PhageGT：dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。     

农用抗生素产生菌105N_1的研究

我们从1977年开始,进行了防治麦类赤霉病的农用抗生素筛选工作。经过包括盆栽和大田小区防治试验,得到一株效果显著的链霉菌,编号为105N_1。现将该菌株的生物学特征及对     

大中山自然保护区种子植物区系研究

云南省大中山自然保护区有种子植物749种,隶属于137科396属。区系成分中,世界分布33属,占全部总属数的8.33%;热带分布206属,占除世界分布属以外的56.75%(下同),温带分布148属,占40.77%,中国特有9属,占2.48%。该地区植物种类丰富,种子植物区系起源古老,地理成分复杂,具有明显的亚热带特性。从区系成分和植物类群多样性所占比例上看,是一个需要重点保护的区域。     

毛竹基因组大小和序列构成的比较分析

毛竹(P. pubescens)是世界重要的竹类植物之一, 是中国分布范围最广、种植面积最大(占全国竹林总面积的2/3以上)、经济价值最高的竹种. 毛竹属于禾本科, 为四倍体(4x = 48), 是该科中特殊的草本植物. 禾本科中多个基因组已被或正在被测序, 但竹类植物基因组研究还未见报 道. 本研究以被测序的玉米(B73)和水稻(日本晴) 基因组作为内参, 利用流式细胞仪(FCM)获得大小约为2034 Mb毛竹基因组, 其与玉米基因组大小相仿, 远大于水稻基因组. 为了明确毛竹基因组是否与玉米基因组一样由大量重复序列组成, 进行了毛竹基因组随机测序, 获得近1000条基因组调查序列(GSS). 序列分析表明, 毛竹基因组的重复序列组成比例23.3%, 明显低于玉米(65.7%); 其重复序列主要由Ty1/Copia和Gypsy/DIRS1 2类LTR逆转座子(14.7%)构成, DNA转座子和其他重复序列比例均较低. 但由于测序数量等原因,该结果还有待今后更大规模的基因组测序分析. 本研究对毛竹和其他竹种的基因组学研究提供了一些有价值的基础数据, 同时该研究是第一次对竹类植物基因组的序列构成进行了初步描述.     

人类活动影响下新疆生态环境的一些变化

人类活动引起的新疆生态环境变化主要有以下几方面:1.河流流程缩短,河水矿化度和泥沙含量增加;2.湖泊水位下降,湖面缩小或变干,湖水矿化度升高;3.森林破坏,面积缩小;4.草场的产草量降低,牧草质量下降; 5.土壤次生盐渍化、沼泽化和肥力下降;6.土地沙漠化不断扩大。     

应用改进的多聚组氨酸标签T7表达载体构建肺癌cDNA文库

应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便. 为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位点的3′端引入6聚组氨酸筛选标签,经包装后挑取成功表达的单克隆构建肺癌cDNA文库. 经镍柱亲和层析后,收集文库中表达组氨酸的克隆,利用化学发光免疫试验进行筛选效果鉴定. 结果显示,改造的新型载体可成功表达组氨酸标签,以此构建的肺癌cDNA文库经筛选后,含ORF插入的克隆由筛前的6 %提高至70 %,本研究为提高cDNA文库的质量提供了一种简便可行的方法.     

浙江莫干山鸟类区系初步研究

１９８５－１９９３年在浙江莫干山进行鸟类调查，共得鸟类１０９种，隶属１４目３２科，７４种鸟类为该区首次记录。留鸟５９（５４．１３％），夏候鸟１８种（１６．５１％），冬候鸟２５种（２２．９４％），旅鸟７种（６．４２％）。其中森林灌丛鸟类７４种（６７．８９％），平原田野鸟类２０种（１８．３５％），沼泽水域鸟类１５种（１３．７６％）。从地理型分析，东洋界鸟类５９种（５４．１３％），古北界鸟类４５种（４１     

植物microRNAs在植物发育和非生物胁迫响应中的作用

microRNAs(miRNAs)是一类内源的长度约为22个核苷酸的非编码小分子RNA,其通过对靶基因mRNA进行切割或翻译抑制调节mRNA的表达,在植物中起到重要的作用.主要介绍了植物miRNAs的特征、合成和作用机制,综述了miRNAs在植物生长发育和非生物胁迫响应中的作用.     

