棘腹蛙线粒体局部重复序列非排序聚类

动物线粒体基因组发生局部串联复制后,涉及区域具有多基因拷贝、假基因化、大量插入缺失的特点,难以排序和构建基因树。而不依赖排序的聚类方法理论上可用来归纳和展示这类序列的差异,但未见相关评估和运用。本研究选取棘腹蛙Quasipaa boulengeri 19号个体,以3类常用的基于特定长度(k)子序列集的非排序算法,依次设k值为4、6、8……20,对其轻链复制起点邻近复制区域583~695 bp的序列进行聚类。构建相同个体线粒体1 518 bp蛋白编码序列最大似然树为参照,计算和考查两者间拓扑结构距离和差异。所评估的28种算法中,半数可在主要为8的特定k值下产生和最大似然树拓扑结构相差仅2个节点(11.8%)的聚类树,部分算法在不同k值下均表现不佳,较小的k值(4)适合解析差异程度相对较高的序列间关系。这些结果例证了动物线粒体重复序列非排序聚类的可行性,其中的算法、k值理想组合可能适合类似系统。建议对其他类型的复制重排系统进行类似评估。     

PI3K/Akt/mTOR信号传导通路与成人T淋巴细胞白血病关系的研究进展

成人T淋巴细胞白血病(ATL)是严重危害人类健康的一种疾病,它是由与H IV类似的逆转录病毒HTLV-I感染CD4+T细胞而诱发的恶性肿瘤。HTLV-Ⅰ导致ATL中起主要作用的是Tax蛋白,其反式激活作用占有重要地位,它可以激活PI3K/AKT/mTOR信号途径。PI3K/Akt/mTOR被认为是蛋白质合成的主要信号调节通路,研究表明该信号传导通路是与细胞增殖和细胞凋亡关系最密切的信号传导通路之一,其在成人T淋巴细胞白血病的发生、发展治疗及转归中发挥重要作用,并且已经成为治疗的新靶点。本文就PI3K/Akt/mTOR信号传导通路以及与ATL关系的研究进展作如下综述。     

体表擦拭取样在两栖动物保护遗传学研究中的应用

相比于其他取样方法,非损伤性取样对动物的伤害可以降到最低,因而在动物保护研究中有着重要的价值。在两栖类中通过体表擦拭进行非损伤性取样的方法已有报道,但是相关研究仅局限于零星物种,且均是在实验室环境下完成取样,并不适用于野外就地取样。本研究对四川申果庄省级大熊猫自然保护区内有尾两栖类及无尾两栖类6科10属11种进行了就地擦拭取样。线粒体基因序列分析表明,体表擦拭取样法获得的DNA能满足常规的分子生物学实验要求,可用于水生、陆栖等各种两栖动物类群,可在两栖类保护遗传学研究中广泛应用。     

计算机辅助设计联合斑点杂交筛选铜绿假单胞菌PAO1 motA基因反义寡核苷酸序列

为了筛选出能与铜绿假单胞菌PAO1 motA基因的mRNA结合紧密的反义寡核苷酸序列,采用全基因寻靶技术（full length gene targeting,FLGT）,运用计算机软件（Mfold和RNA Structure4.6）模拟铜绿假单胞菌PAO1 motA基因mRNA的二级结构,根据最小自由能原理设计出8条寡核苷酸探针序列;PCR扩增出全长motA基因,克隆motA基因并进行体外转录,同时用地高辛标记mRNA,以斑点杂交方法筛选出与motA基因mRNA结合紧密、杂交信号较强的寡核苷酸序列。斑点杂交结果显示8条寡核苷酸中的4条有较强的杂交信号,从而成功筛选到了能与motA mRNA牢固结合的反义序列,为进一步研究以motA基因为靶的反义技术抑制生物膜形成打下基础。     

ND-FISH技术在两栖类中的应用

非变性荧光原位杂交(ND-FISH)是近年来兴起的一种技术,一般使用带有荧光标记的简单序列重复(SSRs)作为探针,杂交中不需要进行探针和染色体的变性使得检测简单快捷。SSRs探针可检测出染色体上SSR富集的区域,可以帮助辨识染色体,SSRs分布的多态性还可以为遗传多态性的研究提供信息。(1)该研究首次将ND-FISH运用于两栖动物中,得到了5个可运用于多态性研究的标记。(2)研究发现,有别于其他类群,当ND-FISH应用于两栖动物时,染色体标本必须进行变性。(3)该研究还对双色荧光原位杂交流程进行了较大的改进,在一个杂交体系中同时使用直接和间接标记探针,通过一次实验获得双色信号,从而使步骤简化。     

