基于SNP标记的短须裂腹鱼自然群体遗传多样性分析

研究应用SLAF-seq技术开发了短须裂腹鱼(Schizothoraxwangchiachii)的SNP标记, 并使用开发的SNP标记分析了野生种群的遗传多样性。结果显示实验中RsaⅠ-HaeⅢ的酶切效率为86.93%, 共得到80.08 M reads。通过生物信息学分析, 共获得709758个SLAF标签, 其中多态性的SLAF标签共有243304个, 共得到777082个群体SNP, 测序平均Q30为94.79%, 平均GC含量为40.16%, 测得观测等位基因数为2.005, 期望等位基因数为1.5272, 观测杂合度为0.2007, 期望杂合度为0.3160, 平均遗传距离为0.1523, 遗传多样性指数为0.3386, 香浓指数为0.4827, 多态性信息含量(PIC)为0.2562, 次要基因型频率(MAF)为0.2313, 结果表明目前金沙江阿海至龙开口段短须裂腹鱼野生种群遗传多样性处于中等水平, 这和人为干扰有关。近年来短须裂腹鱼数量逐年减少, 研究短须裂腹鱼的遗传多样性对保护其种质资源起着重要的作用。     

温度、pH和盐度对后背鲈鲤幼鱼存活的影响

为了研究后背鲈鲤(Percocypris pingi retrodorslis)对温度、pH和盐度的耐受性, 以后背鲈鲤幼鱼为实验材料, 采用单因子静态急性毒性实验法对其温度、pH和盐度耐受能力进行研究。实验结果表明, 后背鲈鲤幼鱼对温度的耐受范围为0—32℃, 高温、低温的半致死温度分别为32℃和1℃, 最佳生长温度为8—27℃; 96h内, 最佳生长pH为5.0—9.0, pH高于9.5或者低于4.7时, 幼鱼出现死亡, 在24、48、72、96h里, 不同碱度对幼鱼存活率的影响呈现显著性差异(P<0.05), 而不同酸度对幼鱼存活率的影响差异性不显著(P>0.05), 24、48、72、96h酸度半致死浓度(LC₅₀)相应pH分别为3.90、3.96、4.15、4.40, 碱度半致死浓度相应的pH分别为11.20、11.10、10.98、10.89。96h内, 当盐浓度超过7.50 g/L时, 幼鱼开始死亡, 不同盐浓度对幼鱼的存活率的影响呈现显著性差异(P<0.05), 盐度对实验鱼的 12、24、48、72、96h的半致死浓度分别为10.30、9.25、9.00、8.85、8.82 g/L, 2个级别的安全浓度(SC)分别为0.882 g/L、2.557 g/L。后背鲈鲤已被列入珍稀濒危物种, 研究为今后后背鲈鲤的人工养殖和跨地域养殖打下理论基础。     

HBc蛋白与NIRF蛋白细胞外相互作用鉴定

构建原核表达质粒pGST-HBc,真核表达质粒pFLAG-NIRF,表达并纯化GST-HBc蛋白,表达FLAG-NIRF蛋白,利用GST pull down技术鉴定HBc与NIRF蛋白的相互作用。利用PCR技术分别扩增HBc编码框和NIRF基因全长,并将其分别插入到原核表达载体pGEX-4T-1和真核表达载体p3*FLAG-CMV-10中,构建出pGST-HBc及pFLAG-NIRF。pFLAG-NIRF转染HEK293,培养48 h,收获前10 h加入MG132抑制蛋白酶体,收获细胞,经NP40裂解后离心收集上清pGST-HBc转化BL21(DE3)细菌,优化培养条件使GST-HBc在上清中大量表达,然后用GST4Bgel亲合纯化该蛋白,结合有GST-HBc蛋白与含FLAG-NIRF的细胞上清孵育后,离心收集GST 4Bgel,经洗脱液洗脱后蛋白电泳,western blotting分析。构建了pGST-HBc及pFLAG-NIRF,在上清中成功表达GST-HBc并纯化该蛋白,在细胞中成功表达FLAG-NIRF,GST pull down结果显示两者存在体外相互结合。HBc与NIRF能够在细胞外发生相互结合。     

