滇楸叶绿体基因组密码子偏好性分析

为分析滇楸(Catalpa fargesii)叶绿体基因组密码子的使用模式,本研究以滇楸叶绿体基因组密码子为研究对象,筛选出了38条蛋白编码序列,并利用CodonW和CUSP在线软件对其进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明：滇楸叶绿体基因组密码子平均GC含量为39.03%,不同位置上的GC含量依次是GC₁(47.51%)>GC₂ (40.80%)>GC₃(28.78%),说明叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;其有效密码子数(effective number of codons, ENC)的范围为34.93～55.78,平均值为46.61,有25个ENC值大于45,表明其密码子的偏好性较弱;同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage, RSCU)分析表明,RSCU>1的密码子中有30个以A或U作为结尾,说明其密码子偏好以A和U结尾;中性绘图分析显示,GC₁₂和GC₃的相关性不显著...     

样本量对云南松幼苗生物量模型构建及预估精度的影响

为探究不同样本量对生物量模型构建及建模精度的影响，以实际调查的20个家系，共615株云南松幼苗为例，通过编写计算机程序建立进行简单随机抽样，构建不同样本量云南松幼苗各器官及单株生物量异速生长方程。利用决定系数（R²）、估计值标准误（SEE）、均方根误差（RMSE）、总相对误差（RS）及平均误差绝对值（MAB），对模型拟合优度与精度进行比较分析。结果表明：幂函数方程可较好地用于估测云南松幼苗生物量；随着样本量的增加模型精度评估指数MAB呈幂函数形式逐渐减小；当样本数量小于200时MAB较为敏感，模型精度较差，样本量大于200时，其精度随样本量逐渐增加，但变化幅度逐步减小并趋于稳定。因此，根据MAB的变化趋势，样本量达到200时可以构建精度较高且稳定模型。