DNA甲基化分析方法

DNA甲基化是表观遗传学的重要研究内容之一.甲基化分析的方法多且研究难度大,各种方法都有其一定的优势和不足.本文综述了基因组DNA甲基化和特定DNA片段甲基化状态分析方法新进展,为研究者提供参考.     

长白猪×蓝塘猪及其杂种基因组甲基化片段克隆与分析

应用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术对6头长白公猪和50头蓝塘母猪及5头长白×蓝塘杂交F1代3个群体基因组DNA胞嘧啶甲基化位点进行检测,旨在克隆和分析父母代猪及其杂种F1代之间基因组DNA共同甲基化片段和差异片段,并找到其同源基因.结果显示,从MSAP条带中分离、克隆得到18条3个群体共同的甲基化片段、10条母代独有的甲基化片段和9条杂交一代独有的甲基化片段,其中有1条3个群体共有的甲基化片段通过EST拼接和电子延伸后在NCBI数据库中找到同源基因,即猪类酪氨酸蛋白激酶Lyn基因(GeneID:LOC100152890,序列号:XM_001926250).结果表明,长蓝杂交F1代与其父母代之间的基因组甲基化存在异同,为通过MSAP技术克隆猪基因组DNA甲基化片段及寻找其对应的甲基化基因提供可能,也会为将来研究这些甲基化基因表达调控机制奠定基础.     

猪脂联素基因启动子区甲基化与其mRNA表达分析

脂联素(Adiponectin)是至今发现的唯一与肥胖呈负相关的脂肪细胞特异性蛋白, 是调控生物体的能量稳态、葡萄糖代谢和脂肪代谢的脂源性细胞因子之一。生物信息学分析发现, adiponectin基因启动子区-1500~-1350 bp 是CpG位点的富集区域。为了进一步研究脂联素基因的表达调控研究, 文章从表观遗传学角度出发, 通过Real-time PCR与甲基化特异性PCR(Methylation special PCR, MSP)的方法对脂联素基因的表达及其启动子区的甲基化状况进行了分析。结果表明, 在adiponectin基因启动子区CG富集的区域(-1500~-1350 bp)中, 90日龄长白猪大多去甲基化(83%), 90日龄蓝塘猪部分去甲基化(33%), 成年蓝塘猪全是高度甲基化(100%), 成年长白猪部分去甲基化(33%)。甲基化与去甲基化过程主要发生在某些特定CpG位点。脂联素基因在猪肌肉组织中以高度甲基化状态为主, 这一结果与该基因在肌肉组织中表达量相吻合。以上结果提示, 随个体发育, 脂联素基因的甲基化状态随基因表达的波动呈现动态的过程, 表现出与基因表达量波动基本一致的波动趋势。     

粤北地区仔猪腹泻大肠杆菌分离鉴定及耐药性分析

为了解粤北地区规模化猪场仔猪腹泻大肠杆菌耐药情况,为该病防控提供用药参考,对来自6个规模化猪场疑似仔猪大肠杆菌引起的腹泻粪便和肠道内容物进行了大肠杆菌分离鉴定,对分离鉴定的40株大肠杆菌进行了药敏试验。结果表明,分离菌株对22种受试药物均产生不同程度耐药性,强力霉素和四环素耐药菌株比例最高,达到97.5%,其次是复方新诺明、庆大霉素、氯霉素和红霉素耐药菌株达到80%以上。敏感性最高的药物为丁胺卡那霉素,其次是头孢西丁,敏感菌株比例分别为85%和84.5%。试验菌株均产生不同程度多重耐药性,最少为4重耐药性,10重及以上耐药性菌株比例达到80%以上。研究表明,粤北地区仔猪腹泻大肠杆菌耐药性严重,要重视药敏监测,以指导合理选用药物防控该病。