BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

最大等速离心运动诱发肌肉损伤程度与肌酸激酶水平的关系

为探讨人体进行最大等速离心运动(ECC)诱发血液肌酸激酶(CK)水平变化、血清肌酸激酶水平与肌肉损伤(EIMD)的关系,本研究筛选出150名"缺乏运动"的健康大学生为受试者,进行血样采集,进行前测包括血清肌酸激酶(CK)、最大等长肌力(MVC)、肘关节活动角度(ROM)、上臂围(CIR)、肌肉感受(VAS)。受试者进行5组×12次最大等速离心运动,运动后恢复期,将全部受试者血清肌酸激酶值进行排序:血清肌酸激酶值最高和最低20%样本,高肌酸激酶水平组(HCK组)和低肌酸激酶水平组(low LCK组),利用SPSS18.0统计学软件,以方差分析和多元回归分析进行统计分析。本研究发现全部受试者、高肌酸激酶水平组、低肌酸激酶水平组在最大等速离心运动后各评估指标均显著高于比前测结果,p<0.05。全部受试者、高肌酸激酶水平组受试者在最大等速离心运动后各指标变化皆明显大于低肌酸激酶水平组受试者,p<0.05。受试者血清肌酸激酶峰值与最大等长肌力、肘关节活动角度、上臂围、肌肉感受最大变化值有相关,p<0.05。本研究认为肌肉损伤程度与肌酸激酶水平具有显著相关,尤其高血清肌酸激酶水平者肌酸激酶水平较大程度反映肌肉损伤程度趋势。本研究表明,肘关节活动角度、上臂围具有预测肌酸激酶峰值的效果。     

早期肠内营养联合肠外营养对食管癌患者术后营养状况及生活质量的影响

目的：探讨肠内营养联合肠外营养对食管癌术后患者免疫功能、营养状况的影响,并观察其对临床结局和生活质量的影响。方法：选取2015年5月—2018年3月就诊于我院确诊为食管癌行食管癌根治术的患者106例,按照随机数字表法分为试验组和对照组,每组患者53例,对照组患者术后行单纯肠外营养（TPN组）7d,观察组患者术后行肠内营养联合肠外营养（EEN+PN组）7d,对两组患者行营养支持期间的免疫学指标［淋巴细胞计数（LYM）、免疫球蛋白 A（lgA）、免疫球蛋白M（lgM）、免疫球蛋白G（lgG）］、营养指标（白蛋白、转铁蛋白、前白蛋白）、住院情况（肛门排气时间、排便时间、术后住院时间以及住院费用）以及并发症等情况进行比较。结果：（1）两组患者营养治疗后免疫学指标（LYM 、lgA、lgA及lgG）较前均有所改善,且试验组改善程度显著高于对照组;（2）两组患者营养治疗后其营养学指标（白蛋白、前白蛋白、转铁蛋白）较前均有所提高,试验组患者营养学指标显著高于对照组;（3）试验组患者首次肛门排气时间、排便时间、术后住院时间较对照组明显缩短,试验组患者住院费用显著低于对照组;（4）两组患者营养支持期间并发症发生率之间差异不显著。结论：早期肠内营养联合肠外营养能够提高患者围术期的免疫功能,改善术后营养状况,促进疾病的康复,提高患者的生活质量。     

热带普通小球藻培养模式的筛选及其培养基的优化

【背景】从海南热带海区中分离得到一株微藻,其生长速度快、适应力强,经鉴定该微藻为普通小球藻。【目的】提高热带普通小球藻的生长速率。【方法】以"宁波大学3#微藻培养液配方"为基础培养液,分别添加有机碳(C6H12O6和CH3COONa)对热带普通小球藻进行自养、兼养及异养培养,获得促进热带普通小球藻快速生长的培养方式。在"宁波大学3#微藻培养液配方"的基础上对热带普通小球藻的兼养培养基配方进行优化,并用优化兼养培养基与"宁波大学3#微藻培养基"对比培养热带普通小球藻。【结果】添加6 g/L CH3COONa的兼养模式促进热带普通小球藻生长效果最好;优化的兼养培养基配方为:6 g/L CH3COONa,20 mg/L(NH4)2SO4-N,5 mg/L Na H2PO4-P,3 mg/L Fe SO4-Fe,1 mg/L Vitamin B1和0.000 5 mg/L Vitamin B12。对比培养实验结果显示,培养第6天,兼养培养液收获的生物量(细胞密度)达4.20×107 cells/m L,是"宁波大学3#配方微藻培养液"的2.30倍。【结论】兼养培养模式为热带普通小球藻的最佳培养模式,优化的兼养培养基极显著地提高了热带普通小球藻的生物量(P0.01)。     

饥饿处理对鳙鱼形态和肌肉营养成分的影响分析

为了研究饥饿处理对鳙鱼肌肉品质的影响,在水温(21.5±1)℃条件下研究了循环水养殖系统中饥饿0 (S0)、5 d (S5)、10 d (S10)、15 d (S15)、20 d (S20)和25 d (S25)对商品规格鳙鱼(平均体质量(1 396.61±87.55) g)形态学、肌肉生化组成、氨基酸和脂肪酸含量的影响。结果显示:随饥饿时间延长,肥满度、脏体比和肝体比呈逐渐降低趋势,肌肉组织中水分和灰分则呈现逐渐升高趋势,粗蛋白和粗脂肪百分含量随饥饿时间延续而降低;S25组组氨酸含量与S0组相比降低17.73%,S25组脯氨酸含量比S0组升高53.81%,组间差异显著;饥饿造成脂肪酸含量降低,与S0组相比S25组SFA降幅58.16%,MUFA降幅79.29%,PUFA降幅28.93%。研究结果表明通过饥饿处理程序可以有效提升鳙鱼肌肉品质。     

