粪肠球菌噬菌体vB_E. faecalis_IME196的生物学特性及其全基因组分析

【目的】从医院污水中分离一株能裂解多耐药粪肠球菌的噬菌体,分析该噬菌体的生物学特性,并进行全基因组测序和分析,为治疗和控制多耐药粪肠球菌感染提供基础。【方法】以耐药粪肠球菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,双层平板法检测噬菌体效价、最佳感染复数(MOI)和一步生长曲线,纯化后负染法电镜观察噬菌体形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体全基因组,酶切处理后琼脂糖凝胶电泳分析,使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】分离到一株粪肠球菌噬菌体,命名为v B_E.faecalis_IME196(IME196);其最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME196的潜伏期为30 min,暴发量为50 PFU,电镜观察该噬菌体为长尾噬菌体,结合BLASTp分析确定其属于尾病毒目长尾噬菌体科,基因测序表明,噬菌体IME196核酸类型为DNA,基因组全长为38 895 bp,G+C含量为33.9%。【结论】分离鉴定一株粪肠球菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为以后预防和控制粪肠球菌的感染提供了一个新的途径,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。     

细菌萜类合成酶的生物信息学分析

【目的】目前对于萜类合成酶(Terpenoid synthase,TPS)的研究主要集中在植物和真菌中,而对细菌TPS的系统研究尚少。建立在大量已经被测序的细菌基因组基础上,利用生物信息学方法,对细菌TPS在全基因组范围内进行识别、分类和功能分析。【方法】利用TPS的隐马尔科夫模型(Pfam编号为PF03936)搜索自建的细菌蛋白质组数据库,预测出细菌TPS。对这些候选TPS的蛋白序列用MAFFT 7.130b进行多序列比对,并利用MEGA 6.0对多序列比对结果进行进化分析。利用MEME和PredictProtein分别进行细菌TPS的基序(Motifs)和点突变分析。【结果】建立在生物信息学分析的基础上,1 423条细菌TPS被识别,它们分布在8个门中,即放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和衣原体门(Chlamydiae)。进化分析表明细菌TPS可分为4大类,Motifs分析表明除了各类之间保守的基序(Motifs)外,还有特异的Motifs,这暗示着细菌TPS在不同类别之间的功能分化。点突变分析表明,细菌TPS不同位点的氨基酸突变对TPS功能的影响不同。【结论】细菌TPS主要分布于8个门中,其中在2个门中细菌TPS尚未见报道,即厚壁菌门(Firmicutes)与酸杆菌门(Acidobacteria)。基于进化分析,可以把细菌TPS分为4类,各类之间的差异可能是由类特异的Motifs决定的,另外细菌TPS不同氨基酸位点的突变分析为今后验证TPS的功能提供了很好的理论基础。     

两相系统在疏水性有机污染物高效降解菌富集培养中的应用研究进展

环境中疏水性有机污染物(Hydrophobic organic pollutants,HOPs)的浓度日益增加,获取HOPs高效降解功能微生物能有效提高HOPs污染治理效率。近年来,利用两相系统促进HOPs微生物降解转化的研究已取得一定进展。本文重点从两相系统的结构特点及其富集HOPs降解功能微生物的原理、主要影响因素和应用情况等方面进行综述,并在此基础上对两相系统在毒害性HOPs微生物加速降解脱毒中所存在的主要问题及其应用前景进行讨论和展望。     

Thrombospondin-1 (TSP1)-producing B Cells Restore Antigen (Ag)-specific Immune Tolerance in an Allergic Environment

Restoration of the antigen (Ag)-specific immune tolerance in an allergic environment is refractory. B cells are involved in immune regulation. Whether B cells facilitate the generation of Ag-specific immune tolerance in an allergic environment requires further investigation. This paper aims to elucidate the mechanism by which B cells restore the Ag-specific immune tolerance in an allergic environment. In this study, a B cell-deficient mouse model was created by injecting an anti-CD20 antibody. The frequency of tolerogenic dendritic cell (TolDC) was assessed by flow cytometry. The levels of cytokines were determined by enzyme-linked immunosorbent assay. The expression of thrombospondin-1 (TSP1) was assessed by quantitative real-time RT-PCR, Western blotting, and methylation-specific PCR. The results showed that B cells were required in the generation of the TGF-β-producing TolDCs in mice. B cell-derived TSP1 converted the latent TGF-β to the active TGF-β in DCs, which generated TGF-β-producing TolDCs. Exposure to IL-13 inhibited the expression of TSP1 in B cells by enhancing the TSP1 gene DNA methylation. Treating food allergy mice with Ag-specific immunotherapy and IL-13 antagonists restored the generation of TolDCs and enhanced the effect of specific immunotherapy. In conclusion, B cells play a critical role in the restoration of specific immune tolerance in an allergic environment. Blocking IL-13 in an allergic environment facilitated the generation of TolDCs and enhanced the therapeutic effect of immunotherapy.     

