龙眼组蛋白去乙酰化酶基因DlHDT1的克隆与特性分析

组蛋白去乙酰化是植物表观遗传调控的重要组成部分,对染色体结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用。为深入探究组蛋白去乙酰化酶基因(histone deacetylase 1,HDT1)在龙眼体胚发生过程中的功能,该研究结合龙眼基因组数据,采用RT-PCR方法克隆得到龙眼组蛋白去乙酰化酶基因(DlHDT1),对其进行生物信息学分析及亚细胞定位观察,同时结合转录组数据分析DlHDT1在体胚发生过程中的FPKM值,并利用qRT-PCR技术检测PEG6000和NaCl处理下DlHDT1的表达模式。结果表明:(1)DlHDT1基因CDS序列全长918 bp,编码305个氨基酸,该蛋白为不稳定亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构,共含43个磷酸化位点,相对分子量为32 585.54 Da,等电点为4.65;进化树分析显示龙眼DlHDT1与漾濞槭亲缘关系最近(78.76%)。(2)亚细胞定位显示,DlHDT1蛋白定位于细胞核中;顺式作用元件分析发现DlHDT1基因含有大量光响应元件和脱落酸、茉莉酸甲酯等激素及逆境胁迫响应元件;转录组数据显示,DlHDT1在龙眼体胚发生不同时期均有表达,在胚性愈伤组织(EC)阶段表达最低,在球形胚(GE)阶段表达最高。(3)qRT-PCR显示,在PEG6000和NaCl处理下DlHDT1基因,呈下调表达趋势,推测DlHDT1可能参与调控龙眼对干旱及盐胁迫的响应,并存在负调控关系。研究认为,DlHDT1为核定位基因,可能参与龙眼体胚形态建成并在龙眼响应非生物逆境胁迫过程中发挥重要作用。     

GC-MS/SIM法同时测定臭冷杉挥发油中柠檬烯和醋酸龙脑酯含量

目的:建立同时测定臭冷杉挥发油中柠檬烯和醋酸龙脑酯含量的方法。方法:采用气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术,选择离子模式(SIM)检测,色谱柱为HP-5MS石英毛细管柱(30 m×0.25 mm×0.25μm),初始温度40℃,4℃·min-1升至260℃。载气为氦气。选择m/z为68和95的特征离子分别对柠檬烯和醋酸龙脑酯进行定量。结果:柠檬烯和醋酸龙脑酯在400~4 000μg·m L-1和800~8 000μg·m L-1浓度范围内与峰面积呈良好的线性关系,其相关系数为0.999 8和0.999 6;平均加样回收率为98.5%和98.7%;RSD值为1.3%和1.5%(n=6)。结论:该方法简便、快速,结果准确,可用于臭冷杉挥发油的质量控制。     

文心兰25条miRNA前体序列特性及其表达分析

为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre miRNAs在文心兰不同组织部位及软腐病侵染的假鳞茎中的表达情况进行实时荧光定量分析。结果显示：（1）文心兰25条pre miRNAs序列可分为13个家族,其中包含15条成熟体序列。（2）Mfold二级结构预测显示,文心兰25条pre miRNAs的最小折叠自由能在-32.04~ -120.98 kal/mol之间,均可以形成典型、稳定的发夹结构。（3）序列比对分析发现,同一家族的前体与成熟体存在一个约20个碱基长度的保守区域,推测该区域可能为文心兰miRNA成熟体所在区域。其中,13个前体家族中,有10个家族的成熟体可以完全定位于其前体中。（4）实时荧光定量PCR结果显示,在文心兰不同组织部位中,miR159 unigene0037857、miR167 unigene0011236、miR167 unigene0002619、miR169 unigene0022341、miR172 unigene006514、miR396 unigene19032、miR398 unigene0009996、miR2950 unigene0006151、miR2950 unigene0006422等pre miRNAs在叶片中大量累积可能有利于其叶的形态建成;miR162 unigene0003615、miR162 unigene0013441、miR166 unigene0011870、miR168 unigene0009958等pre miRNAs同时在根和叶中均大量表达有利于其根和叶的发育;而miR171 unigene0045985、miR396 unigene0011179、miR396 unigene0011180在根和茎中的大量表达可能有利于其根和茎的发育。（5）在软腐病病菌侵染文心兰假鳞茎的过程中,miR159 unigene0037857、miR167 unigene0011236、miR396 unigene0011179、miR396 unigene0011180、miR396 unigene0019032、miR845 unigene0012489的表达总体呈下降趋势;miR162 unigene0040566、miR166 unigene0011870、miR168 unigene0009958、miR171 unigene0045985在软腐病菌液侵染4 h其表达量升高,之后表达量下调;miR162 unigene0003615、miR167 unigene0002619、miR168 unigene0047942、miR169 unigene0022341、miR845 unigene0012489在菌液侵染过程中其表达量呈现先下降后上升的趋势,并在侵染8 h后表达量达到最低。研究表明,文心兰pre miRNAs 13个家族不同成员在进化进程中具有高度保守性与特异性的结构特点,并可能广泛参与文心兰不同组织的生长发育及参与软腐病菌侵染的响应。     

