基于SSR分子标记的地被菊遗传多样性分析和指纹图谱构建

为了从分子水平上研究地被菊(Chrysanthemum×morifolium)种质资源的遗传多样性并建立地被菊品种的指纹图谱库,筛选出多态性高的引物用于地被菊品种间鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助选种体系的建立,本研究利用多态性好、条带清晰、重复性好的12对引物对91份地被菊材料和14份菊属近缘种材料进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记和遗传多样性分析,从12对引物中筛选出9对核心引物对受试材料进行指纹图谱构建。结果显示,在105个样品中,12对引物检测出104个等位位点,范围为2−26,平均每个点位检测出9.25个等位基因数,平均每个点位检测得到的有效等位基因数(number of effective alleles,Ne)为2.7456,范围为1.2760−4.7425;Shannon信息指数(Shannon genetic diversity index,I)变化范围是0.5133−2.2399,均值是1.2090;Nei’s基因多样性指数(Nei’s gene diversity index,H)范围是0.2163−0.7891,均值是0.5780;观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)的范围是0.2233−0.8952,均值是0.5575;期望杂合度(expected heterozygosity,He)的范围是0.2174−0.7933,均值是0.5808;多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值变化范围是0.2115−0.7740,均值是0.5329;遗传相似性系数(genetic similarity,GS)范围为0.2285−1.0000,均值是0.6083。聚类分析表明,在遗传距离(genetic distance,GD)=0.30时,受试材料可以分为两个类群。Structure群体结构分析将受试材料分为3个种群和1个混合种群。从12对引物中筛选出可完全区分105份受试材料的9对核心引物,构建了91份地被菊材料和14份菊属近缘种材料的指纹图谱。地被菊材料之间具有显著的遗传差异和丰富的遗传多样性,对于地被菊的园林应用和品种选育具有重要意义。地被菊品种和菊属近缘种的指纹图谱库的构建,一定程度上揭示了105份实验材料的亲缘关系,为今后地被菊品种鉴定与筛选体系的研究提供了技术支撑。