SARS冠状病毒E、M基因序列比较及B细胞抗原表位预测

为了比较SARS冠状病毒分离株E、M基因序列及氨基酸序列之间的差异,分析E、M蛋白的可能B细胞抗原表位。利用Lasergene软件包中的Editseq将E、M基因从SARS-CoV全基因序列中截取出,再翻译成氨基酸序列,用Clustal X软件分析它们之间的异同,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,预测E、M蛋白的B细胞抗原表位。结果证明SAPS-CoV的E、M基因序列相当保守,变异甚少,并分别预测出E、M蛋白有2段和7段可能为B细胞抗原表位。