龙眼WOX家族基因鉴定及在体胚发生早期的表达分析北大核心CSCD

为探究龙眼WUSCHEL相关的同源异型盒(WUSCHEL-related homeobox,WOX)家族基因的生物学功能与表达模式,该研究基于龙眼全基因组数据库对DlWOX家族成员进行鉴定与生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测验证其在龙眼体胚发生早期三个阶段以及在不同激素处理下的表达模式。结果表明:(1)共筛选出13个龙眼DlWOX家族成员,均为不稳定蛋白;亚细胞定位预测显示DlWOX定位于细胞核与细胞骨架上;进化树分析发现,DlWOX家族分为远古支、中间支和WUS(WUSCHEL基因是WOX家族中最先发现的基因)支。(2)基因结构分析发现,DlWOX内含子数在0~19个之间,其大部分的编码蛋白都含有基序motif1与motif2,部分成员含有特异的基序;DlWOX启动子顺式作用元件包含大量光与激素响应元件。(3)对DlWOX在龙眼不同组织部位及体胚发生早期的表达模式分析发现,该家族部分成员在龙眼叶片中高表达,DlWOX14.1、DlWOX14.2和DlWOX9A在胚性愈伤组织阶段(EC)高表达;qRT-PCR分析显示,大部分龙眼DlWOX家族成员响应茉莉酸甲酯(MeJA)和赤霉素(GA)的调控,除DlWOX6外,其余成员在GA与MeJA处理下均上调表达,其中DlWOX9A在GA和MEJA处理下表达量显著上调。研究发现,龙眼DlWOX9A转录组测序结果与qRT-PCR结果的表达量存在差异并且趋势也不完全相同,推测WOX家族在龙眼的整个体胚发生早期起着重要的作用,尤其是在GE阶段;龙眼DlWOX基因在进化过程中存在高度的保守性,部分DlWOX家族成员可能通过响应GA与MeJA激素在龙眼体胚发生过程中发挥作用。     

龙眼体胚发生早期SAUR 63/64基因克隆及表达分析北大核心CSCD

SAUR(small auxin up-regulated RNA)是一类生长素早期响应基因,与植物的生长发育密切相关。为揭示SAUR 63和SAUR 64在龙眼体胚发生早期的调控作用,该研究采用TA克隆龙眼SAUR 63和SAUR 64基因,对其进行亚细胞定位、qRT-PCR表达分析和荧光原位杂交分析验证。结果显示:(1)龙眼SAUR 63和SAUR 64序列长度分别为386 bp和312 bp;系统发育树显示SAUR63、SAUR64与拟南芥亲缘关系较近;亚细胞定位结果显示SAUR63蛋白定位在细胞核与细胞外基质,SAUR64蛋白定位在叶绿体。(2)预测发现SAUR 63和SAUR 64同时作为LTCONS_00038949、LTCONS_00038950及LTCONS_00038952(lnc38949、lnc38950及lnc38952)的靶基因。(3)qRT-PCR检测发现SAUR 63、SAUR 64与3个lncRNAs均在不完全胚性紧实结构阶段高表达;SAUR 63与3个lncRNAs在100和500μmol·L^(-1)赤霉素(GA 3)处理下上调表达,且在500μmol·L^(-1) GA 3时表达量达到峰值;SAUR 63、SAUR 64、lnc38949和lnc38950均在35℃处理下被显著诱导表达,而lnc38950在35℃下受到抑制;此外,SAUR 63、SAUR 64和3个lncRNAs还响应SA、MeJA、盐胁迫和干旱胁迫的调控。(4)荧光原位杂交结果显示,SAUR 63与lnc38949均没有定位在合子胚特定部位,且lnc38949表达量高于SAUR 63。研究表明,SAUR 63、SAUR 64基因可能受到lncRNAs的调控,共同参与龙眼体胚发生早期的调控。     

