冷冻电镜密度图可视化软件VAT4M

基于冷冻电镜三维密度图的特征分析,研究开发了冷冻电镜密度图可视化软件VAT4M(Visual Analysis Tools for Macro-Molecule Map and Model),实现了对三维冷冻电镜密度图的可视化分析,其主要功能包括密度图和分子模型的可视化、密度图的分割和晶体结构在密度图中的匹配。在可视化方面,在实现等值面可视化方法的同时还实现了体绘制可视化模式。对于结构分析,VAT4M提供了自动分割工具,和所见即所得的分割浏览器。同时,VAT4M还提供了极值吸收法与梯度法相结合的自动匹配方法,而且,对于具有对称性的密度图,可根据一个亚基的匹配结果,迅速得到其准原子模型。最后给出了若干应用实例。实验表明,本平台对冷冻电镜密度数据具有良好的可视与分析功能。