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黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)是广泛分布于青藏高原高寒草甸的一种重要的可食用的菌根真菌。先前的研究利用EST-SSR引物已经对该物种的遗传多样性及群落结构进行了研究,但研究表明EST-SSR位点多态性较低,因此想要进一步探讨形成现有遗传分布格局的机制(该物种小尺度空间范围内基株的密度及大小)需要重新开发具有更高多态性的基于核基因的微卫星位点。本研究利用RAD测序技术使用直接测序分析的方法重新开发了12对具有多态性的引物。测序结果去接头拼装后共获得46 036条重叠群。在这些序列当中共扫描到342条含有重复单元的序列,在这当中70.47%为三碱基重复(241),8.19%为二碱基重复(28)。随机选取48对检测,12对具有多态性且测序结果良好,基于3个居群63个个体的遗传多样性研究显示,所有样品中共获得60个单倍型,每个位点的单倍型数量介于2 (GSSR26L)至9 (GSSR7L,GSSR11L)之间。Gst值介于-0.03(GSSR46L)至0.28(GSSR6L)之间、Fst值介于-0.03(GSSR33L)至0.42(GSSR6L)之间。在引物GSSR47L扩增测序中发现,其扩增出的片段不仅具有重复单元数量的变化,重复单元本身也存在突变的现象,这是之前使用聚丙烯凝胶电泳所检测不到的。本研究获得的微卫星引物将为接下来小尺度空间下研究黄绿卷毛菇基株的密度、大小及动态变化提供有力的支持。 相似文献
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基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica D.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流Nm为0.474。 相似文献
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高山兀鹫(Gyps himalayensis)喜在山崖绝壁上营巢,海拔2 400~4 800 m的野外高空作业攀爬危险,观察难度较大。2014年4~9月,笔者在新疆天山中段尝试用国产遥控多旋翼微型飞行器寻找和拍摄高山兀鹫巢穴,结合路线搜索法和行为扫描法,进行栖息地调查、巢数统计、巢材分析,以及窝卵(雏)数、雏鸟生长与发育、繁殖周期、食性及食物分析。在7个地点的14个巢区的调查统计表明,高山兀鹫喜欢在朝南的崖壁上集群营巢(78.6%朝南,n=112),最长的一个繁殖地绵延7.3 km,距另外一个较近的巢区约47 km。巢材以禾草为主,如早熟禾(Poa spp.)、针茅(Stipa spp.)、老芒麦(Elymus sibiricus)等,缺乏粗大枝条。高山兀鹫1~2月产卵,窝卵数为1枚(n=21),整个繁殖周期长达8~9个月(1~10月份)。 相似文献
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李小雨 肖凌云 梁旭昶 程琛 冯琛 赵翔 刘炎林 卞晓星 何兵 张常智 Justine Shanti Alexander 邢睿 黄亚慧 阿旺久美 谢然尼玛 宋大昭 黄巧雯 扎西桑俄 彭奎 尹杭 连新明 杨欣 李晟 施小刚 杨创明 吕植 《生物多样性》2019,27(9):932-517
大部分保护机构只有能力在特定种群层面上保护大型食肉动物, 而物种的灭绝风险却是在全球尺度进行评估的。因此, 要填补这一尺度断层, 多机构的工作与意见汇总非常必要。本研究综合了文献和18家中国雪豹(Panthera uncia)研究与保护机构共24位一线工作人员提供的信息, 经过两次集体讨论和填写评分表格的方式, 识别出21种威胁因素, 在全国层面和青海、西藏、新疆、四川和甘肃5个主要雪豹分布省区层面对威胁进行了排序, 并汇总了各保护机构实施的17项保护行动, 以及各项行动所应对的威胁。全国评分前三的威胁依次是基层保护部门能力不足(9.5分)、气候变化(8.0分)、当地社区保护动力不足(6.8分), 不同省区的威胁排序则体现出很大差异性。其中, 目前仍没有任何行动措施应对气候变化。虽然已有一些保护行动来应对基层保护能力不足和当地社区保护动力不足的问题, 如保护区能力建设、开展社区监测等, 但行动的覆盖尺度仍远远不够。 相似文献
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莛子藨是莛子藨属的一种多年生草本植物,主要分布在青藏高原东北部及邻近高山地区和日本,为东亚特有种。本文基于叶绿体DNA基因间隔区rbcL-accD序列,对莛子藨物种水平的序列特征、分子遗传多样性和谱系地理结构进行研究。分析结果发现该区域莛子藨种群的遗传变异主要来自于居群间(72.28%),优势单倍型(H2)广泛分布,特有单倍型分散在多个居群。居群间遗传分化系数NSTST,没有检测到显著谱系地理结构,而且居群间基因流较低(Nm=0.096),青藏高原及其邻近地区特殊地形和生态环境造成的地理隔离或者生境异质化可能是现有单倍型分布格局形成的原因。种群动态历史分析显示莛子藨经历过不显著的种群选择或者扩张事件,综合分析推测莛子藨居群应该是在间冰期或者冰期后从不同避难所扩散形成现在的分布格局,具体避难所还需进一步深入研究才能确认。 相似文献
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基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。 相似文献
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黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)隶属于伞菌目(Agaricales)口蘑科(Tricholomataceae)是一种主要分布在青藏高原的产子实体的外生菌根真菌。本研究以青藏高原黄绿卷毛菇(F.luteovirens)的23个野生居群,404个个体为研究对象,利用rDNA三个片段(ITS+5.8 s,IGS-1以及LSU)研究了青藏高原黄绿卷毛菇种內的系统发育关系。研究表明:联合序列共获得15种基因型,基因型多样性(h)的范围从0.374 3(MD)到1.000 0(DR),平均值为0.723 3。歧点分布分析走势呈现单峰曲线,表明黄绿卷毛菇居群近期经历过扩张过程。对黄绿卷毛菇基因型变异的分布模式进行验证,得到NST>GST(p<0.05),表明黄绿卷毛菇基因型之间具有显著地分子系统地理结构。分子变异分析(AMOVA)表明,黄绿卷毛菇的遗传变异主要存在于居群内部(79.17%)。基于MP树和ML树的研究发现基因型H3、H4、H5、H15首先和其他基因型分开,而在贝叶斯分析中则不存在这一分支。没有一个居群拥有特有的基因型,但是就基因型多样性地域分布格局来看,各个基因型的多样性由北向南呈明显的减少趋势。结合软件NETWORK的分析可以知道,几种主要分布在阿尼玛卿山以南的基因型都位于网路结构的边缘,说明这几种基因型是较晚形成的。本研究是对之前利用蛋白质编码基因研究的很好地补充。 相似文献
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运用扫描电镜对青藏高原地区3种茄科重要药用植物马尿泡(Przewalskia tangutica)、曼陀罗(Datura stramonium)和山莨菪(Anisodus tanguticus)18个自然居群的种子微形态进行了观察.种子的种皮纹饰在3个不同的物种之间具有显著的差异,可以分为4种类型.与山莨菪和马尿泡在植株、花、叶等形态差异较大不同,种子大小、颜色、形状及表面纹饰等在两个物种间非常相似,说明与曼陀罗属相比,山莨菪属和马尿泡属间可能具有较近的亲缘关系.结果说明种子微形态这一稳定的性状可以作为青藏高原茄科这3个属间的分类依据,具有重要的系统学意义,但是分类决策必须要包括形态学、细胞学、孢粉学、分子生物学等证据. 相似文献