基于转录组数据的杜仲红叶性状SSR分子标记分析

对‘华仲12号’杜仲的幼嫩叶片（绿色）和成熟叶片（红色）及‘华仲11号’杜仲成熟叶片（绿色）进行转录组测序,进行测序数据的拼接和组装,且对转录组获得的基因（Unigenes）进行SSR分析。研究得到54 517条平均长度为806.90 bp的Unigenes,其中25 993条Unigenes在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG蛋白数据库获得功能注释,占所有Unigenes的47.68%。参照KEGG数据库,可将注释到的6 910条Unigenes划分到122个代谢途径分支,其中花色苷代谢途径相关酶基因39个,类黄酮代谢途径38个,类胡萝卜素合成途径34个。54 517条Unigenes中共包含17 010个完整型SSR位点,占总SSR位点的96.28%。完整型SSR位点共包含67种重复基元,其中出现频率最高的重复基元类型为单核苷酸重复中的A/T （7 747个）,其次是AG/CT （5 039个）和AT/AT （850个）从花色苷代谢途径、类黄酮代谢途径及类胡萝卜素代谢途径中共找到13个SSR位点。为今后杜仲遗传多样性分析、遗传图谱构建及杜仲红叶性状分子标记开发等方面奠定了分子基础。     

HSV-2 miR-H4-5p负调节CDKL2基因表达并抑制Act D引起的Vero细胞凋亡

单纯疱疹病毒Ⅱ型（herpes simplex virus Ⅱ,HSV-2）编码的microRNA-H4-5p (miR-H4- 5p)可与病毒神经毒力蛋白ICP34-5mRNA互补结合并抑制其表达,从而降低病毒感染对细胞的毒力作用,以减弱细胞对病毒的免疫作用．但miR-H4-5p是否可靶向作用于宿主细胞基因目前仍不十分清楚．本研究证明,miR-H4-5p可通过靶向细胞周期依赖性激酶（cyclin- dependent kinase like 2, CDKL2）基因表达抗防线菌素D（actinomycin D, ActD）诱导的非洲绿猴肾上皮细胞（African green monkey kidney cells ,Vero）细胞凋亡．生物信息学方法在线预测miR-H4-5p潜在靶基因CDKL2的结合位点,并构建双萤光素酶报告系统检测miR-H4-5p靶向作用. 数据表明,miR-H4-5p可有效抑制萤光素酶的表达．qPCR和Western印迹数据表明,miR-H4-5p 可在 mRNA水平和蛋白水平抑制CDKL2表达．构建过表达载体pmR- mcherry/miR-H4-5p（cherry/H4-5p）,将cherry/H4-5p与pmR-mcherry空质粒转染至Vero细胞,转染24 h后加入终浓度为1 μg/mL放线菌素D诱导细胞凋亡．MTT法、流式细胞术和Western印迹检测Bax、Bcl-2表达.数据表明,miR-H4-5p可抑制ActD诱导的Vero细胞活性降低．本实验提示,miR-H4-5p可通过靶向调节宿主细胞基因抑制细胞凋亡,可能以此方式共同参与HSV 2潜伏感染的建立．但是这种抑制凋亡作用的通路及其机制目前仍不清楚,miR-H4-5p是否可靶向更多的宿主基因仍需要进一步实验验证．     

腹腔镜腹股沟疝修补术患者术后出血及二次手术相关因素分析

目的:探讨影响腹腔镜腹股沟疝修补术患者术后出血及二次手术相关因素。方法:回顾性分析行腹腔镜腹股沟疝修补术的6632例患者的临床资料,将凝血病、抗凝治疗或抗血小板治疗的829例患者归入风险组(n=829),其他患者归为对照组(n=5803),收集并比较二组患者的手术方式、年龄、性别、美国麻醉师协会(ASA)分级、疝缺损面积(I-III级)、一期手术与二次手术等患者资料,进行一年随访;采用多变量分析影响患者继发性出血及并发症所致二次手术的相关因素。结果:风险组的术后出血发生率显著高于对照组(4.22%vs 1.26%,P0.001),所有患者术后出血发生率为1.63%。影响术后继发性出血的其它负面因素有:开放式腹股沟疝术式、年龄增加、较高ASA分级、二次手术、男性和较大的疝缺损。风险组与并发症相关的二次手术发生率显著高于对照组(2.65%vs 1.14%,P0.001),所有患者与并发症相关的二次手术发生率为1.32%。影响患者并发症所致二次手术负面因素有:双侧手术、较高ASA分级、凝血病与抗凝治疗和抗血小板治疗、高龄,保护因素包括:较小的疝缺损面积与腹腔镜手术式。结论:行腹腔镜腹股沟疝手术患者术后出血性及并发症相关的二次手术的风险小于行开放术式患者。     

