PNmerger: 一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件

Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件．发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger．对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质．并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件．该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来．PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计．用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件．     

蛋白质相互作用网络进化分析研究进展

近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现．这些数据为进化研究提供了新的视角．从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研究领域的主要进展,侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用,以及蛋白质相互作用网络不同于随机网络特性的起源和进化等问题．总结了前人工作给学术界的启示,探讨了该领域未来可能的发展方向．