和蝙蝠圆环病毒处于其中同一个小分支。基于以上分析,初步判断BtCV-DS13在分类上是一种新的蝙蝠圆环病毒。