Linkage disequilibrium and haplotype homozygosity in population samples genotyped at a high marker density

OBJECTIVE: Analyze the information contained in homozygous haplotypes detected with high density genotyping. METHODS: We analyze the genotypes of approximately 2,500 markers on chr 22 in 12 population samples, each including 200 individuals. We develop a measure of disequilibrium based on haplotype homozygosity and an algorithm to identify genomic segments characterized by non-random homozygosity (NRH), taking into account allele frequencies, missing data, genotyping error, and linkage disequilibrium. RESULTS: We show how our measure of linkage disequilibrium based on homozygosity leads to results comparable to those of R(2), as well as the importance of correcting for small sample variation when evaluating D'. We observe that the regions that harbor NRH segments tend to be consistent across populations, are gene rich, and are characterized by lower recombination. CONCLUSIONS: It is crucial to take into account LD patterns when interpreting long stretches of homozygous markers.     

寡毛实蝇属三新种：（双翅目：实蝇科）

本文记述的3新种,即广西实蝇Dacus(Zeugodacus)guangxianus、近黑颜实蝇D.(Zeugodacus)parater和那大实蝇D.(Asiadacus)nadanus,是1982-1985年在南方各地果园中用诱蝇酮(cue-lure)诱获的,寄主不明。所有模式标本均存放于北京农业部植物检疫实验所。在此谨向提供标本的同志致谢。     

Evaluation of sticky light traps for sampling mosquito larvae

Very simply constructed aquatic sticky light traps employing a chemical solution emitting a bright light attracted large numbers of all larval instars, but few pupae of Aedes cantans in trials in England. During April numbers of larvae per trap ranged from 73±14.2 to 163±19.9, whereas dipping with a ladle yielded only 6.9±5.5 to 11.8±7.7 larvae/dip. The traps were also effective in sampling larvae of Culiseta morsitans and in Sierra Leone larvae of Aedes aegypti. It was concluded that sticky light traps could be valuable in sampling relative numbers of mosquito larvae and merited further evaluation.

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Résumé Des pièges adhésifs lumineux faciles à réaliser sont construits pour les captures des larves de moustiques. Ils sont formés de paires de boîtes de Pétri en plastique contenant une solution émettrice de lumière provenant de bâtons lumineux chimiques Cyalume^®. Chaque piège est recouvert d'une feuille de plastique de 16×16 cm enduite d'une substance qui reste adhésive sous l'eau. Les larves de moustiques attirées vers la source lumineuse viennent se coller à la feuille adhésive.Ces pièges ont été utilisés avec succès en Angleterre pour l'échantillonnage de tous les stades larvaires d'Aedes cantans, mais pas avec le même efficacité pour les nymphes. Des tests plus restreints ont montré que la technique était également utilisable pour les larves de Culiseta morsitans. Les nombres moyens d'A. cantans capturés pendant une piode de 12 h (73±14,2–163±19,9) étaient supérieux à ceux obtenus en plongeant une louche (6,9±5,5–11,8±7,7). En utilisant les pièges adhésifs lumineux, les captures moyennes de C. morsitans étaient également supérieures (12,6±4,7–35,8±8,9) contre (5,7±6,1–8,9±7,8) avec la méthode de la louche.En Sierra Leone, des stades larvaires immatures d'A. aegypti se développant dans des containers de stockage d'eau ont également pu être capturés à l'aide de ces pièges.Bien qu'une évaluation plus poussée soit encore nécessaire, il ne fait aucun doute que ces pièges adhésifs lumineux aient un intérêt considérable pour l'échantillonnage larvaire dans les sites inaccessibles, tels que les trous d'arbres ou les trous de crabes, où les méthodes d'échantillonage classiques sont souvent d'un emploi difficile.