用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用

近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003-2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9＋3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为 63.6%。与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为 40.0%,特异度为 77.1%。相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDR-TB,有待进一步研究。     

抗结核药物及其耐药相关突变位点的研究进展

结核病是结核分枝杆菌复合物引起的传染性疾病,致死率、致残率高,在全球传染病中居第2位。近年来耐药结核病所占比例逐年升高,成为消灭结核病面临的巨大挑战之一。传统的耐药诊断方法基于培养,费时费力,所需技术要求高;而现有分子检测方法仅能检测少量抗结核药物的少数耐药基因。因此,更好地理解抗结核药物的耐药机制有助于全面耐药诊断。本文对临床中使用频率较高的11类一线和二线抗结核药物及其相应耐药相关基因、突变位点的研究进展进行总结,尤其是对环丝氨酸、利奈唑胺、氯法齐明等二线药物的近期研究做了系统描述,为全面耐药诊断、精准治疗指导、新药研发及耐药机制深入研究提供了前期工作基础。