嗜麦芽寡养单胞菌SMP蛋白的胞外可调控分泌及序列分析

为了观察和探讨嗜麦芽寡养单胞菌SMP蛋白胞外可调控分泌现象及其机制,将收集到的环境株菌D2株及9株临床株在含不同成分的培养基中培养,取培养液上清利用SDS-PAGE电泳观察SMP蛋白分泌情况;提取各菌株基因组DNA,PCR扩增其smp基因并进行克隆和序列测定;将获得的SMP氨基酸序列用Blastp、Megalign等进行分析,并构建系统发育树。结果显示,不同来源的嗜麦芽寡养单胞菌胞SMP蛋白分泌均存在可调控现象,酵母提取物可抑制该蛋白的分泌,而适宜浓度的麦芽糖则具有促进作用。序列对比及系统发育树分析显示,SMP的氨基酸序列具有种属的特异性,且临床株和环境株中存在一定的差异,临床株中该蛋白的氨基酸序列高度保守,而环境株则序列差异相对明显的,但不同来源的菌株SMP均含有保守的信号肽;提示该蛋白可能与其致病性相关,其胞外分泌的可调控机制值得进一步深入探究。     

基于主成分特征投影法建立利用16S rRNA基因序列进行物种分类方法的研究

提出一种有别于系统发育树的根据16S rRNA基因序列进行物种分类的新方法。首先将基因的碱基字母形式转换成数字形式,构建多维向量。然后根据主成分分析方法将该向量向数据分布最大方向投影,将原数据用几个“主成分”线性表出,而不丢失原数据的信息,采用主成分的显示功能作出三维主成分特征投影视图,达到分类的目的。在双歧杆菌和肠球菌的分类识别中得到较好的应用。     

人参病原菌拮抗放线菌的分离筛选与鉴定

采用平板对峙法、生长速率测定法等对人参根际分离得到的4株放线菌的抑菌活性进行了研究,并通过形态学特征观察、生理生化测定和16S rDNA序列分析进行分类鉴定。结果表明,4株放线菌对人参常见病病原真菌的抑菌效果明显。其中,FX-10对毁灭柱孢菌、灰葡萄孢菌和FX-61对人参核盘菌的抑制率分别达到91.28%、91.8%和90.07%。FX-10、FX-61、FX-137对人参的5种病原菌和FX-139对人参的7种病原菌有抑制作用,并且抑菌效果稳定。通过形态、生理生化和分子生物学鉴定,FX-139为酒红土褐链霉菌(Streptomyces vinaceus-drappus),FX-10为黑浅灰链霉菌(Streptomyces nigrogriseolus),FX-137为酒红链霉菌(Streptomyces vinaceus),FX-61为链霉属的灰褐类群。