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为鉴定此次安徽省境外输入新型冠状病毒的分子特征,本研究对两例病例进行了高通量测序和基因组序列分析。高通量测序获得两株病毒的基因组全长分别为29 858nt和29 858nt,利用NextStrain和2019新型冠状病毒信息库(https://ngdc.cncb.ac.cn/ncov/)在线分析对两例毒株全基因组核苷酸和氨基酸变异位点进行分析。将全基因组序列上传到(https://pangolin.cog-uk.io)和(https://clades.nextstrain.org/)网站,通过在线网站分析结果显示,两株病毒均为B.1.617.2变异株(Delta),NextStrain进化分析为21A。两株毒株分别发现了49和48个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点分别有35和34个,其中存在相同的7个同义突变。两株病毒主要在ORF7a基因上C27527T(P45L)的突变不同。这是安徽省首次发现境外输入的B.1.617.2变异株(Delta株)此变异株存在引发本地的流行和爆发的风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。 相似文献
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为了解安徽省2016-2020年手足口病(Hand, foot and mouth disease,HFMD)流行特征与病原谱构成,及分析CVA6(Coxsackievirus A6, CVA6)VP1区基因进化情况。本研究收集2016-2020年安徽省HFMD病例流行病学资料,描述性流行病学方法分析病例三间分布情况。随机选取480份HFMD其他肠道病毒阳性咽拭子样本,RT-PCR扩增肠道病毒VP1基因片段,测定基因序列并鉴定其他肠道病毒基因型别。生物软件分析部分代表性CVA6基因序列相似性并构建系统发育树。流行病学结果显示,2016-2020年安徽省HFMD发病率仍处于较高水平,但重症病例与死亡病例数有所减少,5个年度均以其他肠道病毒流行为主,五岁以下散居儿童为主要患病人群,男女性别比为1.50∶1。2016-2019年度发病均呈现为双峰流行模式。病原分型鉴定结果为CVA6 215例(215/245,87.76%),CVA1016例(16/245,6.53%),CVA412例(12/245,4.90%),CVA51例(1/245,0.41%),CVA21例(1/245,0.41%)。... 相似文献
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