安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本...     

安徽省境外输入新冠病毒Delta变异株的首次发现与鉴定

为鉴定此次安徽省境外输入新型冠状病毒的分子特征,本研究对两例病例进行了高通量测序和基因组序列分析。高通量测序获得两株病毒的基因组全长分别为29 858nt和29 858nt,利用NextStrain和2019新型冠状病毒信息库（https：//ngdc.cncb.ac.cn/ncov/）在线分析对两例毒株全基因组核苷酸和氨基酸变异位点进行分析。将全基因组序列上传到（https：//pangolin.cog-uk.io）和（https：//clades.nextstrain.org/）网站,通过在线网站分析结果显示,两株病毒均为B.1.617.2变异株（Delta）,NextStrain进化分析为21A。两株毒株分别发现了49和48个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点分别有35和34个,其中存在相同的7个同义突变。两株病毒主要在ORF7a基因上C27527T(P45L)的突变不同。这是安徽省首次发现境外输入的B.1.617.2变异株（Delta株）此变异株存在引发本地的流行和爆发的风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。