应用TDI-FP技术分析宫颈癌组织HPV16 E7基因A647G点突变

模板指导的末端碱基掺入反应结合荧光偏振检测技术(template direct dye-terminator incorporation with fluorescence- polarization,TDI-FP) 是SNP检测新技术. 应用TDI-FP方法分析中国陕西HPV16阳性宫颈组织HPV16 E7基因第647位核苷酸A→G热点突变(即A647G),首先在HPV16阳性的91例宫颈癌及49例正常/宫颈炎妇女宫颈DNA标本中,PCR扩增含647位点在内的HPV16 E7部分基因, 然后将紧邻647位点5′端的寡核苷酸探针与PCR产物内的模板杂交,并延伸一个与647位点碱基互补的荧光标记碱基：TAMRA-ddTTP或R110-ddCTP. 用荧光偏振仪读取荧光偏振 (FP) 值,根据升高的相应FP值判断647位点碱基. 结果表明,宫颈组织HPV16 E7 A647G的总体检出率为35.71% (50/140). 宫颈癌组的A→G突变率为42.86% (39/91),显著高于正常/宫颈炎组22.45% (11/49) 的突变率 (x2 = 5.778, P = 0.016),两组间的OR值为2.59 (95% CI = 1.17~5.71). 提示TDI-FP 可用于HPV有意义点突变的分析;我国陕西地区妇女HPV 16 A647G突变率及其对宫颈癌的警示性与其他地区相比有明显差异,该地区携带此突变病毒株的妇女患宫颈癌的风险可能较高     

小型猪急性心肌梗死后心力衰竭模型的构建

目的应用选择性冠状动脉前降支(LAD)球囊闭塞结合微血栓微球混悬液灌注方法造成心肌缺血坏死,探索建立稳定存活的小型猪急性心肌梗死(AMI)后心力衰竭(HF)动物模型。方法选择中国五指山小型猪18头,行冠脉造影后沿血管送球囊至LAD中段,依次扩张球囊阻断前向血流1、2、5 min,每次间隔60 s,然后扩张球囊堵闭血流120 min。再以4F导管超选LAD,行微血栓微球混悬液分次注入,间隔10 min重复注射,TIMI心肌灌注分级(TMPG)2级和左室舒张末压(LVEDP)15 mm Hg时停止注射,同时监测心电图及应用漂浮导管监测有创血流动力学参数。并行pigtail导管测量(LVEDP)的变化,待LVEDP稳定在15~18 mm Hg之间后结扎血管,并加压包扎。监测心肌坏死标志物(cTnI和CK-MB)变化。分别于制模前,制模后第1天、7天、14天行心脏超声检查,制模第14天复查有创血流动力学检查,并行心脏病理检查,认定和评价模型的成功率、稳定性和可重复性。结果制模14 d后共有15头小型猪成活,心电图、心肌坏死标记物、病理检查均符合AMI病理生理过程。其中14头小型猪达到动物模型标准【肺毛细血管楔压(PCWP)18 mmHg和心输出量(CO)下降30%以上】,模型成功率为77.78%。制模后第14天PCWP明显升高(P0.01),CO平均下降50.76%;左室射血分数(LVEF)明显降低(P0.01)。病理检查显示心肌梗死面积占左心室面积的25.4%~34.9%。结论球囊闭塞结合微血栓微球混悬液灌注构建小型猪急性心肌梗死后心力衰竭模型具有闭胸、高成功率、稳定和重复性好等优点,较药物、冠状动脉结扎和起搏诱导的心力衰竭模型更接近临床病理生理学特点。