北京郊区苹果小卷蛾成虫发生规律研究

苹果小卷蛾AdoxophyesoranaFischervonR slerstamm为北京郊区大桃生产中的主要害虫 ,试验采用黑光灯诱杀、糖醋盆诱集 2种方法在不同生态环境果园对其成虫发生期进行了观测。结果显示苹果小卷蛾在北京地区 1年发生 3代 ;越冬代成虫羽化高峰为 5月底至 6月初 ,第 1代幼虫防治适期为 6月1 0～ 1 5日 ;第 1代成虫羽化高峰为 7月中旬 ,第 2代幼虫防治适期为 7月下旬。     

Predicting protein-protein interactions by combing various sequence- derived features into the general form of Chou's Pseudo amino acid composition

Knowledge of protein-protein interactions (PPIs) plays an important role in constructing protein interaction networks and understanding the general machineries of biological systems. In this study, a new method is proposed to predict PPIs using a comprehensive set of 930 features based only on sequence information, these features measure the interactions between residues a certain distant apart in the protein sequences from different aspects. To achieve better performance, the principal component analysis (PCA) is first employed to obtain an optimized feature subset. Then, the resulting 67-dimensional feature vectors are fed to Support Vector Machine (SVM). Experimental results on Drosophila melanogaster and Helicobater pylori datasets show that our method is very promising to predict PPIs and may at least be a useful supplement tool to existing methods.     

切断鸣管神经支对红嘴相思鸟鸣声的影响

该研究以红嘴相思鸟(Leiothrix lutea)为材料,分析对其鸣管神经支(NXIIts)进行断单侧和断双侧处理后的鸣声声学变化,探讨鸣管神经支配特性。结果表明,断单侧NXIIts后红嘴相思鸟均可发出常见叫声,但鸣声音节间隔拉长,音节时程缩短,调频指数下降,且断左侧NXIIts的作用效果明显大于断右侧NXIIts。即NXIIts支配具单侧性,且呈左侧优势,此外,左侧NXIIts还具有产生音节高频成分和谐波的作用。断双侧NXIIts后,红嘴相思鸟鸣声音调唯一,响度大幅下降,音节脉冲数增加。     

一种研究和鉴别悬浮培养红豆杉细胞凋亡与坏死的新方法

将在动物细胞凋亡研究中应用的Hoechst-PI双重荧光染色法与琥珀酸脱氢酶(SDH)染色法相结合,建立了一种更加完善的、能同时鉴别和研究悬浮培养的植物细胞凋亡及坏死的新方法——Hoechst-PI-SDH三重染色法(H-P-S法)。该方法可直接用于红豆杉悬浮培养细胞,无需对细胞进行去壁、固定及切片等其它方法所必需的步骤,在荧光显微镜下可鉴别活细胞、死细胞及凋亡细胞,并可同时观测细胞凋亡的全部过程。该方法简单、快速、准确,而且克服了因细胞膜通透性差异引起的对死、活细胞判断的困难,可在植物细胞凋亡的研究中广泛应用。     

临床蛋白质组学———蛋白质组学在临床研究中的应用

临床蛋白质组学是将蛋白质组学技术应用于临床医学研究,它主要围绕疾病的预防、早期诊断和治疗等方面开展研究,其中,恶性肿瘤是临床蛋白质组学研究的一个重点研究对象.由于肿瘤生物标志物对早期诊断具有重要价值,所以临床蛋白质组学的主要目标之一是寻找合适的肿瘤生物标志物,多分子生物标志物已成为寻找肿瘤生物标志物的一个研究趋势.简要介绍了临床蛋白质组学的基本概念,实验设计,临床样本收集与预处理以及蛋白质组学技术在临床研究中的应用与进展.