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报道了短尾蝮蛇Gloydius brevicaudus干扰素调节因子2基因(IRF-2)的克隆和cDNA全序列测定分析.目前除在爬行类外,IRF-2基因在大部分的脊椎动物如鱼类、两栖类、鸟类和哺乳类都有报道.为了获得爬行类IRF-2基因的全序列,从短尾蝮蛇的肾、脾、肝和肠4种组织中使用Trizol试剂盒提取了总RNA.从已知的IRF-2基因序列比对设计了简并引物来扩增保守片段.最后使用RACE方法得到IRF-2的cDNA全序列.结果 显示短尾蝮蛇的IRF-2基因开放阅读框包含有978个核苷酸,编码326个氨基酸,其3′UTR包含137个核苷酸.与脊椎动物其他四足动物序列比对分析还发现,短尾蝮蛇的IRF-2基因和推导的氨基酸序列都非常保守,与大部分四足动物的IRF-2相似.从其氨基酸序列中可以辨别出DBD、IDA2和transactivating domain等大部分元件和阻遏模体. 相似文献
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基于线粒体COⅠ基因的沙鳅亚科鱼类DNA条形码及其分子系统发育研究 总被引:1,自引:0,他引:1
选择线粒体COⅠ基因作为分子标记,进行沙鳅亚科鱼类(Botiinae)DNA条形码及其分子系统发育研究。研究获得了沙鳅亚科7属19种共131个个体的COⅠ基因序列,利用MEGA5.0软件分析了沙鳅亚科鱼类COⅠ基因的序列特征,计算了种内及种间遗传距离。沙鳅亚科鱼类的分子系统发育关系的重建分别采用NJ法和Bayesian法。研究发现,沙鳅亚科COⅠ基因的碱基组成为: A 24.4%、T 29.5%、G 18.0%、C 28.1%。沙鳅亚科鱼类种内平均遗传距离为0.0020.000,种间平均遗传距离为0.1480.008。DNA条形码研究结果显示,所分析的19种沙鳅鱼类各自分别聚成单系分支,表明COⅠ基因在本研究中具有100%的物种鉴别率。同时,系统发育分析支持各属的单系性,并且结果显示沙鳅亚科鱼类聚为两个分支,其中一支由薄鳅属和副沙鳅属构成,另一分支则包括: (沙鳅属、色鳅属)和 中华沙鳅属、(缨须鳅属、安彦鳅属)。因此,COⅠ基因可以作为有效的分子标记对沙鳅亚科进行DNA条形码研究以及分子系统发育研究。
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中国科学院水生生物研究所(以下简称“水生所”)是研究内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用的综合性学术机构。自20世纪50年代开始,水生所科研人员率先有计划地针对全国主要水体开展了实地科学考察,产生了大量的水生生物原始生态学数据;随着显微拍照和测序技术的进步,调查还产生了各种浮游生物显微照片和大量的遗传数据。这些数据为水生态监测服务系统和数据库的构建提供了数据支持,有助于推进水生生物学研究的发展。此外,面向国家在水环境保护、渔业可持续发展方面的重大战略需求,中国科学院水生生物研究所科学数据中心(以下简称水生所科学数据中心)(http://sdb.ihb.ac.cn/)聚焦科学数据标准规范、安全可控和开放共享,对上述科学数据进行收集保存、汇交整合、分级管理和分析挖掘,以期为生态环境保护与生物资源保护利用等领域的基础性、战略性和前瞻性的科学研究和技术创新服务。 相似文献
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利用气相色谱/质谱联用分析林麝麝香中麝香酮和甾类成分 总被引:1,自引:0,他引:1
采用气相色谱/质谱(GC/MS)联用的方法,对林麝麝香中的甾体成分进行分析,确定了林麝麝香样品含有多种甾体成分的结构,并分析了不同来源的林麝麝香的麝香酮及甾体成分.通过检索NIST05质谱库,进一步确定了麝香中含有16种甾体成分.利用外标法、标准曲线法同时测定了麝香样品中3种甾类成分(胆固醇、苯胆烷醇酮及麝香酮)的含量,麝香酮的定量分析显示所有样品麝香中麝香酮含量均较高(30.1~45.2 mg/g),但甾类成分含量波动较大.聚类分析显示,9个麝香样品聚为两支.利用GC/MS技术检测麝香成分的方法,可以提供麝香较为全面的甾类信息,可高效准确地对麝香进行质量分析. 相似文献
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线粒体D-loop序列变异与东方鲀属鱼类系统发育 总被引:2,自引:0,他引:2
东方鲀属的红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是后基因组时代的一种重要模式生物。本研究中,利用东方鲀属11种鱼类(18尾)的D-loop基因序列,对东方鲀属鱼类的系统发育关系进行研究。经序列比对排定后,分析中D-loop序列有841个位点,其中395个位点为可变位点,267个位点为系统发育信息位点。分别采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯方法构建了分子系统树。研究结果表明:(1)东方鲀属鱼类为一单系类群;(2)由横纹东方鲀(T. oblongus)和铅点东方鲀(T. alboplumbeus)构成的姊妹群位于这个类群的基部。此外,本属鱼类物种分类现状还需要进一步的澄清。 相似文献
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鲤科鱼类在东亚分布广泛且数量丰富, 在物种演化上具有重要的系统发育地位. 本研究基于S6K1基因5′端功能调控序列, 通过PCR扩增、克隆和测序, 共获得30种鱼类S6K1 前端部分DNA序列(外显子1, 外显子2及内含子1), 对序列变异进行分析, 并采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(Bayesian)重建鲤科鱼类系统发育关系. 亚口鱼科的胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)作为外类群, 通过4种方法所得系统发育分支图大致相同, 均以较高的节点支持率支持雅罗鱼系和鲃系的划分, 雅罗鱼系包括雅罗鱼亚科东亚类群(East Asian group in Leuciscinae)、鲢亚科(Hypophthalmichthyinae)、鲴亚科(Xenocyprinae)、鲌亚科(Cultrinae)、相似文献
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鱼类中IRF-1基因的克隆测序目前仅局限于辐鳍鱼类1,2,而在软骨鱼类中未见报道。IRF-1是干扰素调节因子家族的成员之一3。除作为干扰素的转录调节因子外4,还具有其他功能5-10。作为天然免疫重要的调节因子其基因在哺乳类中得到了广泛的克隆和分析。IRF-1与其他家族成员一样,在氨基末端前115个氨基酸都具较高同源性,具有色氨酸重复特征且包围在DNA绑定域周围。
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