在AppleⅡ型微机上实现核酸数据处理的工作程序

本文报道了在AppleⅡ型微机上实现核酸数据处理的一系列工作程序。应用这些程序,可进行核酸数据的贮存、对指定的核酸数据结构的改造、限制性内切酶识别位点的检索、核酸序列至蛋白序列的翻译、相关核酸序列及蛋白序列的同源性比较、氨基酸密码使用频率的统计和基因的启动子结构的初步探索等方面的工作。     

用微型机TRS-80(Ⅰ)实现核酸序列资料管理系统

本文报道了能实现对核酸序列资料进行分析处理及其管理的TRS-80(Ⅰ)微型计算机的应用程序。该程序系统是由一组相互独立的、具有多种功能的程序文件通过主程序文件的相互关联而组成,并以文件的形式存贮于软磁盘中。整个管理系统是用磁盘BASICⅡ语言设计编制的。在TRS-80微型机的New DOS操作系统下,通过文件操作和文件存取的方式而实现对核酸序列资料的管理。该管理系统能提供12种功能,并能方便地加以扩充。它基本上能满足用户对于核酸序列一级结构的分析、处理的需要。另外该系统中的大多数程序文件也能用于氨基酸序列的分析处理。     

DNA长链分子上核酸内切限制酶识别位置的预测

本文报道了我们自编的能在TRS-80(Ⅰ)型微处理机上执行的用于构造DNA分子的限制性内切酶酶谱的计算机程序。并给出了73种不同专一性的限制性内切酶在噬菌体M13 DNA(6407个核苷酸残基)上的识别位置(或切点位置)处理结果。该程序的最大优点是被检索的核酸序列,其长度在原则上是不受限制的(即不受计算机内存容量的限制),用户可根据需要对输入的序列进行任意的插入和删改。     

RNA大分子的二极结构预测

本文提出能预测单链核酸分子的具有最小自由能的二级结构的计算方法。方法的基础是拓扑平面图的最大C—匹配原理和现有的单链核酸分子折叠构象的热力学数据资料。为了说明算法的能力,对免疫球蛋白r1重链的mRNA片段序列(459个核苷酸残基)大肠杆菌16s rRNA片段序列(567一883)以及脊髓灰白质炎病毒RNA片段序列(1—74O)的二级结构进行了计算机预测并同现有的结构模型进行了比较和讨论。由计算机预测的大肠杆菌16s rRNA中心域的二级结构与Noller和Woese提出的结构模型基本一致。     

RNA分子的折叠及其动态过程

用预测大分子RNA具有最小自由能的二级结构的计算方法,研究了大肠杆菌16SrRNA和海胆H2A组蛋白基因片段的折叠的动态过程,描述了这些片段的自由能变化和二级结构.     

核酸碱基分子的水合作用研究

本文是利用分子间相互作用的势能函数研究核酸的胞嘧啶碱基、腺嘌呤碱基与水的相互作用。方法上采用改进的分子相互作用势,并把能量贡献中的氢键项作为修正项处理,并应用BFGS 变尺度法进行最优化处理。研究结果表明:碱基(胞嘧啶,腺嘌呤)与水相互作用能的极小值及其最优的水合作用位置与精确的量子力学ab initio 法所得的结果接近,但在方法上得到了很大的简化。     

DNA序列组建的计算机处理

本文给出了用于DNA序列组建的计算机程序,该程序能方便地将已测定的片段序列组合成一连续DNA序列。由此来组建DNA分子的一级结构。整个程序是由若干个相互关联的文件构成。在执行中它主要是通过对各片段序列中所存在的部分重叠的或者相同的子序列检索,比较后再将重叠的片段序列拼接组合成一连续的DNA序列。可以认为在长链DNA分子序列的测定中,使用这种处理是有益的。     

碱金属离子——Na~ 与 DNA 中碱基,配对碱基,双联体↓■↑、↓■↑的相互作用

本文根据分子中原子和离子之间非键相互作用的半经验势函数,并应用BFGS变尺度法进行最优化处理而研究Na~ 与脱氧核糖核酸(DNA)中碱基(胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)),配对碱基G—C、A—T 碱基对,螺旋双联体↓■↑、↓■↑等的相互作用,得到了它们各自的最优配位模式。