戴云山罗浮栲林主要乔木树种营养生态位研究

通过生态位空间分割,应用多维生态位宽度和生态位重叠分析戴云山罗浮栲(Castanopsis fabri)群落主要乔木树种在不同资源空间中的营养利用情况。结果表明,各物种在不同资源空间的营养利用情况存在差异。同一物种不同龄级生态位宽度不同,同一龄级不同物种生态位宽度也存在差异。罗浮栲天然林主要种群生态位重叠值介于0.2~0.3的有33对,占27.5%;大于0.3的有51对,占42.5%,群落中优势种种群生态位具有较大程度重叠,对资源的利用能力相似且竞争格局明显。乔木层中,个体多度分布较大的罗浮栲与其它树种生态位重叠在0.042~0.424,罗浮栲与其它物种在资源利用上所受到的竞争相对较弱,在一定程度上决定了该种群在群落中的优势地位。按照经典的分层频度分析,罗浮栲种群属于典型的衰退种,与群落演替的实际情况相一致。     

肿瘤相关巨噬细胞及其靶向治疗的研究进展

肿瘤是一种与机体免疫系统功能密切相关的疾病,是人类迄今为止仅次于心血管疾病的主要死亡原因。肿瘤相关巨噬细胞(tumor associated macrophage,TAM)作为肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中主要的免疫细胞亚群发挥着重要的作用。M2样TAM的高浸润与实体肿瘤患者的低生存率密切相关。了解复杂的TME中TAM所经历的一系列代谢变化以及功能可塑性,有助于将TAM作为肿瘤免疫治疗的靶点,开发更有效的肿瘤治疗策略。该综述总结了TAM的来源、功能状态、代谢变化等最新研究,并着重讨论了TAM在实体肿瘤中的靶向治疗方法。     

鹅圆环病毒浙江永康株全基因组的克隆及序列分析

为研究水禽流感大规模爆发的机理,进行了水禽流感病例中并发病原,特别是免疫抑制性病原的检测研究。根据已发表的鹅圆环病毒(Goosecircovirus,GoCV)序列,设计了一对检测引物,对浙江永康禽流感病死鹅样品进行PCR扩增,获得与预期552bp大小相符的DNA片段,经测序确认为GoCV特异序列,推测样品中存在GoCV。根据测定的序列进一步设计反向扩增引物,经扩增、测序、拼接后获得GoCV全长基因组序列。基因组序列分析表明,浙江永康株GoCV_yk01全长1821bp,具有圆环病毒共同的与病毒复制相关的茎环结构和Rep蛋白保守基序等特征,它与德国、中国台湾发表的序列在全基因组水平有91%～93%的同源性,在Rep和外壳蛋白的氨基酸水平有94%～97%的同源性。应用ClustalW方法作进化树分析显示,GoCV_yk01序列与德国株及中国台湾株均不在同一分支。圆环病毒可以感染淋巴细胞等增殖快的细胞,引起免疫抑制,从而造成其他病原的并发和继发感染,怀疑GoCV可能在2004年初永康爆发的鹅流感中起到了一定的协同作用。该GoCV_yk01是中国内地首次检测确认并测定全基因组序列的鹅圆环病毒。     

逆转座子对灵长目动物基因组结构的影响

逆转座子(retroposon)是动物基因组中一类可移动的元件,它们首先通过转录产生一个RNA拷贝,然后利用逆转录酶将该RNA拷贝逆转录为c DNA后,再插入到基因组的新位点上。逆转座子在动物基因组中含量极为丰富,种类也很繁多,并随着动物进化在基因组中不断扩增。它们可通过形成插入突变、侧翼序列转导、基因逆转座、DNA断裂与修复、异常重组等机制对动物基因组结构的稳定性产生重要影响,并成为推动基因组进化的重要动力。本文综述了灵长目动物主要的逆转座子类型及其对基因组结构的影响方式,从而为深入理解逆转座子在灵长目动物基因组中的功能及灵长目动物的进化提供参考。     

短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析

目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均位于编码基因的间区,同时除部分外,新发现的miRNA基因可以归类到31个已知的miRNA家族.最后,计算分析了保守的新发现的39个miRNA基因的靶基因及其功能.