兰州大尾羊MAPK13基因cDNA克隆及生物信息学分析

克隆兰州大尾羊促分裂素原活化蛋白激酶MAPK13基因,并分析其序列及其编码蛋白的生物学特性,为研究绵羊MAPK13基因的功能和生产应用提供参考。根据绵羊MAPK13基因CDS序列设计特异引物,利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因全长序列,并结合生物信息学方法分析其生物学特性。克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因cDNA序列全长1 397 bp,其CDS区片段长1 102 bp,编码367个氨基酸。预测兰州大尾羊MAPK13蛋白分子量为42.29 kD,理论等电点为8.82,为非跨膜的疏水性蛋白,亚细胞定位主要在细胞质中,无信号肽,不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有19个磷酸化位点,3个糖基化位点,3个磷酸化功能结构域,4个其他结构域,1个LCR片段,二级结构以α-螺旋为主。同源性分析显示兰州大尾羊MAPK13基因序列与已发布的绵羊MAPK13 mRNA序列(登录号:NM_001139455.1)相比,其第852位发生碱基转换(CA),导致编码蛋白第265位氨基酸发生碱基转换(ST),同时,第951位发生碱基转换(TG),但其所编码氨基酸不变。构建的基因进化树分析结果显示兰州大尾羊与牛亲缘关系最近。兰州大尾羊与其他物种MAPK13基因在结构上相似性较高,说明该基因具有高度的保守性,其序列包含的S_TKc结构域可将ATP的γ磷酰基转移到蛋白质丝氨酸/苏氨酸残基上,导致一系列肥胖相关基因的功能失调和表达变化,为进一步研究MAPK13基因与成脂分化过程的相关性提供了参考。     

枯草芽胞杆菌基因组删减对异源酶表达影响的研究进展

枯草芽胞杆菌作为一种遗传背景清晰、基因编辑成熟的革兰氏阳性菌,是多种重要工业酶的生产宿主.随着转录组、蛋白质组、代谢组等多组学测序和分析技术的发展,通过合理设计简化枯草芽胞杆菌基因组,减少细胞内冗余的调控和代谢网络,使得细胞更精简且便于控制,展现出了枯草芽胞杆菌作为异源酶表达宿主细胞的应用潜力.本文简要综述了枯草芽胞杆...     

芽胞形成相关基因缺失对解淀粉芽胞杆菌生物量及胞外酶表达的影响

解淀粉芽胞杆菌作为公认的安全生产宿主菌(GRAS),在高效表达异源蛋白方面具有巨大的发展潜力和应用前景.本研究以解淀粉芽胞杆菌TCCC111018为出发菌株,通过敲除芽胞形成相关基因(spo0A,sigF和sigE),构建了一系列突变菌株(BA△spo0A,BA△sigF,BA△sigE),并对突变株生物量和胞外酶表达...     