RNA-Seq探索低水平利奈唑胺耐药粪肠球菌机制

为了探索低水平利奈唑胺耐药粪肠球菌机制,本研究采用Illumina HiSeq 4000高通量转录组测序技术对低水平利奈唑胺耐药粪肠球菌(P10748 MIC:8 mg/L)和利奈唑胺敏感粪肠球菌(3138 MIC:2 mg/L)进行测序及生物信息学分析,以标准菌株ATCC29212作为质量评估参考。利用GO和KEGG数据库对差异表达基因进行注释与富集分析,并利用荧光定量PCR对测序中的差异表达基因进行验证。结果显示,测序共获得了3.57 Gb有效数据,通过De novo拼接获得1 920条unigenes,总长度为2 122 210 bp,平均长度为1 105 bp。差异基因模式聚类分析显示共有150个显著性差异表达基因(FDR≤0.001,|log2 Ratio|≥1),其中141个上调,9个下调。其中生物膜形成和外排泵相关基因esp、optrA、fexA在耐药菌中显著上调。GO功能注释结果显示,催化活性、代谢过程和细胞是注释最多的条目;Pathway富集分析发现,肽聚糖生物合成、缬氨酸亮氨酸和异亮氨酸的降解和硫代谢为显著性富集通路(p<0.05)。荧光定量PCR结果与测序结果基本一致。推测膜转运蛋白和生物膜形成可能在耐药机制中具有重要作用,为低水平利奈唑胺耐药肠球菌机制提供了可参考的耐药靶标。     

P13K／Akt／mTOR信号传导通路与成人T淋巴细胞白血病关系的研究进展

成人T淋巴细胞白血病（ATL）是严重危害人类健康的一种疾病,它是由与HIV类似的逆转录病毒HTLV—I感染CD4^＋T细胞而诱发的恶性肿瘤。HTLV—I导致ATL中起主要作用的是Tax蛋白,其反式激活作用占有重要地位,它可以激活P13K／AKT／mTOR信号途径。P13K／Akt／mTOR被认为是蛋白质合成的主要信号调节通路,研究表明该信号传导通路是与细胞增殖和细胞凋亡关系最密切的信号传导通路之一,其在成人T淋巴细胞白血病的发生、发展治疗及转归中发挥重要作用,并且已经成为治疗的新靶点。本文就P13K／Akt／mTOR信号传导通路以及与ATL关系的研究进展作如下综述。     

广州南沙湿地公园候鸟源肠杆菌科耐药性及产超广谱β-内酰胺酶基因监测调查

[背景]耐药基因可通过水平转移在环境、动物和人体间发生转移,而远距离传播则主要通过候鸟的迁徙.耐药基因可通过水平转移和候鸟迁徙跨地区传播至禽畜和人类,引起公共卫生问题.[目的]分离广州南沙湿地公园候鸟粪便中肠杆菌科细菌,并鉴定菌种类别,研究其对常见抗生素的耐药性及携带的主要超广谱β-内酰胺酶(extended-spec...     

中药材蛤蚧的特异性PCR鉴定

以线粒体Cytb、COI、12SrRNA、16SrRNA基因序列为基础,探讨特异性PCR技术鉴定蛤蚧及伪品的可行性。本研究以所扩增的16条COI序列为引物设计依据序列设计了1对位点特异性引物COISF,COISR,同时从Gen-Bank上下载30条序列,设计了CytbSF,CytbSR;16S rRNASF,16S rRNASR;12S rRNASF,12S rRNASR另外3对位点特异性引物,因此共用4对位点特异性引物分别扩增蛤蚧及伪品实验样本。结果表明在复性温度为65℃时,4对引物都出现了理想的结果,即蛤蚧正品出现了扩增条带,而伪品没有扩增条带。同时对市售的蛤蚧商品进行了检测,在所供的7号标本中,有4号为蛤蚧正品,其余3号为蛤蚧伪品。本研究所设计的位点特异性引物可快捷、准确的鉴定蛤蚧及伪品,且在药检工作中具有极大的应用前景。     

沙眼衣原体分型的研究进展

沙眼衣原体是发展中国家致盲的主要病因和发达国家性传播疾病的重要病原。沙眼衣原体分型研究,在血清学诊断,分子流行病学研究,疫苗的研制等方面均有重要意义,本文就沙眼衣原体分型技术的进展作了一概述。