一株兔源A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定和全基因组测序及分析

【背景】多杀性巴氏杆菌可导致猪肺疫、牛出血性败血症和兔出血性败血症等多种疾病,严重威胁多种动物畜牧养殖业的健康发展。【目的】重庆某兔场送检一批病死兔,为研究其病原和治疗方法,对病原进行了微生物分离和全基因组测序分析。【方法】从2022年重庆某兔场送检兔病料中进行细菌分离纯化、生化试验、16S rRNA基因鉴定、荚膜血清型分型、药敏试验和毒力基因检测,同时通过全基因组测序结果进行毒力、耐药基因注释和遗传进化等分子生物学信息分析。【结果】该菌为兔源A:ST74多杀性巴氏杆菌,命名为LXSS001,基因组序列上传到NCBI数据库(登录号为CP119523.1),药敏试验显示该菌对四环素、杆菌肽、复方新诺明和磺胺异恶唑耐药,对头孢噻肟、头孢哌酮和丁胺卡那等药物敏感。全基因组长度为2 480 671 bp,并注释到了58个毒力基因和9类药物的靶向抗药基因。通过联合建树表明其与3480株一致性最高。【结论】本研究完成了一株A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定和全基因组测序,并揭示了其与国内外其他分离株的进化关系,为多杀性巴氏杆菌的后续研究提供了参考依据。     

一株兔出血症病毒2型毒株的分离鉴定

[背景]我国于2020年4月突发兔出血症病毒2型(Rabbit Hemorrhagic Disease Virus 2,RHDV2)疫情,严重威胁兔养殖业和生态平衡,而且目前国内对RHDV2的病原学以及遗传特征等基础研究匮乏.[目的]分离鉴定RHDV2毒株,对分离株进行全基因测序与遗传进化分析.[方法]对成都某兔场疑似...     

林麝源支气管败血波氏杆菌FMDBb1株的分离鉴定及全基因组序列分析

【背景】呼吸系统疾病是圈养麝常见疾病之一,其中部分由支气管败血波氏杆菌引起,但目前关于林麝源支气管败血波氏杆菌的研究甚少。【目的】对分离自患病林麝鼻黏液的一株疑似支气管败血波氏杆菌进行分离鉴定和全基因组序列分析,为林麝相关疾病的防治奠定基础。【方法】将病原菌纯化培养后,通过菌落形态和生化试验初步鉴定病原菌类型,然后进行药敏试验和小鼠致病性试验以观察其耐药和毒力表型,最后对其进行全基因组测序,通过平均核苷酸一致性(Average NucleotideIdentity,ANI)比对在全基因组水平进一步评估物种间的亲缘关系,并进行基因功能注释和遗传进化分析。【结果】该病原菌经ANI分类属于经典波氏杆菌亚种,结合菌落形态和生化结果综合鉴定为支气管败血波氏杆菌,菌株命名为FMDBb1,药敏表型显示其对林可霉素、利福平及大多数β-内酰胺类抗生素耐药,对小鼠的半数致死量为8.55×106 CFU。全基因组测序显示该菌基因组大小为5 133 936 bp,基因功能注释显示其拥有强代谢能力,基因组内检测到65个经典波氏杆菌毒力因子,以及1个粉霉素和1个利福平的靶向耐药基因,同时发现19个插入序列和1个噬...     

ABCA1胞外第四环缺失突变体的构建及其抗砷性初步研究

目的：构建ABCA1细胞外第四环第1 479～1 597位氨基酸残基缺失的突变体。方法：采用重叠区扩增基因拼接法构建ABCA1第1 479～1 597位氨基酸残基缺失的突变体基因,并将其克隆至pcDNA3.1/V5-His/ABCA1重组载体上,脂质体法转染Hela细胞,激光共聚焦观察突变体定位,Cell Counting Kit-8(CCK-8)试剂盒检测其48h急性砷中毒后生存率的变化。结果：该突变体基因经DNA序列分析表明其具有正确的序列和阅读框。激光共聚焦证实其表达的蛋白仍然能正确定位在Hela细胞的细胞膜上。CCK-8结果显示转染重组质粒和突变体质粒的细胞在各种砷浓度下生存率都较空载体组高。结论：成功构建了ABCA1胞外第四环第1 479～1 597位氨基酸残基缺失的突变体,且其表达的蛋白仍然定位于细胞膜上,突变体仍然具有一定的抗砷性,提示ABCA1胞外第四环可能不是关键抗砷结构域。     

