马铃薯StDof5的克隆及表达分析

【目的】DNA binding with one finger(Dof)基因家族是植物特有的转录因子在植物生长发育和胁迫响应中发挥重要作用。研究Dof转录因子在马铃薯响应逆境胁迫特别是盐胁迫中的功能与机制,为获得抗盐逆境胁迫新品种提供一定的理论和技术基础。【方法】克隆StDof5,并对其进行生物信息学分析,通过同源重组的方法构建StDof5过表达载体,转化马铃薯得到阳性植株,并对其表达进行分析。【结果】StDof5的CDS全长498 bp,编码165个氨基酸,分子式为C800H1236N242O246S9,StDof5原子个数2 533个,相对分子量为18 468.63 kD,等电点是8.47,脂肪族指数为51.45,不稳定系数为45.16,预测该蛋白为不稳定蛋白。预测得到的跨膜螺旋个数为0,其属于非跨膜蛋白。StDof5蛋白亲水性平均值为-0.876,预测该蛋白属于亲水性蛋白。StDof5蛋白二级结构预测结果显示α螺旋占20%,β转角占0,延长链占9.7%,无规卷曲占66.06%。盐胁迫表型试验表明,过表达植株（OPs）比野生型（DES）的株高、鲜重均有明显程度上升,但根长、根数和叶...     

重寄生枝孢菌SYC63中MYB转录因子鉴定及分析

【背景】V-myb禽成髓细胞瘤病毒癌基因同源物(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog, MYB)转录因子广泛存在于真菌中,在真菌的胁迫响应与致病性中发挥重要功能。枝孢菌(Cladosporium sp.)作为一类对锈菌有重寄生作用的真菌,具有极高的生防潜力,然而有关其MYB转录因子尚未见报道,对其MYB家族转录因子进行鉴定和表达分析,有助于理解枝孢菌在重寄生过程中发挥的作用。【目的】了解重寄生枝孢菌(Cladosporium cladosporioides) SYC63菌株中MYB转录因子家族种类数目及在重寄生过程中发挥的作用。【方法】利用生物信息学方法对其基本特性进行预测,并结合锈孢子诱导下的表达情况进行分析。【结果】枝孢菌SYC63中包含22个MYB转录因子家族基因,所有MYB转录因子均含有SANT结构域,分子量为28.26-239.05 kDa,等电点(isoelectric point, pI)为4.57-10.15,均为亲水蛋白;大多定位在细胞核,共有1R-MYB和2R-MYB两类,均含有响应病原菌的启动子结合位点...     

一株重寄生枝孢菌的基因组测序及重寄生机制分析

【背景】枝孢菌SYC63是一株具有重寄生作用和抗菌活性的潜在生防菌株,目前尚无研究报道该菌株的全基因组序列,因此限制了其开发与利用。对该菌株进行基因组测序与分析,将进一步了解其重寄生的分子机制,为其在生物防治上的应用奠定研究基础。【目的】解析枝孢菌SYC63基因组序列信息,初步探究该菌的重寄生作用机制。【方法】利用二代高通量测序平台对枝孢菌SYC63进行全基因组测序,运用相关软件对其测序数据进行基因组组装、基因功能注释、预测次级代谢产物合成基因簇并分析重寄生相关的碳水化合物酶类基因等。【结果】基因组组装后共得到17个contigs,总长度为31 912 211 bp,GC含量为52.80%,预测到12 327个编码基因。其中,4 029、949和6 595个基因分别能在KEGG、COG和GO数据库中被注释到,同时还预测到25个次级代谢产物合成基因簇。对重寄生机制相关的碳水化合物酶类进行分析并与重寄生菌株(拟盘多毛孢菌、木霉及盾壳霉)比较,发现该菌具有较多的糖苷水解酶和糖脂酶基因,而且细胞壁降解酶类基因经锈菌孢子壁处理后在转录组测序中显著上调表达,初步分析了该菌与重寄生木霉在分子水平上的...