2017至2022年太原市HIV抗体不确定及后续随访阳转样本WB条带及流行病学因素分析

摘要 目的：探究HIV抗体不确定及后续随访阳转样本的WB条带和流行病学特征。方法：对太原市范围内2017年至2022年监测到的790份HIV抗体不确定及71例后续随访阳性人员的WB条带和流行病学信息进行分析。结果：（1）HIV抗体不确定样本主要来自医院、血液中心和自愿咨询与检测（VCT）机构,占比84.47%;阳转样本主要来自医院和VCT,占88.73%;不确定人群中的性病门诊就诊者和VCT人群阳转率最高,分别为50%、25.49%。（2）不确定和阳转样本以20-40周岁人员为主,占53.8%;不确定人群中的20-30岁阳转率最高,占15.57%。（3）不确定样本在学历、性别方面无明显差异,但阳转样本男性占比远高于女性、高学历人群相对较高。（4）不确定样本以已婚、无高危行为、就业人群为主,阳转样本以具有未婚、离异、丧偶、阳性配偶、男男同性恋（MSM）、学生、无业或待业等特点人群为主。（5）不确定样本条带以P24和P17条带和带型为主,阳转样本条带以P24和P17为主,以含有P24和gP160条带的带型为主。结论：不确定样本中具有性病门诊就诊者、VCT、MSM、20-30岁、未婚、无业等流行病学因素和具有P24或gP160条带等特点的样本后续阳转可能性较大,应以上述人群为防控干预重点,重点加强具有上述特点不确定样本的个案跟踪和随访检测。     

萎凋处理对乌龙茶风味品质形成的转录组分析

乌龙茶是一种高香型半发酵茶,因其具有的花果香和鲜醇浓厚口感而广受消费者青睐.在鸟龙茶加工过程中,萎凋是促进乌龙茶风味品质形成的第一道工序.然而,乌龙茶萎凋过程中影响风味品质形成的分子机制尚不明确.利用转录组测序对乌龙茶鲜叶、室内萎凋叶和日光萎凋叶进行分析.结果 表明,从3个样品中共鉴定出10793个差异表达基因.KEG...     

青岛海水浴场多重耐药菌的分布特征研究

为研究海水浴场中的多重耐药菌(multidrug-resistant organism,MDRO)的分布情况、耐药特征及种属,通过抗性筛选平板筛选MDRO,利用K-B纸片法测定其对15种常见抗生素的敏感度,再根据16s rDNA序列同源性比对鉴定MDRO的种属。结果 :从271株可培养的海水细菌中筛选到60(22.1%)株MDRO,60株MDRO对15种药敏纸片的耐药率在31.6%-81.7%之间,其中对磺胺类、氨基糖苷类和磷霉素类抗生素的耐药率较高,对链霉素耐药率最高(81.7%);对链霉素、四环素耐药基因与耐药表型的相关性分析表明,MDRO的耐药性与耐药基因的检出率显著相关;60株MDRO分属于24个菌属,其中寡养单胞菌属占比最大(16%),其次分别为微杆菌属(13%)、短波单胞菌属(8%)、葡萄球菌属(8%)。实验结果揭示了青岛海水浴场的MDRO污染较严重,且多样性丰富,对常见抗生素表现出较强的耐药性。