一株撕裂蜡孔菌的分离培养及其系统发育分析

目的:分离出一株撕裂蜡孔菌(Ceriporia lacerata),通过PDAY培养基培养后,进行了培养特性及系统发育分析.方法:PDAY培养基培养菌丝体,电镜扣描获得菌丝微观形态,利用分子生物学方法对其rRNA基因内转录间区(ITS区)进行了克隆测序,与Genbank中已有的有关序列进行比较.结果:其ITS区与撕裂蜡孔菌同源率为98.8%～100%,属于一单独分支中,与白囊耙齿菌(Irpex lacteus)、射脉菌(Phlebia albida)及齿白木层孔菌(Leucophellinus irpicoides)的同源率为83.7%、81.2%及83.5%.结论:形态结果及分子鉴定表明撕裂蜡孔菌(Ceriporia lacerata)培养成功,菌丝体的获得为进一步开发利用提供了依据.     

林麝源蜡样芽孢杆菌SCBCM001株的分离鉴定及全基因组序列分析

【背景】细菌性疾病是林麝规模化养殖的重要制约因素,蜡样芽孢杆菌曾在林麝化脓灶中检出,但是目前对林麝源蜡样芽孢杆菌的研究报道很少。【目的】对分离自病死林麝肝脏中的一株疑似蜡样芽孢杆菌进行分离鉴定和全基因组序列分析,为林麝相关疾病的防治奠定基础。【方法】将病原菌纯化培养后,对病原菌进行生化试验、药敏试验和小鼠致病性试验;并通过第3代单分子测序技术进行全基因组测序,根据测序结果进一步评估物种间的亲缘关系,并进行基因功能注释和遗传进化分析。【结果】该病原菌经平均核苷酸相似度分类和系统发育树分析属于蜡样芽孢杆菌群,生化结果符合蜡样芽孢杆菌的一般特征,将分离菌株命名为SCBCM001。该菌株对小鼠的半数致死量为8.3×107 CFU,对大多数β-内酰胺类、四环素和磺胺异噁唑耐药,对氨基糖苷类、头孢氨苄、头孢哌酮和亚胺培南等药物敏感;全基因组测序结果表明该菌株的染色体大小为5292570bp,GC含量为35.37%,多位点序列分型显示该菌株属于ST427序列类型。在菌株SCBCM001基因组内发现hblA、hblC、hblD、nheA、nheB、clo和cytK等多种毒力因子,同时菌株携带对β-内酰...     

萌发前处理和种子大小对瓜拉那(Paullinia cupana var.sorbilis)种子萌发的影响

为了增加对瓜拉那(Paullinia cupana var.sorbilis)种子萌发特性的了解,寻求提高瓜拉那种子萌发的最佳条件,本研究用控制实验,研究了瓜拉那种子去/不去假种皮、不同种子大小和酸处理下的萌发行为.结果表明,去假种皮且酸处理的大种子发芽率最高,为100%;不去假种皮且无酸处理的小种子基本不萌发;去假种皮种子发芽率显著高于未去假种皮种子;种子大小对萌发率有显著影响,大种子比小种子趋于有更高的萌发率;酸处理能进一步提高去假种皮种子萌发率.     

高寒草甸不同生境类型植物群落的α及β多样性研究

用比较样地法调查了青藏高原东缘高寒草甸不同生境 阴坡、滩地、阳坡 植物群落的α及β多样性特征.结果表明?1各种α多样性指数均显示高寒草甸不同生境植物群落多样性顺序为?阴坡>滩地>阳坡.2各种α多样性指数之间均呈正相关,高寒草甸植物群落多样性更多地受均匀度的影响.3在高寒草甸,用物种盖度和地上生物量作为测定指标计算的群落α多样性所得的结果优于用株数作为测定指标计算的结果.4当生境由阴坡向滩地、由滩地向阳坡变化时,β多样性表现出由低到高,再由高到低的趋势,这表明在土壤湿度和日照时间适中时环境异质性大,物种替代速率比较快,β多样性较高.     

产纳豆激酶菌株Bacillus sp.ZLK08的分离及酶纯化

获得稳定产纳豆激酶菌株,为高酶活纳豆激酶产生菌的改造奠定基础.取各来源纳豆,用平板梯度稀释法分离菌株,测定菌株酶活,利用16S rDNA鉴定产酶菌株,凝胶过滤法纯化纳豆激酶并SDS-PAGE检测分析.成功获得稳定产酶芽胞杆菌Bacillus sp.ZLK08,16S rDNA分析表明其与GenBank中序列同源率达到99％,液体发酵表明酶活达到2.5 FU/mL,经纯化,SDS-PAGE表明纳豆激酶分子量为28.46 ku.分离出的Bacillus sp.ZLK08菌株能稳定产纳豆激酶且具有较高酶活.