生物信息学新方法鉴定乳腺癌增强子并分析其潜在功能

乳腺癌是威胁女性生命的一大危险因素。激活与癌症发生发展和细胞多能性相关的增强子或抑制维持细胞命运的增强子均可导致“细胞身份危机”,使细胞趋向去分化状态进而癌变。本研究运用新的生物信息学方法,通过深入分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库的乳腺癌全转录组测序数据,鉴定乳腺癌相关增强子并量化增强子RNA(enhancer RNA, eRNA),预测其对靶基因的调控活性,同时探讨活性异常增强子在乳腺癌发生发展过程中的潜在作用。在112对乳腺癌患者的肿瘤与癌旁组织中鉴定得到47 921个eRNAs,其中4 830个eRNAs在肿瘤和癌旁组织间存在显著的表达差异,有666个差异表达eRNA的增强子位点与已知的乳腺癌相关基因组变异位点重叠。通过计算转录因子与增强子位点结合的亲和力发现部分增强子突变位点可能导致转录因子亲和力改变,影响增强子活性及其对下游基因的表达调控。通过稀疏优化模型预测增强子与靶基因的调控关系,进一步评估异常增强子对乳腺癌相关基因表达的影响。综合上述分析,本研究提供了一种新的分析流程,系统分析了乳腺癌相关增强子,发掘了乳腺癌增强子相...     

观光木人工林生态系统碳储量及其分布格局

在生物量调查的基础上,对南亚热带27年生观光木(Tsoongiodendron odorum)人工林生态系统的碳储量及分配格局进行了研究.结果表明:观光木人工林生态系统植被层生物量为101.26 t · hm-2,乔木层生物量占86.90％;观光木的各器官碳素含量在426.5～496.9 g·kg-1,大小排序为:树干＞枝条＞枯枝＞根兜＞粗根＞树叶＞中根＞树皮＞细根.观光木人工林生态系统总碳储量为180.49 t·hm-2,其中0～80 cm土壤层碳储量是植被层的2.67倍;乔木层年净固碳量为3.07 t·hm-2·a-1,并主要以地上部分为主.     

大黄酸抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的抗菌机制

[背景]耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus,MRSA)是医院及社区常见的机会性致病菌,具有多重耐药性、高发病率和高死亡率的特点.MRSA感染已成为全球医学界的普遍难题之一.[目的]研究大黄酸对MRSA的抗菌机制.[方法]以二倍稀释法测定大黄酸...     

四川沙湾区重点药用植物资源调查研究

目的:调查研究四川沙湾区的药用植物资源,全面掌握沙湾区重点中药资源的分布以及利用现状。方法:通过野外调查和内业整理以及文献查阅工作,重新明确该地区现有的重点药用植物。结果:沙湾区内药用植物有135科527种,重点药用植物100种,其中沙湾区国家Ⅰ级野生保护植物有1种,Ⅱ级野生保护植物10种,Ⅲ级野生保护植物6种;2015年版中国药典收载的基原植物有85种,人工栽培药用植物有23种。结论:沙湾区中药资源较为丰富但利用率低,其中药材产业发展具有较大潜力,此次调查结果为沙湾区中药资源的中药材产业化发展提供新的基础数据与方向。