模拟垂直流人工湿地不同木本植物根际细菌群落特征

为探讨植物种类对人工湿地中根际细菌群落结构特征分布的影响,以7种木本植物细叶水团花(Adina rubella)、南川柳(Salix rosthornii)、白棠子(Callicarpa dichotoma)、夹竹桃(Nerium oleander)、木芙蓉(Hibiscus mutabilis)、水蜡(Ligustrum obtusifolium)、大叶女贞(Ligustrum lucidum)为研究对象,运用16S rRNA细菌高通量测序技术,探究垂直流人工湿地木本植物根际微生物群落结构及其主要功能类群。结果表明:细叶水团花、水蜡根际菌群的多样性、丰富度与均匀度均高于其他5种植物,其根系能够更好地富集微生物。门水平上,变形菌门、厚壁菌门是木本植物平均相对丰度较高的门,其次为绿弯菌门、放线菌门和蓝藻门;属水平上,乳杆菌属、片球菌属、地杆菌属为木本植物的共有优势菌属;大叶女贞、白棠子、夹竹桃菌落组成差异显著,乳杆菌属、片球菌属、乳球菌属是引起7种木本植物样本间菌落差异的关键物种; 7种木本植物根际硝化功能菌属丰度普遍较低,相对丰度范围为0.11%—1.06%;反硝化功能菌属的相对丰度范...     

ART患者早期流产组织染色体异常及相关因素分析

目的:分析ART患者早期流产组织染色体异常及其相关影响因素。方法:回顾性分析2013-2017年ART患者行早期流产组织染色体检查的409例样本,分析胚胎染色体非整倍性发生及其与女方年龄、不孕年限、不孕因素、促排卵指标之间的关系。结果:ART流产患者中,流产组织染色体非整倍性发生率为57.46%,发生频次以16三体占比最高(23.95%),其次是22三体(13.45%)及Turner(9.24%)。流产组织染色体非整倍性患者平均年龄高于染色体整倍性患者(P0.001)。16三体组患者年龄低于22三体(P0.01)及Turner组(P0.05)。16三体组患者平均Gn使用量低于22三体组(P0.05)。16三体组患者移植15天血HCG值低于22三体(P0.05)及Turner组(P0.01)。结论:ART患者流产组织染色体非整倍性与女方年龄正相关,但16三体及Turner的发生与女方年龄相关性不大,且16三体更容易引发早期流产。     

儿童慢性腹泻病因分析

目的探讨儿童慢性腹泻的病因,以提高临床诊治水平。方法选择2005年12月至2010年12月在重庆医科大学附属儿童医院住院的141例慢性腹泻患儿为研究对象,对患儿的临床资料进行回顾性分析。结果本组病例中常见致病因素依次为过敏因素46.2%(24/52)、肠道内感染28.4%(40/141)、乳糖不耐受28.3%(26/92)。共109例明确病因诊断,55.1%(60/109)为多因素共同致病,以肠道内感染合并继发乳糖不耐受,过敏合并继发乳糖不耐受,免疫缺陷合并肠道内感染多见。前4位主要病因诊断为感染性腹泻(24.1%)、过敏性腹泻(17.0%)、乳糖不耐受(7.1%)、炎症性肠病(6.4%)。结论除肠道内感染外,过敏因素、乳糖不耐受等也是儿童慢性腹泻常见致病因素。儿童慢性腹泻常由多因素共同致病,主要病因除感染性腹泻外,过敏性腹泻、乳糖不耐受、炎症性肠病等也是常见病因。儿童慢性腹泻重在病因诊断,针对病因治疗。     

浙江省极小种群植物日本荚蒾研究进展

日本荚蒾[Viburnum japonicum(Thunb.)Sprengel]为东亚海岛特有野生植物,具有极高的科学研究与开发利用价值.但由于自然分布狭窄和种群数量稀少,已成为极小种群保护物种,并被列入浙江省首批重点保护野生植物名录.通过实地调查与文献梳理,系统回顾了该物种在地理分布与资源概况、分子系统发育与群体遗传...     

石斑鱼工厂化育苗水体浮游原生动物种群增长与生产量

设计二种石斑鱼工厂化育苗方法,测定水体的浮游原生动物种类组成、生物量,采用原位测定法研究水体原生动物的种群增长和生产量。结果表明:加菌组出现原生动物13种,总密度87.3×103ind.L-1,总生物量502.9mg.m-3,生物量较大的种类有阔口游仆虫(Euplotes eurystoma)、叶鞭虫(Phyllomitussp.)、旋回侠盗虫(Strobilidium gyrans)、尖毛虫(Oxytrichasp.)等;加藻组出现原生动物9种,总密度60.8×103ind.L-1,总生物量70.3mg.m-3,生物量较大的种类有尖毛虫、旋回侠盗虫、叶鞭虫等。加菌组种群增长率较高的种类有拟急游虫(Strombidinopsissp.)0.0578、弹跳虫(Halteriasp.)0.0493、周毛虫(Cyclidium litomesum)0.0405、太阳虫(Actinophryssp.)0.0383、中缢虫(Mesodimiumsp.)0.0373;加藻组种群率增长较高的种类有匕口虫(Lacrymariasp.)0.0153、旋回侠盗虫0.0144、急游虫(Strombidiumsp.)0.0117、叶...