小鼠胚胎徒手分割技术的研究

目的　研究不同分割液和分割前胚胎去致密化与否对昆明白系小鼠的桑椹胚和囊胚的徒手分割以及分割后胚胎移植的影响。方法　在mPBS、1 2 5 %蔗糖液和进口分割液三种不同分割液中对桑椹胚和囊胚进行徒手分割。结果和结论　在蔗糖液与进口分割液中分割桑椹胚 ,成功率显著高于mPBS处理组 (6 9 5 3%、77 4 0 %vs5 6 82 % ) (P <0 0 5 ) ,而半胚的囊胚发育率及囊胚细胞数三组差异均无显著性 (P >0 0 5 ) ;在蔗糖液与进口分割液中分割囊胚 ,分割后半胚培养的囊胚发育率显著高于mPBS处理组 (72 38%、74 2 9%vs 5 6 2 0 % ) (P <0 0 1 ) ,而分割成功率及囊胚细胞数三组差异均无显著性 (P >0 0 5 ) ;各处理组半胚的囊胚发育率及囊胚细胞数都显著低于对照组体外培养桑椹胚的囊胚发育率 (98 70 % )和囊胚细胞数 (6 3 6 7± 5 78) (P <0 0 1 ) ;桑椹胚经去致密化处理后分割 ,其分割成功率显著高于未处理组 (82 90 %vs 5 6 6 0 % ) (P <0 0 1 ) ,处理组半胚培养的囊胚发育率也显著高于未处理组 (73 80 %vs 4 6 80 % ) (P <0 0 1 ) ;共移植 1 4 2枚 2分胚形成的囊胚移植于 1 1只受体 ,其中 3只妊娠 ,分别产仔 2只、3只和 4只     

肽聚糖水解酶基因缺失对解淀粉芽胞杆菌活菌数量及产碱性蛋白酶的影响

为了探究肽聚糖水解酶对解淀粉芽胞杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)活细胞数量以及碱性蛋白酶产量的影响,对解淀粉芽胞杆菌TCCC111018中的5个肽聚糖水解酶基因(lytC、lytD、lytE、lytF、lytG)分别进行敲除.通过分析对比基因缺失前后的生物量以及碱性蛋白酶酶活力发现,敲除菌株...     

人参硝酸还原酶活力与氮肥效应的关系

针对氮肥不能使人参增产甚至减产的结果,1991年6月21日在公主岭六年生参床上开沟追施（NH4）。SO4210g／m2,以后分期测定硝酸还原酶的活性（华东师范大学．植物生理实验指导．北京：教育出版社,1980．73）、非蛋白态氮［硝酸盐用紫外分光光度法、亚硝酸盐用萘基盐酸二氨基乙烯（萘己二胺）法〕和NH4．N及酸胺一N（波钦诺克,荆家海泽．植物生物化学分析法．北京：科学出版社,1981．107）。获得以下结果：NR活性单位：umolNO,s－‘FWh－‘。同时测定的玉米和向日葵NR活性,07－08分别为队伍,0．24;08－06分别为585,3．30。1·…     

澜沧江中上游光唇裂腹鱼四个地理群体遗传多样性分析

利用简化基因组测序对澜沧江中上游的苗尾-功果桥库区、黄登-大华桥库区、里底江段和乌弄龙江段4个地理群体60个光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus Tsao)样本进行了简化基因组测序, 平均测序深度255.26X, Q30为94.96%, 平均GC含量为39.80%; 测序获得多态性SLAF标签252623个, SNP标记1151083个, 其中, SNP平均完整度为36.66%, SNP平均杂合率为9.5%; 通过测序结果进行遗传多样性分析, 结果表明, 观测等位基因数均为2, 平均期望等位基因数为1.4211—1.5029, 平均观测杂合度为0.2381—0.3131, 平均期望杂合度为0.2690—0.3115, 平均多样性指数为0.2868—03248, 平均香浓指数为0.4269—0.481, 平均次要基因频率(MAF)为0.1854—0.2216, 平均多态信息含量(PIC)为0.2237—0.2553; AMOVA分析结果显示, 在总的变异中, 89.73%的遗传变异来自群体内部, 10.27%的遗传变异来自于群体间, 群体间遗传分化指数在–0.0150—0.1299(P<0.05), 表明群体间存在不同程度的分化。4个群体间遗传距离为0.05—0.15, UPGMA聚类表明, 苗尾-功果桥库区、黄登-大华桥库区和里底3个地理群体相互交叉聚类, 乌弄龙地理群体单独聚为一类。综上, 4个群体的遗传多样性处于中等水平, 遗传距离及聚类结果与试验群体地理距离基本相符, 研究结果将为光唇裂腹鱼种质资源评价与保护提供参考依据。